Page 1 ÄKTA ™ oligopilot ™ plus Mode d'emploi Traduit de l'anglais...
Page 2: Table Des Matières
Table des matières Table des matières Introduction ......................À propos de ce mode d'emploi ....................... Informations importantes pour l'utilisateur ................Informations réglementaires ......................1.3.1 Directives UE ............................ 1.3.2 Réglementations pour les États-Unis et le Canada ............1.3.3 Autres règlementations et normes ..................Documentation connexe ........................
Page 3 Table des matières Ajout de flacons d'amidite supplémentaires ................Fonctionnement ....................Présentation du fonctionnement ....................Démarrage de l'instrument et du logiciel de commande du système......Configurer une analyse ........................Préparations avant de démarrer ....................Réaliser une analyse ........................... Procédure de post-synthèse ................Maintenance ......................
Page 4 Table des matières Annexe C Chimie de la synthèse d’oligonucléotides ........La réaction de couplage ........................Chimie de protection ........................... Chimie de l’activation .......................... Le support solide ........................... Le cycle de synthèse ........................... Traitement post-synthétique ......................Oligonucléotides thiolés ........................Annexe D Analyse et purification d'oligonucléotides ........
Page 5: Introduction
1 Introduction Introduction À propos de ce chapitre Ce chapitre contient des informations importantes pour l'utilisateur, l'utilisation prévue des systèmes ÄKTA oligopilot plus, des définitions des consignes de sécurité, des infor- mations réglementaires, et des listes de documents associés. Dans ce chapitre Section Voir page 1.1 À...
Page 6: À Propos De Ce Mode D'emploi
1 Introduction 1.1 À propos de ce mode d'emploi À propos de ce mode d'emploi Objectif de ce manuel Le mode d'emploi fournit les instructions nécessaires pour installer, faire fonctionner et entretenir le produit en toute sécurité. Portée de ce manuel Ce Mode d'emploi couvre les instruments ÄKTA oligopilot plus 10 et ÄKTA oligopilot plus 100 ainsi que le logiciel de commande UNICORN™.
Page 7 1 Introduction 1.1 À propos de ce mode d'emploi Conventions typographiques Les éléments du logiciel sont identifiés dans le texte par du texte en gras et en italique. Deux points séparent les niveaux de menu, ainsi File:Open renvoie à la commande Open dans le menu File.
Page 8: Informations Importantes Pour L'utilisateur
1 Introduction 1.2 Informations importantes pour l'utilisateur Informations importantes pour l'utilisateur À lire avant d'utiliser le produit Tous les utilisateurs doivent lire l'intégralité du Mode d'emploi avant d'installer, d'utiliser ou de procéder à la maintenance du produit. Toujours conserver le Mode d'emploi à portée de main lors de l'utilisation du produit. Ne pas utiliser le produit en suivant une procédure autre que celle décrite dans le manuel d'utilisation.
Page 9 1 Introduction 1.2 Informations importantes pour l'utilisateur Consignes de sécurité Ce manuel d'utilisation contient des consignes de sécurité (AVERTISSEMENT, MISE EN GARDE et AVIS) sur l'utilisation en toute sécurité du produit. Voir les définitions ci-dessous. AVERTISSEMENT AVERTISSEMENT indique une situation dangereuse qui, si elle n'est pas évitée, pourrait entraîner le décès ou de graves blessures.
Page 10: Informations Réglementaires
Informations sur la fabrication Le tableau ci-dessous résume les informations requises sur la fabrication. Exigence Informations Nom et adresse du fabricant GE Healthcare Bio-Sciences AB, Björkgatan 30, SE 751 84 Uppsala, Sweden Dans cette section Section Voir page 1.3.1 Directives UE 1.3.2 Réglementations pour les États-Unis et le Canada...
Page 11: Directives Ue
• utilisé dans l'état où il a été livré par GE, exception faite des modifications décrites dans le mode d'emploi ou les manuels d'utilisation. ÄKTA oligopilot plus Mode d'emploi 28959748 AE...
Page 12: Réglementations Pour Les États-Unis Et Le Canada
Remarque : L'utilisateur est mis en garde que toute modification non expressément approuvée par GE pourrait annuler l'autorité de l'utilisateur de faire fonctionner l'équipement. Cet équipement a été testé et s'est avéré conforme aux limites d'un appareil numérique de classe A, conformément à...
