Annexe A Sortie De Séquençage; Présentation De Real-Time Analysis Flux De Travail De Real-Time Analysis; Fichiers D'entrée - illumina iSeq 100 Guide

Annexe A Sortie de séquençage
Présentation de Real-Time Analysis
Flux de travail de Real-Time Analysis
Présentation de Real-Time Analysis
Le logiciel Real-Time Analysis s'exécute sur l'ordinateur de commande de l'instrument. Pendant une analyse
de séquençage, il extrait les intensités des images pour effectuer la définition des bases et associer un score
de qualité aux définitions des bases.
Le système de séquençage iSeq 100 utilise la version de Real-Time Analysis appelée RTA2. RTA2 et le logiciel
de commande communiquent par le biais d'une interface Web HTTP et de fichiers mémoire partagés. Si
RTA2 est arrêté, le traitement ne reprend pas et les données de l'analyse ne sont pas enregistrées.
REMARQUE
Les performances de démultiplexage ne sont pas calculées; ainsi, les champs de l'onglet Index du
visualiseur d'analyse de séquençage ne sont pas remplis.
Fichiers d'entrée
RTA2 a besoin des fichiers d'entrée suivants aux fins du traitement :
Les images des plaques contenues dans la mémoire locale du système.
u
Les fichiers de configuration de
u
Le fichier RunInfo.xml, généré automatiquement par le logiciel de commande au début de l'analyse.
u
RTA2 reçoit des commandes du logiciel de commande, y compris des renseignements sur l'emplacement du
RunInfo.xml et des précisions sur l'utilisation d'un dossier de sortie. À partir du RunInfo.xml, RTA2 lit le nom
de l'analyse, le nombre de cycles, vérifie si une lecture est indexée et lit le nombre de plaques sur la
Flow Cell.
Fichiers de sortie
Les images passent dans la mémoire de RTA2 sous forme de plaques, qui sont de petites zones d'imagerie
sur la Flow Cell définies par une prise de vue de la caméra. La Flow Cell iSeq 100 i1 comporte 16 plaques.
À partir de ces images, RTA2 produit un ensemble de fichiers de définition des bases dont la qualité est
notée et de fichiers de filtrage comme fichiers de sortie primaires. Les autres fichiers prennent en charge la
génération des fichiers de sortie primaires.
Type de fichiers Description, emplacement et nom des fichiers
Fichiers de définition Chaque plaque analysée est incluse dans un fichier de définition des bases; ces fichiers sont
des bases rassemblés dans un fichier pour chaque cycle. Le fichier rassemblé contient la définition des
bases ainsi que le score de qualité associé à chaque amplifiat.
Data\Intensities\BaseCalls\L001
[Cycle].bcl.bgzf, où [Cycle] représente le numéro à quatre chiffres du cycle. Les fichiers de
définition des bases sont compressés à l'aide du logiciel de compression gzip.
Fichier d'index de Le fichier d'index de définition des bases préserve les renseignements d'origine sur les plaques.
définition des bases Pour chacune des plaques, le fichier d'index contient le numéro de la plaque et le nombre
d'amplifiats.
Data\Intensities\BaseCalls\L001
[Cycle].bcl.bgzf.bci
Document nº 1000000036024 v07 FRA
Destiné à la recherche uniquement.
Ne pas utiliser dans le cadre d'examens diagnostiques.
Real-Time Analysis en format XML.
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