Chapitre 3 Séquençage; Introduction; Concentration Et Volume De Chargement - illumina iSeq 100 Guide

Chapitre 3 Séquençage

Introduction

Décongeler la cartouche ensachée
Préparer la Flow Cell et les librairies
Charger les consommables dans la cartouche
Configurer une analyse de séquençage (Local Run Manager)
Configurer une analyse de séquençage (mode manuel)
Introduction
Sur le système iSeq 100, le processus de séquençage comprend la génération d'amplifiats, le séquençage et
l'analyse. Chacune de ces étapes est exécutée automatiquement au cours de l'analyse de séquençage.
Selon la configuration du système, de plus amples analyses peuvent être effectuées hors instrument après
l'analyse de séquençage.
Génération d'amplifiats : la librairie est automatiquement dénaturée en brins uniques, puis diluée
u
davantage, sur l'instrument. Lors de la génération d'amplifiats, les molécules d'ADN uniques sont liées à
la surface de la Flow Cell, puis subissent une amplification et forment des amplifiats.
Séquençage : l'imagerie des amplifiats se fait au moyen de la chimie à un marqueur, qui utilise un
u
marqueur fluorescent et deux cycles d'imagerie pour encoder les données des quatre nucléotides. Le
premier cycle d'imagerie détecte l'adénine (A) et la thymine (T). Un cycle chimique retire alors le
marqueur de A et ajoute simultanément un marqueur similaire à la cytosine (C). Le second cycle
d'imagerie détecte C et T. Après ce second cycle, le logiciel Real-Time Analysis procède à la définition
des bases, au filtrage et à la notation de la qualité. Ce processus se répète pour chaque cycle de
séquençage. Pour plus de renseignements sur la chimie à un marqueur, consultez la section
des bases à la page 43.
Analyse : pendant la progression de l'analyse, le logiciel de commande transfère automatiquement les
u
fichiers de définition des bases (*.bcl) vers le dossier de sortie indiqué pour l'analyse des données. La
méthode d'analyse des données dépend de l'application et de la configuration du système.

Concentration et volume de chargement

Le volume de chargement est de 20 µl. La concentration de chargement varie selon le type de librairie et la
cartouche.
REMARQUE
Si vous avez trouvé une concentration de chargement optimale qui fonctionne pour vous sur le réactif
iSeq 100 i1 v1, nous vous recommandons de commencer avec cette même concentration de
chargement lors du séquençage sur le réactif iSeq 100 i1 v2.
Type de librairie
100 % contrôle PhiX (analyses incluant
uniquement le contrôle PhiX)
Librairie PLUS AmpliSeq pour Illumina
ADN Flex Nextera
Flex Nextera pour l'enrichissement
ADN XT Nextera
TruSeq DNA Nano
ADN sans PCR TruSeq
Document nº 1000000036024 v07 FRA
Destiné à la recherche uniquement.
Ne pas utiliser dans le cadre d'examens diagnostiques.
Concentration de chargement (pmol)
100
40 à 60
75 à 125
50 à 100
100 à 200
125 à 175
75 à 125
20
21
22
25
27
30
Définition
20