Page 13 1 Introduction 1.3 Informations réglementaires 1.3.2 Réglementations pour les États-Unis et le Canada Conformité CAN ICES/NMB Ce produit est conforme à la norme canadienne ICES-001/NMB-001 relative à la compa- tibilité électromagnétique. ÄKTA oligopilot plus Mode d'emploi 28959748 AE...
Page 14: Autres Règlementations Et Normes
1 Introduction 1.3 Informations réglementaires 1.3.3 Autres règlementations et normes 1.3.3 Autres règlementations et normes Introduction Cette section décrit les normes qui s'appliquent au système ÄKTA oligopilot plus. Conformité environnementale Ce produit est conforme aux exigences environnementales suivantes. Exigence Titre 2012/19/UE Directive Déchets d'équipements électriques et électroniques (WEEE)
Page 15 1 Introduction 1.3 Informations réglementaires 1.3.3 Autres règlementations et normes AVIS Cet équipement n’est pas destiné à être utilisé dans un environne- ment résidentiel et peut ne pas fournir une protection adéquate contre la réception radioélectrique dans de tels environnements. ÄKTA oligopilot plus Mode d'emploi 28959748 AE...
Page 16: Documentation Connexe
1 Introduction 1.4 Documentation connexe Documentation connexe Introduction Cette section décrit la documentation utilisateur fournie avec le produit, et indique comment télécharger ou commander de la documentation associée auprès de GE. Documentation spécifique au système Documentation Contenu principal ÄKTA oligopilot plus Operating Instructions nécessaires pour la mise en place,...
Page 17 1.4 Documentation connexe Documentation sur les composants La documentation sur les composants produits par GE et par un tiers est, le cas échéant, également incluse dans le kit de documentation. Remarque : Les manuels des composants ÄKTA fournis avec le système ÄKTA oligopilot plus ont été...
Page 18: Consignes De Sécurité
2 Consignes de sécurité Consignes de sécurité À propos de ce chapitre Ce chapitre décrit les précautions de sécurité, les étiquettes et les symboles figurant sur l'équipement. Il décrit également les procédures d'urgence et de rétablissement et fournit des informations relatives au recyclage. Important AVERTISSEMENT Avant d'installer, d'utiliser ou d'entretenir le produit, tous les...
Page 19: Consignes De Sécurité
Ne pas utiliser le produit d'une façon différente de ce qui est indiqué dans le manuel d'utilisation. AVERTISSEMENT Seul du personnel correctement formé est autorisé à utiliser ce produit et à procéder à sa maintenance. AVERTISSEMENT N'utiliser aucun accessoire non fourni ou recommandé par GE. ÄKTA oligopilot plus Mode d'emploi 28959748 AE...
Page 20 2 Consignes de sécurité 2.1 Consignes de sécurité AVERTISSEMENT Ne pas utiliser le ÄKTA oligopilot plus s'il ne fonctionne pas correc- tement ou s'il est endommagé. Par exemple : • le cordon électrique ou la prise est endommagé(e) • l'appareil est tombé et s'est endommagé •...
Page 21 Installation et déplacement du produit AVERTISSEMENT Le produit doit être installé et préparé par le personnel de GE ou par un tiers autorisé par GE. AVERTISSEMENT Tension d'alimentation. Avant de connecter le cordon d'alimenta- tion, s'assurer que la tension d'alimentation au niveau de la prise murale correspond au marquage de l'instrument.
Page 22 Terre de protection. Le produit doit toujours être raccordé à une prise électrique mise à la terre. AVERTISSEMENT Cordon électrique. N'utiliser que des cordons électriques dotés de prises homologuées fournies ou approuvés par GE. AVERTISSEMENT Ne pas bloquer les entrées et les sorties d'aération du système. AVERTISSEMENT Installation de l'ordinateur.
Page 23 2 Consignes de sécurité 2.1 Consignes de sécurité AVERTISSEMENT L'alimentation en gaz inerte ne doit jamais dépasser 0,5 bar. AVERTISSEMENT Couper l'alimentation. Toujours débrancher l'instrument avant de remplacer tout composant, sauf mention contraire dans le manuel d'utilisation. AVERTISSEMENT Avant de raccorder une colonne, lire le manuel d'utilisation de la colonne.
