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Guide du système MiniSeq
Amplifiats passant le filtre
Au cours de l'analyse, RTA2 filtre les données brutes pour supprimer les amplifiats non conformes au seuil de
qualité des données.
Dans le cas d'une analyse sur deux canaux, RTA2 utilise un système basé sur une population pour
déterminer la pureté d'une définition des bases. Les amplifiats passent le filtre (PF) lorsqu'une seule définition
des bases au maximum présente une valeur de pureté inacceptable au cours des 25 premiers cycles. Les
amplifiats qui ne passent pas le filtre ne servent pas à la définition des bases lors des cycles suivants.
Considérations relatives à l'indexage
Le processus de définition des bases qui a lieu pendant la lecture d'index diffère de celui qui a lieu pendant
les autres lectures.
Une lecture d'index doit contenir au moins une base autre que G dans l'un des deux premiers cycles. Si
deux bases G sont définies au début d'une lecture d'index, aucune intensité de signal n'est générée. Il faut
obtenir un signal dans l'un des deux premiers cycles pour assurer la performance de démultiplexage.
Pour accroître la robustesse de démultiplexage, sélectionnez à chaque cycle des séquences d'indexage qui
fournissent un signal dans un canal au moins ou si possible dans les deux canaux. Suivez cette
recommandation pour éviter les combinaisons d'index pouvant aboutir à l'obtention de bases G uniquement
à n'importe quel cycle.
Canal rouge : A ou C
u
Canal vert : A ou T
u
Ce processus de définition des bases permet d'éviter les erreurs lors de l'analyse d'échantillons low-plex.
Notation de la qualité
Le score de qualité permet de prédire la probabilité d'une erreur dans la définition des bases. Un score de
qualité plus élevé suppose qu'une définition des bases est de plus haute qualité et plus susceptible d'être
correcte.
Le score de qualité est un moyen simple d'indiquer la probabilité de petites erreurs. Q(X) représente les
scores de qualité, où X est le score. Le tableau suivant montre la relation entre le score de qualité et la
probabilité d'une erreur :
Sco re de qualité Q(X)
Q40
Q30
Q20
Q10
REMARQUE
La notation de la qualité s'appuie sur une version modifiée de l'algorithme Phred.
La notation de la qualité calcule un ensemble d'indicateurs prévisionnels pour chaque définition des bases,
puis utilise ces valeurs pour rechercher un score de qualité dans un tableau de qualité. Les tableaux de
qualité servent à fournir des indicateurs de qualité extrêmement précis pour des analyses générées par une
configuration spécifique de plateforme de séquençage et de version de chimie.
Une fois le score de qualité établi, les résultats sont enregistrés dans les fichiers de définition des bases.
Document n° 1000000002695 v05 FRA Support nº 20014309
Destiné à la recherche uniquement.
Ne pas utiliser dans le cadre d'examens diagnostiques.
pro babilité d'une erreur
0,0001 (1 sur 10 000)
0,001 (1 sur 1 000)
0,01 (1 sur 100)
0,1 (1 sur 10)
47
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