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illumina HiSeqMD 3000 Guide

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Guide du système HiSeq
3000
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Destiné à la recherche uniquement.
Ne pas utiliser dans le cadre d'examens diagnostiques.
EXCLUSIF À ILLUMINA
Support nº 20015569
Document nº 15066493 v04 FRA
Janvier 2017
Avec Custom Protocol Selector, élaborez un guide
de flux de travail personnalisé, court et inclusif.
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Manuels Connexes pour illumina HiSeqMD 3000

Sommaire des Matières pour illumina HiSeqMD 3000

  • Page 1 Guide du système HiSeq 3000 Destiné à la recherche uniquement. Ne pas utiliser dans le cadre d’examens diagnostiques. EXCLUSIF À ILLUMINA Support nº 20015569 Document nº 15066493 v04 FRA Janvier 2017 Avec Custom Protocol Selector, élaborez un guide de flux de travail personnalisé, court et inclusif.
  • Page 2 © 2017 Illumina, Inc. Tous droits réservés. Illumina, BaseSpace, HiSeq, HiSeq X, TruSeq, la couleur citrouille et la conception de bases en flux sont des marques de commerce d’Illumina, Inc. ou de ses sociétés affiliées aux États-Unis ou dans d’autres pays. Tous les autres noms, logos et marques de commerce sont la propriété...
  • Page 3 Historique des révisions Date Document Description des modifications Support nº 20015569 Mise à jour des procédures de lavage de maintenance. Janvier 2017 Document nº 15066493 v04 Retrait de la solution Sigma-Aldrich (nº de référence SRE0076) pour la solution de lavage SeqClin. Mise à jour du nom du logiciel HiSeq Control Software HD v3.4.
  • Page 4 • Le nom d’utilisateur et mot de passe par défaut nécessaires pour la connexion au système d’exploitation. Illumina recommande l’utilisation d’identifiants spécifiques au site. • Le numéro de référence pour ce guide.
  • Page 5 Date Document Description des modifications Support nº 20000055 Mise à jour des descriptions logicielles pour le logiciel Août HiSeq Control Software version 3.3.52, qui intègre les 2015 Document nº 15066493 v01 fonctionnalités suivantes : • L’option de séquençage d’une Flow Cell à lecture unique. • L’option de connexion à BaseSpace Onsite. •...
  • Page 6 Support nº 20015569 Document nº 15066493 v04 FRA...
  • Page 7 Table des matières Historique des révisions Table des matières Chapitre 1 Vue d’ensemble Introduction Ressources supplémentaires Composants de l’instrument Présentation des consommables pour le séquençage Chapitre 2 Pour commencer Démarrer le système HiSeq 3000 Personnaliser les paramètres du système Afficher et envoyer les données de l’instrument Consommables fournis par l’utilisateur Chapitre 3 Préparation des réactifs Introduction...
  • Page 8 Annexe C Fichiers de sortie Fichiers de sortie de séquençage Structure du dossier de sortie Numérotation des plaques Index Assistance technique viii Support nº 20015569 Document nº 15066493 v04 FRA...
  • Page 9 Chapitre 1 Vue d’ensemble Vue d’ensemble Introduction Ressources supplémentaires Composants de l’instrument Présentation des consommables pour le séquençage Guide du système HiSeq 3000...
  • Page 10 L’analyse en aval des données de séquençage peut être effectuée avec le logiciel d’analyse d’Illumina ou avec un logiciel tiers sur une infrastructure personnalisée. Intégration de BaseSpace  Sequence Hub: le flux de travail de séquençage est intégré...
  • Page 11 Consultez la page d’aide du système HiSeq 3000 sur le site Web d’Illumina pour accéder à la documentation, aux téléchargements de logiciels, à la formation en ligne et aux foires aux questions.
  • Page 12 Composants de l’instrument Le système HiSeq 3000 est constitué de l’instrument, de l’écran, de l’ordinateur de commande de l’instrument et des accessoires, comme un clavier et une souris ainsi qu’un lecteur de code à barres. L’instrument compte quatre compartiments principaux : le module optique, le compartiment de Flow Cell, le compartiment fluidique et le compartiment de réactifs.
