GE ÄKTA oligopilot plus Mode D'emploi page 180

C Chimie de la synthèse d'oligonucléotides
C.2 Chimie de protection
Protection des amidites d'ARN
Dans la protection des amidites d'ARN, les groupes protecteurs rapides présentés dans
le tableau suivant sont typiquement utilisés.
Base
A
C
G
U
En outre, les amidites d'ARN ont un groupe protecteur t-butyldiméthylsilyle (TBDMS) sur
le 2'-hydroxyle de sucre.
Déprotection des phosphoramidites
La déprotection des groupes protecteurs amines des phosphoramidites nécessite un
traitement avec de l'hydroxyde d'ammonium concentré entre 55 et 60 °C pendant une
(1) nuit.
Protection (permanente) des
phosphates
Plusieurs méthodes sont disponibles pour protéger le groupe hydroxyle phosphite, selon
la méthode de couplage utilisée pour générer des oligonucléotides.
La méthode utilisée dans le système ÄKTA oligopilot plus consiste à protéger le groupe
hydroxyle avec un groupe ß-cyanoéthyle afin d'éviter l'alkylation de thymine pendant
la synthèse – qui peut se produire si un groupe protecteur de méthyle est utilisé.
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Protection
Phénoxyacétyle (PAC)
Acétyle (Ac)
Isopropylphénoxyacétyle (ipr-PAC)
Aucun
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