C.6 Traitement Post-Synthétique - GE ÄKTA oligopilot plus Mode D'emploi

C.6 Traitement post-synthétique
Vue d'ensemble
Une fois la synthèse terminée, la colonne comportant l'oligonucléotide lié au support
est retirée du système et est soumise à un nouveau traitement de clivage et de dépro-
tection. Ces procédures sont décrites dans le mode d'emploi du système ÄKTA oligopilot
plus.
Réactions secondaires lors de
l'élimination des groupes
protecteurs
L'élimination des groupes protecteurs phosphate ß-cyanoéthyle des oligonucléotides
dans des solutions concentrées d'hydroxyde d'ammonium à des températures allant
de 26 à 650 °C peut entraîner des modifications des bases hétérocycliques, en particulier
la thymine et la cytosine.
Le groupe β-cyanoéthyle du squelette du phosphate est éliminé dans l'hydroxyde
d'ammonium par un mécanisme d'élimination β et forme l'acrylonitrile qui est l'espèce
réactive dans l'alkylation et la modification des bases.
Effet du traitement utilisant du
DEA
L'élimination β est inutile si les oligonucléotides (encore fixés sur le support solide) sont
traités avec une solution de diéthylamine (DEA) à 20 % dans de l'acétonitrile anhydre
passant dans la colonne pendant 10 minutes, puis font l'objet d'un clivage et d'une dé-
protection réguliers dans une solution d'hydroxyde d'ammonium. Ce protocole de dépro-
tection modifié augmente de 3 à 7 % le rendement du produit oligonucléotidique de
longueur complète, en fonction de la composition de l'oligonucléotide.
ÄKTA oligopilot plus Mode d'emploi 28959748 AE
C Chimie de la synthèse d'oligonucléotides
C.6 Traitement post-synthétique
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