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Annexe B Real-Time Analysis
Présentation de Real-Time Analysis
Fichiers d'entrée et de sortie
Flux de travail de Real-Time Analysis
Présentation de Real-Time Analysis
Real-Time Analysis est un logiciel qui fonctionne sur l'ordinateur de l'instrument, extrait les intensités des
images pour effectuer la définition des bases, puis attribue un score de qualité à celle-ci.
Le système MiniSeq utilise une version du logiciel Real-Time Analysis appelée RTA2. Le logiciel de commande
du système et RTA2 communiquent par le biais d'une interface Web HTTP et de fichiers mémoire partagés.
Si RTA2 est arrêté, le traitement ne reprend pas et les données de l'analyse ne sont pas enregistrées.
Fichiers d'entrée et de sortie
Fichiers d'entrée
Le logiciel Real-Time Analysis nécessite l'entrée suivante pour le traitement :
Les images des plaques contenues dans la mémoire locale du système.
u
RunInfo.xml, qui est généré automatiquement au début de l'analyse, fournit le nom de l'analyse et le
u
nombre de cycles, vérifie si une lecture est indexée et lit le nombre de plaques sur la Flow Cell.
Le logiciel Real-Time Analysis reçoit des commandes du logiciel de commande indiquant l'emplacement du
fichier
RunInfo.xml
et si un dossier de sortie facultatif est spécifié.
Fichiers de sortie
Les images de chaque canal passent dans la mémoire sous forme de plaques. Les plaques sont de petites
zones d'imagerie sur la Flow Cell qui constituent pour la caméra une unité de vision. À partir de ces images, le
logiciel produit des fichiers de sortie qui prennent la forme d'un ensemble de fichiers de définition des bases
dont la qualité est notée et de fichiers de filtrage. Les fichiers de sortie sont utilisés pour l'analyse en aval sur
BaseSpace ou par les modules d'analyse de Local Run Manager.
T ype de f ichiers
Fichiers de définition des
bases
Fichiers de filtrage
Fichiers d'emplacement
des amplifiats
Fichier d'index de définition
des bases
Document n° 1000000002695 v05 FRA Support nº 20014309
Destiné à la recherche uniquement.
Ne pas utiliser dans le cadre d'examens diagnostiques.
Descriptio n
Chaque plaque analysée est incluse dans un fichier regroupant les définitions des bases
(*.bcl) pour chaque ligne et chaque cycle. Le fichier cumulé de définition des bases
contient la définition des bases ainsi que le score de qualité associé à chaque amplifiat
dans cette ligne.
Chaque plaque produit des renseignements sur le filtre qui sont rassemblés dans un
fichier de filtrage (*.filter) par ligne. Le fichier de filtrage spécifie si un amplifiat a franchi
les filtres.
Les fichiers d'emplacement des amplifiats (*.locs) contiennent les coordonnées X et Y de
chaque amplifiat dans une plaque. Lors de la génération du modèle, un fichier
d'emplacement des amplifiats est créé pour chaque ligne.
Afin de préserver les renseignements d'origine sur les plaques, un fichier d'index de
définition des bases (*.bci) est produit pour chaque ligne. Le fichier d'index contient une
paire de valeurs pour chaque plaque, qui sont respectivement le numéro de cette plaque
et le nombre d'amplifiats qu'elle contient.
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