Page 24 2 Consignes de sécurité 2.1 Consignes de sécurité AVIS Tout ordinateur utilisé avec l'appareil doit être conforme à la norme CEI 60950 et doit être installé et utilisé conformément aux instruc- tions du fabricant. Fonctionnement AVERTISSEMENT Avant utilisation, toutes les connexions de procédé et le système de tuyauterie doivent être testés pour détecter toute fuite éventuelle à...
Page 25 2 Consignes de sécurité 2.1 Consignes de sécurité AVERTISSEMENT Ne jamais placer de conteneurs de solvants sur la porte de la vanne, en raison du risque de chute des conteneurs lors de l'ouverture de la porte de la vanne. AVERTISSEMENT Tous les solvants sont volatils et doivent être considérés comme dangereux.
Page 26 AVIS Le tétrahydrofurane (THF) n'est pas compatible avec les circuits d’écoulement des synthétiseurs d’oligonucléotides de GE et, en conséquence, ne doit pas être utilisé dans les systèmes. Les réactifs contenant du THF sont en général des solutions de capping et d’oxydation.
Page 27 AVERTISSEMENT Risque de choc électrique. Toutes les réparations doivent être réalisées par un personnel de maintenance agréé par GE. Ne pas ouvrir les capots et ne pas remplacer de pièces, à moins que cela ne soit spécifiquement indiqué dans le manuel d'utilisation.
Page 28 AVERTISSEMENT Utiliser exclusivement des pièces approuvées. Utiliser uniquement des pièces de rechange et des accessoires approuvés ou fournis par GE pour la maintenance ou les réparations du produit. ÄKTA oligopilot plus Mode d'emploi 28959748 AE...
Page 29 2 Consignes de sécurité 2.1 Consignes de sécurité AVERTISSEMENT Risque de basculement. Si des composants lourds, tels que la pompe, sont retirés du support et que la porte est grande ouverte, le décalage du centre de gravité du système peut entraîner le basculement du système.
Page 30 2 Consignes de sécurité 2.1 Consignes de sécurité AVIS Éviter la condensation. Si le système ÄKTA oligopilot plus est conservé dans une pièce ou une enceinte froide ou un équipement similaire, le maintenir allumé afin d'éviter toute condensation. ÄKTA oligopilot plus Mode d'emploi 28959748 AE...
Page 31: Étiquettes
2 Consignes de sécurité 2.2 Étiquettes Étiquettes Introduction Cette section décrit la plaque signalétique du système et les autres étiquettes de sécurité ou réglementaires apposées sur le produit. Étiquette du système L'illustration suivante montre des exemples d'étiquettes système apposées sur l'instru- ment ÄKTA oligopilot plus.
Page 32 2 Consignes de sécurité 2.2 Étiquettes Description des symboles de l'étiquette du système Les symboles suivants peuvent figurer sur l'étiquette du système : Sym- Signification bole/texte Avertissement ! Lire le manuel d'utilisation avant d'utiliser le sys- tème. Ne pas ouvrir les capots et ne pas remplacer de pièces, à moins que cela ne soit spécifiquement indiqué...
Page 33 2 Consignes de sécurité 2.2 Étiquettes Sym- Signification bole/texte CAN ICES- La norme CAN ICES-1/NMB-1 indique que ce produit est conforme 1/NMB-1 à la norme canadienne ICES-001 concernant les exigences tech- niques relatives aux émissions sonores transmises par rayonnement en provenance de générateurs de fréquence radio industriels, scientifiques et médicaux.
Page 34: Procédures D'urgence
2 Consignes de sécurité 2.3 Procédures d'urgence Procédures d'urgence Introduction Cette section décrit comme arrêter l’instrument ÄKTA oligopilot plus en cas d’urgence, et indique la procédure de redémarrage de l’instrument ÄKTA oligopilot plus. Elle décrit également les conséquences en cas de coupure de courant. Consignes de sécurité...
