Annexe A Sortie De Séquençage; Présentation De Real-Time Analysis - illumina iSeq 100 Manuel Système

Annexe A Sortie de séquençage
Présentation de Real-Time Analysis
Flux de travail de Real-Time Analysis
Présentation de Real-Time Analysis
Le logiciel Real-Time Analysis s'exécute sur l'ordinateur de commande de l'instrument. Pendant une analyse
de séquençage, il extrait les intensités des images pour effectuer la définition des bases et associer un score
de qualité aux définitions des bases.
Le système de séquençage iSeq 100 utilise la version de Real-Time Analysis appelée RTA2. RTA2 et le logiciel
de commande communiquent par le biais d'une interface Web HTTP et de fichiers mémoire partagés. Si
RTA2 est arrêté, le traitement ne reprend pas, et les données de l'analyse ne sont pas enregistrées.
REMARQUE
Les performances de démultiplexage ne sont pas calculées; ainsi, les champs de l'onglet Index du
visualiseur d'analyse de séquençage ne sont pas remplis.
Fichiers d'entrée
RTA2 a besoin des fichiers d'entrée suivants aux fins du traitement :
Les images des plaques contenues dans la mémoire locale du système.
u
Les fichiers de configuration de
u
Le fichier RunInfo.xml, généré automatiquement par le logiciel de commande au début de l'analyse.
u
RTA2 reçoit des commandes du logiciel de commande, y compris des renseignements sur l'emplacement de
RunInfo.xml et des précisions sur l'utilisation d'un dossier de sortie. À partir de RunInfo.xml, RTA2 lit le nom
de l'analyse, le nombre de cycles, vérifie si une lecture est indexée et lit le nombre de plaques sur la
Flow Cell.
Fichiers de sortie
Les images passent dans la mémoire de RTA2 sous forme de plaques, qui sont de petites zones d'imagerie
sur la Flow Cell définies par une prise de vue de la caméra. La Flow Cell i1 iSeq 100 comporte 16 plaques.
À l'aide de ces images, RTA2 produit un ensemble de fichiers de définition des bases dont la qualité est
notée et de fichiers de filtrage en tant que sorties primaires. Les autres fichiers prennent en charge la
génération des sorties primaires.
Type de fichier
Fichiers de définition
des bases
Fichier d'index de
définition des bases
Document nº 1000000036024 v05 FRA
Destiné à la recherche uniquement. Ne pas utiliser à des fins de diagnostic.
Real-Time Analysis
Description, emplacement et nom des fichiers
Chaque plaque analysée est incluse dans un fichier de définition des bases; ces fichiers sont
rassemblés dans un fichier pour chaque cycle. Le fichier rassemblé contient la définition des
bases ainsi que le score de qualité associé à chaque amplifiat.
Data\Intensities\BaseCalls\L001
[Cycle].bcl.bgzf, où [Cycle] représente le numéro à quatre chiffres du cycle. Les fichiers de
définition des bases sont compressés à l'aide du logiciel de compression gzip.
Le fichier d'index de définition des bases préserve les renseignements d'origine sur les
plaques. Pour chacune des plaques, le fichier d'index contient le numéro de la plaque et le
nombre d'amplifiats.
Data\Intensities\BaseCalls\L001
[Cycle].bcl.bgzf.bci
en format XML.
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