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Présentation de Real-Time Analysis
Le système HiSeq 3000 utilise une version du logiciel Real-Time Analysis appelée RTA2.
RTA2 fonctionne sur l'ordinateur de l'instrument et extrait les intensités des images,
effectue les définitions des bases et associe un score de qualité aux définitions des bases.
RTA2 et le logiciel de commande communiquent par le biais d'une interface Web HTTP et
de fichiers mémoire partagés. Si RTA2 est arrêté, le traitement ne reprend pas, et les
données de l'analyse ne sont pas enregistrées.
REMARQUE
Les performances de démultiplexage ne sont pas calculées; ainsi, les champs de l'onglet Index
du logiciel SAV (Sequencing Analysis Viewer) ne sont pas remplis.
Fichiers d'entrée
RTA2 requiert les fichiers d'entrée suivants :
}
Les images des plaques contenues dans la mémoire locale du système.
}
RunInfo.xml, que le logiciel de commande génère automatiquement au début de chaque
analyse. À partir de ce fichier, RTA2 lit le nom de l'analyse, le nombre de cycles, vérifie
si une lecture est indexée et lit le nombre de plaques sur la Flow Cell.
}
RTA.exe.config, qui est un fichier de configuration logicielle au format XML.
RTA2 reçoit des commandes du logiciel de commande comprenant des renseignements sur
l'emplacement du fichier RunInfo.xml et en cas d'indication d'un dossier de sortie
facultatif.
Fichiers de sortie
Les images de chaque canal passent de la mémoire à RTA2 sous forme de plaques. À partir
de ces images, RTA2 produit des fichiers primaires qui prennent la forme d'un ensemble
de fichiers de définition des bases dont la qualité est notée et de fichiers de filtrage. Les
autres fichiers prennent en charge la génération de fichiers de sortie primaires.
}
Fichiers de définition des bases : pour chaque plaque analysée, un fichier de définition
des bases compressé (*.bcl) est généré pour chaque plaque par cycle. Le fichier de
définition des bases contient la définition des bases et le score de qualité qui lui est
associé.
}
Fichiers de filtrage : chaque plaque génère des renseignements sur le filtre inclus dans
un fichier de filtrage (*.filter) pour chaque plaque au cours de la totalité de l'analyse. Le
fichier de filtrage précise si les amplifiats ont franchi le filtre.
}
Fichiers d'emplacement des amplifiats : un fichier d'emplacement des amplifiats
(s.locs) contient les coordonnées X et Y de chaque amplifiat sur la Flow Cell.
Les fichiers de sortie primaires sont utilisés pour l'analyse des données ultérieure. Utilisez
le logiciel de conversion bcl2fastq pour le démultiplexage et la conversion FASTQ. Pour
convertir des données à partir du système HiSeq 3000, utilisez bcl2fastq v2.16 ou une
version supérieure. Pour obtenir la version actuelle du logiciel ainsi que des
renseignements sur le téléchargement, consultez la page d'aide du système HiSeq 3000 sur
le site Web d'Illumina.
RTA2 fournit des indicateurs en temps réel sur la qualité de l'analyse, stockés dans des
fichiers InterOp. Il s'agit de fichiers binaires regroupant les mesures relatives aux plaques
et aux cycles ainsi que les mesures réalisées lors des lectures. Ces fichiers sont nécessaires
pour afficher les mesures dans Sequencing Analysis Viewer. Pour afficher les indicateurs
générés par RTA2, utilisez le logiciel SAV v1.10.2 ou une version supérieure.
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Support nº 20015569
Document nº 15066493 v04 FRA
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