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Annexe C Fichiers de sortie
Fichiers de sortie
Fichiers de sortie de séquençage
Structure des dossiers de sortie de séquençage
Exigences relatives aux fichiers d'entrée de l'analyse
Fichiers de sortie de séquençage
T ype de f ichiers
Fichiers de définition des
bases
Fichier index de définition
des bases
Fichiers d'emplacement
des amplifiats
Fichiers de filtrage
Fichiers InterOp
Fichier de configuration
RTA
Fichier de renseignements
sur l'analyse
Document n° 1000000002695 v05 FRA Support nº 20014309
Destiné à la recherche uniquement.
Ne pas utiliser dans le cadre d'examens diagnostiques.
Descriptio n, em placem ent et no m des f ichiers
Chaque plaque analysée est incluse dans un fichier de définition des bases; ces fichiers
sont rassemblés dans un fichier pour chaque cycle. Le fichier rassemblé contient la
définition des bases ainsi que le score de qualité codé associé à chaque amplifiat.
Data\Intensities\BaseCalls\L001
[Cycle].bcl.bgzf, où [Cycle] représente le numéro à quatre chiffres du cycle. Les fichiers
de définition des bases sont compressés à l'aide du logiciel de compression gzip.
Un fichier index binaire indique les renseignements sur la plaque d'origine dans une paire
de valeurs pour chaque plaque, qui sont le numéro et le nombre d'amplifiats de la
plaque.
Les fichiers index de définition des bases sont créés la première fois qu'un fichier de
définition des bases est créé.
Data\Intensities\BaseCalls\L001
s_[Ligne].bci
Pour chaque plaque, les coordonnées XY de chaque amplifiat sont rassemblées dans un
fichier d'emplacement des amplifiats. Les fichiers d'emplacement des amplifiats sont le
résultat de la génération du modèle.
Data\Intensities\L001
s_[ligne].locs
Les fichiers de filtrage spécifient si les amplifiats ont franchi les filtres. Les
renseignements de filtrage sont rassemblés dans un fichier de filtrage pour chaque
lecture.
Les fichiers de filtrage sont générés au cycle 26 et portent sur 25 cycles de données.
Data\Intensities\BaseCalls\L001
s_[ligne].filter
Les fichiers binaires sont utilisés pour le logiciel Sequencing Analysis Viewer. Les
fichiers InterOp sont mis à jour tout au long de l'analyse.
Dossier
InterOp
Créé au début de l'analyse, le fichier de configuration RTA indique les paramètres de
l'analyse.
[Dossier
racine],
RTAConfiguration.xml
Indique le nom de l'analyse, le nombre de cycles à chaque lecture, si la lecture est une
lecture d'index et le nombre de témoins et de plaques sur la Flow Cell. Le fichier de
renseignements sur l'analyse est créé au début de l'analyse.
[Dossier
racine],
RunInfo.xml
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