  • Page 13 Figure 2 Platine de Flow Cell Flow Cell Levier de Flow Cell La Flow Cell est positionnée sur la platine de Flow Cell, qui entre et ressort du champ d’action du module optique. La Flow Cell est positionnée sur le portoir de Flow Cell, avec les ports d’entrée et de sortie orientés vers le bas et maintenus par un vide. Le levier de Flow Cell éclairé...
  • Page 14 Figure 3 Compartiment de réactifs Poignées des dispositifs d’aspiration Support de réactif pour les réactifs d’indexage et appariés Support de réactifs pour les réactifs SBS Logiciel HiSeq 3000 Trois applications logicielles sont installées sur l’ordinateur de l’instrument : Logiciel de commande HiSeq 3000 : l’interface du HiSeq Control Software HD v3.4 vous guide tout au long des étapes de configuration d’une analyse de séquençage.
  • Page 15 Icône Nom de l’état Description d’état Avertissement Les avertissements n’interrompent pas une analyse, mais ils requièrent peut-être une intervention avant de continuer. Erreur En règle générale, les erreurs interrompent l’analyse et requièrent une intervention avant sa reprise. Lorsqu’un changement de condition se produit, l’icône correspondante clignote afin de vous alerter.
  • Page 16 Icône Description d’état Les données sont en cours de transfert. Ne formatez pas le lecteur de sortie avant que le transfert soit terminé. Les données sont en cours de transfert, mais la connexion au réseau est lente. Vous pouvez configurer une analyse de séquençage et formater le lecteur de sortie une fois le transfert terminé.
  • Page 17 Présentation des consommables pour le séquençage Pour effectuer une analyse sur le système HiSeq 3000, vous devez disposer d’une trousse SBS HiSeq 3000/4000 et d’une trousse d’amplifiats. Les trousses d’amplifiats sont disponibles en version appariée (PE) ou à lecture unique (SR). Nom de la trousse Nº...
  • Page 18 Support nº 20015569 Document nº 15066493 v04 FRA...
  • Page 19 Chapitre 2 Pour commencer Pour commencer Démarrer le système HiSeq 3000 Personnaliser les paramètres du système Afficher et envoyer les données de l’instrument Consommables fournis par l’utilisateur Guide du système HiSeq 3000...
  • Page 20 Démarrer le système HiSeq 3000 Démarrez l’ordinateur de commande de l’instrument. Attendez que le système se charge, puis connectez-vous au système d’exploitation. Si nécessaire, consultez l’administrateur de votre établissement pour obtenir le nom d’utilisateur et le mot de passe. Localisez l’interrupteur de tension situé sur le côté gauche de l’instrument et mettez-le à...
  • Page 21 Default Output Folder (Dossier de sortie par défaut). REMARQUE Illumina recommande de placer les dossiers de sortie à un emplacement réseau. Vous pouvez toutefois indiquer un emplacement sur le lecteur O:\, à condition que l’emplacement soit différent de celui du dossier HiSeq Temp. N’utilisez pas le lecteur S:\ ni le lecteur C:\.
  • Page 22 Configurer un domaine Si vous avez souscrit à BaseSpace Enterprise, utilisez les instructions suivantes pour configurer votre domaine. Dans l’écran de bienvenue, sélectionnez Menu | Tools | Options (Menu | Outils | Options) pour ouvrir la fenêtre Options. Sélectionnez une option du serveur BaseSpace : Cloud : connectez-vous à votre domaine BaseSpace Sequence Hub. Onsite : connectez-vous à...
  • Page 23 (recommandé), sélectionnez Menu | Tools | Options (Menu | Outils | Options), puis cochez la case Send instrument health data to Illumina to help Illumina improve its products (Envoyer les données concernant l’état de l’instrument à Illumina afin de l’aider à améliorer ses produits).
  • Page 24 Consommables fournis par l’utilisateur Consommable Fournisseur Utilisation Tampons imbibés VWR, nº de référence 95041-714 Nettoyage de la Flow Cell et d’alcool isopropylique à 70 % de la platine de Flow Cell. Fournisseur de laboratoire général Éthanol à 70 % Bonbonne, au moins six litres Fournisseur de laboratoire Préparation de la solution de général lavage de maintenance.
