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Guide du système MiSeq
runParameters.xml : contient un résumé des paramètres dʼanalyse et des renseignements sur les
u
composants de lʼanalyse, notamment la RFID de la Flow Cell et les réactifs associés à lʼanalyse.
RunInfo.xml : contient des renseignements généraux sur lʼanalyse, tels que le nombre de lectures et de
u
cycles de lʼanalyse de séquençage, et indique si une lecture est indexée ou non.
Dossiers
Les dossiers copiés dans les dossiers de sortie et dʼanalyse comprennent les dossiers suivants, générés au
cours de l'analyse de séquençage :
<Nom du dossier dʼanalyse>\Config : contient les fichiers de configuration pour lʼanalyse.
u
<Nom du dossier dʼanalyse>\Data : contient les sous-dossiers Intensities (Intensités), BaseCalls (Appels
u
de bases) et Alignment (Alignement). Les données générées à partir de Local Run Manager sont situées
dans le sous-dossier Alignment (Alignement).
<Nom du dossier dʼanalyse>\Data\RTA Logs : contient les fichiers journaux qui décrivent chaque étape
u
effectuée par RTA pour chaque lecture.
<Nom du dossier dʼanalyse>\Data\Intensities\BaseCalls : contient les sous-dossiers contenant les fichiers
u
de définition des bases (*.bcl), les fichiers de matrice et les fichiers de mise en phase. Local Run Manager
verse les fichiers FASTQ dans ce dossier au cours de l'analyse secondaire. Pour obtenir plus de
renseignements, consultez le Guide du logiciel Local Run Manager (document nº 1000000002702).
<Nom du dossier dʼanalyse>\Recipe : contient la formule utilisée pour lʼanalyse.
u
<Nom du dossier dʼanalyse>\Logs : contient les fichiers journaux qui décrivent chaque étape effectuée
u
par lʼinstrument pour chaque cycle.
<Nom du dossier dʼanalyse>\InterOp : contient les fichiers binaires utilisés par le visualiseur d'analyse de
u
séquençage (SAV) pour récapituler les différentes mesures de lʼanalyse primaire telles que la densité et
les intensités des amplifiats, les scores de qualité et la qualité globale de lʼanalyse.
Tous les autres fichiers et dossiers créés dans le dossier dʼanalyse temporaire ne sont pas copiés dans les
dossiers de sortie et dʼanalyse. Ils contiennent des fichiers temporaires non requis pour lʼanalyse ou le
dépannage.
Local Run Manager ajoute les autres dossiers, tels que le dossier de l'alignement, au cours de l'analyse
secondaire. Pour obtenir plus de renseignements, consultez le Guide du logiciel Local Run Manager
(document nº 1000000002702).
Document nº 1000000154717 v00 FRA
Destiné à la recherche uniquement. Ne pas utiliser à des fins de diagnostic.
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