Publicité
La Flow Cell HiSeq 3000 structurée produit un réseau ordonné d'amplifiats. Les puits vides
ne contenant pas d'amplifiat et les puits polyclonaux, où plus d'une séquence est présente,
sont inclus dans le décompte d'amplifiats bruts, mais ne passent pas le filtre. Le réseau
ordonné sur une Flow Cell modélisée produit donc un pourcentage relativement faible
d'amplifiats passant le filtre.
Figure 15
Figure 16
Notation de la qualité
Un score de qualité, ou Q-score, permet de prédire la probabilité d'une erreur dans la
définition des bases. Un score de qualité plus élevé implique qu'une définition des bases
est de plus haute qualité et plus susceptible d'être correcte.
Le score de qualité est un moyen simple d'indiquer la probabilité de petites erreurs. Les
scores de qualités sont représentés sous la forme Q(X), où X est le score. Le tableau suivant
montre la relation entre le score de qualité et la probabilité d'une erreur.
Score de qualité Q(X)
Q40
Q30
Q20
Q10
REMARQUE
La notation de la qualité s'appuie sur une version modifiée de l'algorithme Phred.
La notation de la qualité calcule un ensemble d'indicateurs prévisionnels pour chaque
définition des bases, puis utilise ces valeurs pour rechercher un score de qualité dans un
tableau de qualité. Les tableaux de qualité servent à fournir des indicateurs de qualité
extrêmement précis pour des analyses générées par une configuration spécifique de
plateforme de séquençage et de version de chimie.
Une fois le score de qualité établi, les résultats sont enregistrés dans des fichiers de
définition des bases (*.bcl).
62
Puits vides et polyclonaux (compris dans le comptage d'amplifiats bruts)
Puits contenant des amplifiats autres que PF (indiqués en gris)
Probabilité d'une erreur
0,0001 (1 sur 10 000)
0,001 (1 sur 1 000)
0,01 (1 sur 100)
0,1 (1 sur 10)
Support nº 20015569
Document nº 15066493 v04 FRA
Publicité