  • Page 25 Chapitre 3 Préparation des réactifs Préparation des réactifs Introduction Préparer des réactifs SBS Préparer les réactifs d’indexage et appariés Guide du système HiSeq 3000...
  • Page 26 Introduction Avant de configurer l’analyse, préparez tous les réactifs pour le séquençage : réactifs SBS, réactifs d’indexage et réactifs appariés. Tous les réactifs sont chargés à la demande du logiciel au cours de la configuration de l’analyse. Il n’est pas nécessaire de revenir à l’instrument pendant l’analyse pour recharger.
  • Page 27 Préparer des réactifs SBS Les réactifs SBS sont chargés dans l’instrument au début de l’analyse. Suivez les instructions ci-dessous pour décongeler et inspecter HCM, HIM et HSM. Décongeler les réactifs SBS Retirez HCM, HIM et HSM de leur emplacement de stockage entre -25 °C et -15 °C. Décongelez-les à...
  • Page 28 Pour obtenir des renseignements supplémentaires sur l’environnement, la santé et la sécurité, consultez la fiche signalétique sur support.illumina.com/sds.html. Décongeler et préparer les réactifs d’indexage et appariés Retirez les réactifs suivants de leur lieu de stockage entre -25 et -15 °C : Pour une analyse sur une Flow Cell appariée : HAM, HDR, HLM2, HP11, HP14,...
  • Page 29 Chapitre 4 Séquençage Séquençage Introduction Flux de travail de séquençage Saisir les paramètres d’analyse Charger et amorcer des réactifs Charger la Flow Cell de séquençage Surveiller l’analyse Décharger les réactifs Réaliser un lavage à l’eau Formater rapidement le lecteur de sortie et le lecteur de travail Guide du système HiSeq 3000...
  • Page 30 Cancel (Annuler) pour abandonner la configuration de l’analyse et revenir à l’écran de bienvenue. Pour obtenir des renseignements sur la durée des analyses ainsi que sur d’autres caractéristiques de performance, consultez la page relative aux caractéristiques du HiSeq 3000 sur le site Web d’Illumina. Support nº 20015569 Document nº 15066493 v04 FRA...
  • Page 31 Flux de travail de séquençage Préparez la Flow Cell et les réactifs pour l’analyse. Saisissez les paramètres de l’analyse en suivant les indications de l’interface du logiciel de commande. Chargez les réactifs SBS pour la lecture 1 et la lecture 2. Le cas échéant, chargez les réactifs pour les réactifs d’indexage et appariés.
  • Page 32 Saisir les paramètres d’analyse Commencez la configuration de l’analyse en saisissant les paramètres d’analyse dans une série d’écrans sous l’onglet Run Configuration (Configuration de l’analyse). Le logiciel vous guidera à travers les écrans qui vous permettront de spécifier la connectivité BaseSpace Sequence Hub, de saisir les identifiants des consommables, de sélectionner les options d’indexage et de consigner d’autres paramètres en vue de l’analyse.
  • Page 33 Écran Advanced (Paramètres avancés) [Facultatif] Cochez la case Confirm First Base (Confirmer la première base). Un rapport de la première base est généré automatiquement pour chaque analyse après le cycle 2 et placé au niveau de la racine du dossier de l’analyse. En sélectionnant cette option, vous pouvez confirmer le rapport de la première base avant de procéder à...
  • Page 34 Écran Sample Sheet (Feuille d’échantillons) Les feuilles d’échantillons sont facultatives, sauf si vous utilisez BaseSpace Sequence Hub pour effectuer l’analyse des données. Sélectionnez Browse (parcourir) pour localiser la feuille d’échantillons. Sélectionnez Next (Suivant). Écran Reagents (Réactifs) L’écran Reagents (Réactifs) consigne des renseignements sur la trousse de réactifs utilisée pour votre analyse.
