Présentation De Real-Time Analysis; Entrées Dans Rta2 - illumina NextSeq 550Dx Guide De Référence

Annexe C Real-Time Analysis
Présentation de Real-Time Analysis
Flux de travail de Real-Time Analysis
Présentation de Real-Time Analysis
L'instrument NextSeq 550Dx utilise une version du logiciel d'analyse temps réel (Real-Time Analysis, ou RTA)
appelée RTA2. RTA2 fonctionne sur l'ordinateur de l'instrument et extrait les intensités des images, effectue
les définitions des bases et associe un score de qualité aux définitions des bases. RTA2 et le logiciel
d'exploitation communiquent par le biais d'une interface Web HTTP et de fichiers mémoire partagés. Si RTA2
est arrêté, le traitement ne reprend pas et les données de l'analyse ne sont pas enregistrées.
Entrées dans RTA2
RTA2 nécessite les entrées suivantes pour le traitement :
Les images des plaques contenues dans la mémoire locale du système.
u
RunInfo.xml, qui est généré automatiquement au début de l'analyse, fournit le nom de l'analyse et le
u
nombre de cycles, vérifie si une lecture est indexée et lit le nombre de plaques sur la Flow Cell.
RTA.exe.config, qui est un fichier de configuration logicielle au format XML.
u
RTA2 reçoit des commandes du logiciel d'exploitation à propos de l'emplacement du fichier
de tout dossier de sortie facultatif.
Fichiers de sortie RTA2
Les images de chaque canal
zones d'imagerie sur la Flow Cell qui constituent pour la caméra une unité de vision. À partir de ces images, le
logiciel produit des fichiers de sortie qui prennent la forme d'un ensemble de fichiers de définition des bases
dont la qualité est notée et de fichiers de filtrage. Tous les autres fichiers supportent les fichiers de sortie.
T ype de f ichiers Descriptio n
Fichiers de Chaque plaque analysée est incluse dans un fichier regroupant les définitions des bases
définition des bases (*.bcl.bgzf) pour chaque ligne et chaque cycle. Le fichier cumulé de définition des bases
contient la définition des bases ainsi que le score de qualité associé à chaque amplifiat dans
cette ligne.
Fichiers de filtrage Chaque plaque produit des renseignements sur le filtre qui sont rassemblés dans un fichier de
filtrage (*.filter) par ligne. Le fichier de filtrage spécifie si un amplifiat a franchi les filtres.
Fichiers Les fichiers d'emplacement des amplifiats (*.locs) contiennent les coordonnées X et Y de
d'emplacement des chaque amplifiat dans une plaque. Lors de la génération du modèle, un fichier d'emplacement
amplifiats des amplifiats est créé pour chaque ligne.
Fichier d'index de Afin de préserver les renseignements d'origine sur les plaques, un fichier d'index de définition
définition des bases des bases (*.bci) est produit pour chaque ligne. Le fichier d'index contient une paire de valeurs
pour chaque plaque, qui sont respectivement le numéro de cette plaque et le nombre
d'amplifiats qu'elle contient.
RTA2 fournit des indicateurs en temps réel sur la qualité de l'analyse, stockés dans des fichiers InterOp. Les
fichiers InterOp sont des fichiers de sortie binaires contenant des mesures relatives aux plaques, aux cycles
et au niveau de lecture.
Document nº 1000000009513 v07 FRA
DESTINÉ AU DIAGNOSTIC IN VITRO UNIQUEMENT
passent dans la mémoire sous forme de plaques. Les plaques sont de petites
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RunInfo.xml et
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