Page 35 2 Consignes de sécurité 2.3 Procédures d'urgence Coupure de courant Les conséquences d'une coupure de courant dépendent de l'unité affectée. Coupure de courant entraîne... sur... Instrument ÄKTA L'analyse est immédiatement interrompue, avec un • oligopilot plus état non défini Les données recueillies au moment de la coupure de •...
Page 36: Informations Sur Le Recyclage
Recyclage des substances dangereuses Le produit contient des substances dangereuses. Des informations détaillées sont dispo- nibles auprès de votre représentant GE. Mise au rebut des composants électriques Les déchets issus des équipements électriques et électroniques ne doivent pas être éli- minés comme des ordures ménagères non triées et doivent être collectés séparément.
Page 37: Description Du Système
3 Description du système Description du système À propos de ce chapitre Ce chapitre donne un aperçu du système ÄKTA oligopilot plus et une brève description de ses fonctions. Dans ce chapitre Section Voir page 3.1 Vue d'ensemble du système 3.2 Composants du système 3.3 Logiciel de commande ÄKTA oligopilot plus Mode d'emploi 28959748 AE...
Page 38: Vue D'ensemble Du Système
3 Description du système 3.1 Vue d'ensemble du système Vue d'ensemble du système Introduction à ÄKTA oligopilot plus ÄKTA oligopilot plus est un système totalement automatisé destiné à la synthèse des oligonucléotides d'ADN et d'ARN. Illustration de l'instrument L'illustration ci-dessous montre les principales parties de l'instrument : Pièce Fonction Box 900...
Page 39 3 Description du système 3.1 Vue d'ensemble du système Pièce Fonction Pompe P-900 (P-901 alt. P-903) Interrupteur d’alimentation Manomètres Vanne d'évacuation de colonne, V7 (IV-908) Colonne (réacteur) et support de colonne Glissières de flacons d'amidite Vanne d'admission de colonne, V6 (IV-908) Connexions électriques et de communication L'illustration ci-dessous montre les branchements électriques et de communication.
Page 40 3 Description du système 3.1 Vue d'ensemble du système N° Description Connecteur UniNet-1 Entrée alimentation secteur Prise d'alimentation secteur Cordon électrique Alimentation électrique de l’unité CU-950 Câble USB vers l'ordinateur CU-950 Câble UniNet-1 ÄKTA oligopilot plus Mode d'emploi 28959748 AE...
Page 41: Composants Du Système
3 Description du système 3.2 Composants du système Composants du système Introduction Cette section décrit les différents composants du système ÄKTA oligopilot plus. Dans cette section Section Voir page 3.2.1 Pompes P-900 3.2.2 Vannes 3.2.3 Moniteurs 3.2.4 Limiteur de débit FR-902 3.2.5 Alimentation en gaz inerte 3.2.6 Accessoires 3.2.7 Colonnes et réacteurs...
Page 42: Pompes P-900
3 Description du système 3.2 Composants du système 3.2.1 Pompes P-900 3.2.1 Pompes P-900 Les pompes P-900 sont des pompes de laboratoire hautes performances destinées à toute application requérant un contrôle précis du débit de liquide. Les pompes sont équipées de deux modules de pompe contenant chacun deux pistons. Les modules de pompe peuvent fonctionner indépendamment.
Page 43: Vannes
3 Description du système 3.2 Composants du système 3.2.2 Vannes 3.2.2 Vannes Vanne IV-908 La vanne IV-908 est une vanne motorisée à 8 voies pouvant prendre en charge des débits élevés et des contre-pressions jusqu'à 20 bars. La vanne IV-908 est utilisée pour l'administration de réactifs, la sélection de la colonne, la dérivation (contournement) de la colonne et l’évacuation des déchets.
Page 44 3 Description du système 3.2 Composants du système 3.2.2 Vannes Vanne 8 La vanne 8 est une vanne de séparation des déchets permettant de séparer les hydro- carbures chlorés des autres déchets. La séparation est contrôlée automatiquement par des méthodes de synthèse. Le sélecteur de déchets (voir l’image ci-dessous) peut égale- ment être utilisé...