  • Page 35 Charger et amorcer des réactifs Une fois définis les paramètres de l’analyse, chargez les réactifs SBS, les réactifs d’indexage et les réactifs appariés destinés à l’analyse, puis amorcez les réactifs dans le système fluidique. Le logiciel vous guide à travers ces étapes à l’aide d’une série d’écrans sous l’onglet Pre-Run Setup (Configuration avant analyse).
  • Page 36 Charger les réactifs d’indexage et les réactifs appariés Retournez chaque flacon pour en mélanger le contenu. Relevez les dispositifs d’aspiration du support de réactifs apparié comme suit. Tirez la poignée vers vous, puis soulevez-la. Relâchez la poignée dans la fente située en haut de la ligne. Veillez à ce que la poignée soit bien fixée dans la fente.
  • Page 37 Tirez la poignée vers vous, puis abaissez-la. Inspectez les dispositifs d’aspiration pour vérifier qu’ils ne se sont pas pliés une fois plongés dans les tubes. Relâchez la poignée dans la fente située à la base de la ligne. Cochez la case PW1 (25 ml) loaded in Position 2 (PW1 (25 ml) chargé en Position 2), puis sélectionnez Next (Suivant).
  • Page 38 Lorsque le levier de Flow Cell clignote en vert, la décompression est en cours. Si le voyant du levier n’est pas vert, consultez la section Problèmes possibles de configuration de l’analyse, page 51. Attendez environ cinq secondes, puis placez lentement le levier de Flow Cell en position 2.
  • Page 39 Tubes d’évacuation de la Flow Cell pour les positions de réactifs 1 à 8 Tubes de la pompe de condensation Placez chaque tube d’évacuation dans un tube vide particulier de 15 ml. Les déchets sont récupérés et mesurés lorsque l’amorçage est terminé. Sélectionnez Start Prime (Démarrer l’amorçage). Surveillez la progression de l’amorçage sur l’écran Prime (Amorçage).
  • Page 40 Charger la Flow Cell de séquençage Les étapes de chargement de la Flow Cell de séquençage en amplifiats comprennent le retrait de la Flow Cell d’amorçage, le nettoyage du portoir de Flow Cell, le chargement de la Flow Cell en amplifiats et la vérification que le flux est correct. Retirer la Flow Cell usagée Placez doucement le levier de Flow Cell en position 1 pour libérer les collecteurs.
  • Page 41 Figure 10 Flow Cell positionnée contre les broches de guidage supérieure et de droite Broche de guidage supérieure Broches de guidage de droite Retirez votre main de la Flow Cell afin d’éviter que l’alignement ne dévie avec le temps. Placez doucement le levier de Flow Cell en position 1 pour engager la décompression et maintenir la Flow Cell.
  • Page 42 Pompez 250 µl supplémentaires vers la Flow Cell. Sélectionnez Next (Suivant). Assurez-vous que le levier de Flow Cell est vert, puis fermez la porte du compartiment de Flow Cell. Assurez-vous que les cases à cocher Vacuum Engaged (Décompression en cours) et Door Closed (Porte fermée) sont sélectionnées, puis cliquez sur Next (Suivant). Sélectionnez Start (Démarrer) pour commencer l’analyse de séquençage.
  • Page 43 Surveiller l’analyse Surveillez les indicateurs de l’analyse sur l’écran Run Overview (Aperçu de l’analyse). Figure 11 Écran Run Overview (Aperçu de l’analyse) Barre de progression : surveillez le nombre de cycles terminés. Image de la Flow Cell : suivez l’évolution de l’imagerie des lignes. Graphique de la fluidique : développez la section de la fluidique pour surveiller les étapes de la chimie.
  • Page 44 Traitez les réactifs usagés comme des déchets chimiques et éliminez-les conformément aux lois et règles régionales, nationales et locales en vigueur. Pour obtenir des renseignements supplémentaires sur l’environnement, la santé et la sécurité, consultez la fiche signalétique sur support.illumina.com/sds.html. Support nº 20015569 Document nº 15066493 v04 FRA...
  • Page 45 Réaliser un lavage à l’eau Un lavage à l’eau est requis après chaque analyse de séquençage afin de laver le système et de vérifier la fluidique. Le lavage de maintenance est une solution de remplacement facultative au lavage à l’eau après analyse. Pour obtenir des instructions, consultez la section Réaliser un lavage de maintenance, page 41.
  • Page 46 Formater rapidement le lecteur de sortie et le lecteur de travail Une fois le transfert des données terminé, effectuez un formatage rapide du lecteur de sortie (O:\) et du lecteur de travail (S:\). Un formatage rapide permet de nettoyer le lecteur pour une analyse ultérieure, sans supprimer les fichiers système ou les fichiers de maintenance de l’instrument.
  • Page 47 Chapitre 5 Maintenance Maintenance Introduction Réaliser un lavage de maintenance Laisser l’instrument inactif Arrêter l’instrument Guide du système HiSeq 3000...
  • Page 48 Illumina vous recommande de planifier un service de maintenance préventive chaque année. Si vous n’êtes pas lié par un contrat de services, communiquez avec le gestionnaire de compte commercial de votre zone ou avec l’assistance technique d’Illumina pour organiser un service de maintenance préventive facturable.
  • Page 49 Réaliser un lavage de maintenance Réalisez un lavage de maintenance lorsque vous y êtes invité par le logiciel tous les 10 jours ou facultativement après une analyse. Le lavage de maintenance dure environ 90 minutes et suit l’un des deux flux de travail possibles. Suivez le protocole de lavage de maintenance approprié, selon que vous utilisez ou non une solution de ProClin 300 : Lavage normal au Tween 20 et au ProClin 300 : lavage du système au moyen d’une solution de Tween 20 et de ProClin 300 préparée par l’utilisateur.
  • Page 50 Remplissez huit flacons SBS de 250 ml de nouvelle solution de lavage. Remplissez 10 tubes appariés de 12 ml de nouvelle solution de lavage. Attribuez une position du support de réactifs à chaque flacon et à chaque tube. Conservez ces positions pour chaque lavage ultérieur afin d’éviter toute contamination croisée par le réactif présent sur les dispositifs d’aspiration.
  • Page 51 Si vous observez un flux continu de bulles, remplacez le joint et répétez l’opération de vérification de la fluidique. Retirez les tubes d’évacuation de la Flow Cell du conteneur à déchets. Rassemblez les huit tuyaux d’évacuation à l’aide d’un parafilm. Assurez-vous que les tuyaux soient identiques.
  • Page 52 Lavage au Tween 20 À l’écran de bienvenue, sélectionnez Wash | Maintenance (Lavage | Maintenance). Chargez une nouvelle solution de lavage de maintenance dans l’instrument, comme suit : Remplissez huit flacons SBS de 250 ml de nouvelle solution de lavage. Remplissez 10 tubes appariés de 12 ml de nouvelle solution de lavage. Videz le flacon à...
  • Page 53 Une fois le lavage terminé, sélectionnez Return to Start (Retourner au début). Mesurez le volume distribué. Positions Volume distribué Huit positions SBS 74 ml 10 positions appariées 52 ml Toutes les positions 15,75 ml par ligne REMARQUE Tous les flacons et tous les tubes sont remplis au maximum de leur capacité de manière à assurer un rinçage total des dispositifs d’aspiration.
  • Page 54 Laisser l’instrument inactif Utilisez les instructions suivantes pour préparer l’instrument à rester à l’état d’inactivité pendant une période pouvant aller jusqu’à 10 jours. Pour une durée supérieure à 10 jours, éteignez plutôt l’instrument. Procédez à un lavage de maintenance pour rincer le système. Laissez la Flow Cell sur la platine de Flow Cell avec le levier de Flow Cell en position 2.
  • Page 55 Arrêter l’instrument Utilisez la procédure suivante pour préparer la fluidique en toute sécurité et arrêter le système. N’arrêtez l’instrument que si vous envisagez de ne pas l’utiliser pendant au moins 10 jours. Si vous comptez utiliser l’instrument dans les 10 jours à venir, mettez-le plutôt en veille.
  • Page 56 Support nº 20015569 Document nº 15066493 v04 FRA...
  • Page 57 Annexe A Dépannage Dépannage Fichier journal Problèmes possibles de configuration de l’analyse Réaliser une vérification de la fluidique Interrompre ou terminer une analyse sur le système HiSeq 3000 Possible réhybridation du primer de lecture 1 Guide du système HiSeq 3000...
  • Page 58 Fichier journal Le fichier journal répertorie toutes les erreurs qui se sont produites dans le logiciel de commande. Utilisez ce fichier à des fins de dépannage. Sur l’écran de bienvenue, sélectionnez Menu | Tools | Show Log (Menu | Outils | Afficher le fichier journal). Support nº 20015569 Document nº 15066493 v04 FRA...
  • Page 59 Problèmes possibles de configuration de l’analyse Problème Cause possible Action Le logiciel n’a pas été Le logiciel n’a pas pu Fermez le message d’erreur, puis relancez le initialisé. initialiser des logiciel de l’instrument. périphériques internes. Si le problème persiste, redémarrez l’ordinateur de l’instrument.
  • Page 60 Réaliser une vérification de la fluidique Réalisez une vérification de la fluidique lors de l’installation de l’instrument et lors du dépannage des problèmes liés à la fluidique. Sélectionnez Check (Vérifier) sur l’écran de bienvenue. Numérisez ou saisissez l’identifiant de lavage de la Flow Cell (numéro du code à barres) de la Flow Cell d’amorçage.
  • Page 61 Interrompre ou terminer une analyse sur le système HiSeq 3000 Terminer une analyse ne fournit pas l’option d’enregistrer les données ou de reprendre l’analyse. Interrompre une analyse peut être nécessaire pour vérifier ses composants, par exemple les volumes de réactifs. Interrompre une analyse Interrompez une analyse pour vérifier les composants de cette dernière, comme les volumes de réactifs, lorsque cela s’avère nécessaire.
  • Page 62 Confirmer la commande d’abandon vous ramènera à l’écran de bienvenue. Passez aux procédures après analyse. REMARQUE Si une analyse est arrêtée au moment de la lecture 1, il est possible d’effectuer une réhybridation de primer sur le système cBot. Après la réhybridation de primer, démarrez une nouvelle analyse sur le système HiSeq 3000 pour lancer le séquençage de la Flow Cell.
  • Page 63 Flow Cell. La réhybridation du primer de lecture 1 est effectuée sur le cBot et n’endommage pas les amplifiats présents sur la Flow Cell. L’hybridation du primer de lecture 1 réalisée sur une Flow Cell structurée HiSeq 3000 nécessite les consommables Illumina suivants : Trousse de réhybridation multiprimers HiSeq 3000/4000 cBot (nº de référence GD-305-2001) Collecteur HiSeq cBot (nº de référence SY-401-2015)
  • Page 64 Support nº 20015569 Document nº 15066493 v04 FRA...
  • Page 65 Annexe B Real-Time Analysis Real-Time Analysis Présentation de Real-Time Analysis Flux de travail de Real-Time Analysis Guide du système HiSeq 3000...
  • Page 66 Pour obtenir la version actuelle du logiciel ainsi que des renseignements sur le téléchargement, consultez la page d’aide du système HiSeq 3000 sur le site Web d’Illumina. RTA2 fournit des indicateurs en temps réel sur la qualité de l’analyse, stockés dans des fichiers InterOp.
  • Page 67 Pour obtenir des détails sur chaque fichier de sortie, consultez la section Fichiers de sortie de séquençage, page 66. Gestion des erreurs RTA2 crée des fichiers journaux et les enregistre dans le dossier RTALogs. Les erreurs sont enregistrées dans un fichier d’erreurs au format *.tsv. Les fichiers journaux et d’erreurs suivants sont transférés vers leur emplacement final de sortie à...
  • Page 68 Flux de travail de Real-Time Analysis Cartes d’emplacement des amplifiats. Génération du modèle Enregistre l’emplacement de chaque amplifiat sur la Flow Cell Enregistrement et modélisée et détermine une valeur d’intensité pour chaque extraction des intensités amplifiat. Corrige les interférences entre les canaux. Correction de la matrice de couleurs Corrige les effets de la mise en phase et de la mise en préphase.
  • Page 69 Correction de la mise en phase empirique Lors de la réaction de séquençage, chaque brin d’ADN dans un amplifiat s’étend d’une base par cycle. La mise en phase et la mise en préphase ont lieu lorsqu’un brin est déphasé par rapport au cycle d’incorporation en cours. La mise en phase se produit lorsqu’un brin a un retard d’une base.
  • Page 70 La Flow Cell HiSeq 3000 structurée produit un réseau ordonné d’amplifiats. Les puits vides ne contenant pas d’amplifiat et les puits polyclonaux, où plus d’une séquence est présente, sont inclus dans le décompte d’amplifiats bruts, mais ne passent pas le filtre. Le réseau ordonné...
  • Page 71 Compartimentage par score de qualité RTA2 regroupe les scores de qualité selon des plages ou compartiments spécifiques et attribue une valeur à chaque plage. Le compartimentage par score de qualité réduit considérablement les besoins en espace de stockage, sans affecter la précision ou le fonctionnement des applications en aval.
  • Page 72 Support nº 20015569 Document nº 15066493 v04 FRA...
  • Page 73 Annexe C Fichiers de sortie Fichiers de sortie Fichiers de sortie de séquençage Structure du dossier de sortie Numérotation des plaques Guide du système HiSeq 3000...
  • Page 74 Fichiers de sortie de séquençage Type de fichiers Description, emplacement et nom des fichiers Fichiers de définition Chaque plaque analysée est incluse dans un fichier de définition des des bases bases qui contient la définition des bases ainsi que le score de qualité encodé.
  • Page 75 Structure du dossier de sortie Config : paramètres de configuration de l’analyse. Data Intensities BaseCalls L00[X] : fichiers de définition des bases de chaque ligne, rassemblés dans un fichier par cycle. s.locs Images Focus L00[X] : images de mise au point pour chaque ligne. InterOp : fichiers binaires utilisés par le logiciel Sequencing Analysis Viewer.
  • Page 76 Numérotation des plaques La Flow Cell HiSeq 3000/4000 structurée est imagée en 112 plaques sur chaque ligne, en haut et en bas, pour chaque cycle. Chacune des huit lignes comporte deux témoins, et chaque témoin, 28 plaques. Les plaques sont numérotées en fonction de leur position. REMARQUE Un témoin est une colonne de plaques dans une ligne de Flow Cell.
  • Page 77 59 documentation 3 consommables génération d’amplifiats 18 fournis par l’utilisateur 16 réhybridation du primer 55 trousses de séquençage d’Illumina 9 SAV 35 consommables de séquençage 9, 19 aide, technique 73 contamination croisée, prévention 42 alertes conversion des données 58...
  • Page 78 16 BaseSpace Sequence Hub 8 trousses de réhybridation Run Copy Service 7 indicateurs de l’analyse 58 Illumina 55 initialisation du logiciel 12 initialisation du logiciel, dépannage 51 installation, vérification de la options d’indexage 25 fluidique 52 options d’interruption 53...
  • Page 79 paramètres, logiciel 13 système fluidique 4 perte d’enregistrement 51 accès 4 perte d’enregistrement, lecture 1 51 dépannage 51-52 perte de données 58 entretien 40 perte des données 53 plaques 58, 68 positionnement des Flow Cell 29, 32 témoins 24, 68 positions des réactifs température, réfrigérant pour réactifs 5 support SBS 27...
  • Page 80 Support nº 20015569 Document nº 15066493 v04 FRA...
  • Page 81 Autres pays +44 1799 534 000 Irlande 1 800 812 949 Fiches signalétiques (SDS) : disponibles sur le site Web d’Illumina à l’adresse support.illumina.com/sds.html. Documentation produit : disponible en téléchargement au format PDF sur le site Web d’Illumina. Rendez-vous sur support.illumina.com, sélectionnez un produit, puis cliquez sur Documentation & Literature (Documentation).
  • Page 82 Illumina 5200 Illumina Way San Diego, Californie 92122 États-Unis +(1) 800 809 ILMN (4566) +(1) 858 202 4566 (en dehors de l’Amérique du Nord) techsupport@illumina.com www.illumina.com...