Page 45 3 Description du système 3.2 Composants du système 3.2.2 Vannes Le système ÄKTA oligopilot plus comprend une vanne INV-907 qui assure les fonctions de vanne de recirculation. La position 1 et la position 2 sont respectivement la position de flux continu et la position de recirculation. La position 3 n'est pas utilisée. Port Connexion Port 1...
Page 46: Moniteurs
3 Description du système 3.2 Composants du système 3.2.3 Moniteurs 3.2.3 Moniteurs Moniteur pH/Cond-900 Le moniteur pH/C-900 est un moniteur combiné, destiné à assurer la surveillance précise de la conductivité et de la température en ligne. La fonctionnalité pH ne peut pas être utilisée pour les applications de synthèse.
Page 47 3 Description du système 3.2 Composants du système 3.2.3 Moniteurs Dans les applications du système ÄKTA oligopilot plus, les longueurs d'onde utilisées, de 254 à 700 nm, permettent d'utiliser une lampe à faible intensité. Cette faible intensité permet de prolonger la durée de vie de la lampe. La combinaison des fibres optiques et d'une chambre de mesure de conception unique permet un rapport signal/bruit élevé...
Page 48: Limiteur De Débit Fr-902
3 Description du système 3.2 Composants du système 3.2.4 Limiteur de débit FR-902 3.2.4 Limiteur de débit FR-902 Le limiteur de débit FR-902 génère une contre-pression constante afin de prévenir la formation de bulles d'air après la colonne, dans les chambres de mesure. Le limiteur de débit FR-902 permet également de maintenir une distribution régulière de réactifs dans la colonne.
Page 49: Alimentation En Gaz Inerte
3 Description du système 3.2 Composants du système 3.2.5 Alimentation en gaz inerte 3.2.5 Alimentation en gaz inerte Description Un gaz protecteur inerte est utilisé pour créer un environnement exempt d’eau pour les réactifs. Le gaz est administré par une ligne d'alimentation en gaz externe dotée d’un régulateur au niveau de l’unité...
Page 50 3 Description du système 3.2 Composants du système 3.2.5 Alimentation en gaz inerte Les flacons d'activateur et de thiolation sont reliés par un connecteur en Y (tubulure portant un repère vert), et les flacons d'amidite sont alimentés depuis le collecteur droit (manomètre Manifold 2).
Page 51 3 Description du système 3.2 Composants du système 3.2.5 Alimentation en gaz inerte Régulateur argon Il y a deux régulateurs argon à l’intérieur de la porte du système ÄKTA oligopilot plus et deux manomètres dans l’angle du système. Le régulateur doit être réglé sur 0,3 bar pour créer une légère surpression dans les flacons de réactif afin de maintenir un environne- ment sans air/eau.
Page 52: Accessoires
3 Description du système 3.2 Composants du système 3.2.6 Accessoires 3.2.6 Accessoires Bouchons et connecteurs des flacons Des bouchons spéciaux assurent une étanchéité parfaite et protègent les réactifs de l'humidité. Les bouchons comportent trois connecteurs de tubulure séparés pour l’admi- nistration des solvants et un connecteur pour l’administration du gaz inerte.
Page 53 3 Description du système 3.2 Composants du système 3.2.6 Accessoires Bagues pour les connecteurs de tubulure, pour le raccordement avec la vanne d'amidite ou le panneau d'entrée du réactif et le filtre d'entrée • Tubulure de gaz inerte Tubulures en ETFE ou FEP Deux connecteurs de tubulure appropriés Bagues pour les connecteurs de tubulure, pour le raccordement avec le collecteur de gaz d’amidite ou le panneau d'entrée de réactif...
Page 54 3 Description du système 3.2 Composants du système 3.2.6 Accessoires Contrôleur CU-950 Le CU-950 est une unité de contrôle externe qui est raccordée à l'ordinateur et au système ÄKTA oligopilot plus. L'illustration ci-dessous présente les panneaux avant et arrière de l'unité CU-950. ÄKTA oligopilot plus Mode d'emploi 28959748 AE...
Page 55 3 Description du système 3.2 Composants du système 3.2.6 Accessoires Glissière de flacon d'amidite Le système ÄKTA oligopilot plus standard est fourni avec huit glissières de flacon d'amidite. Chaque glissière peut contenir un flacon standard de 100 ml. Quatre glissières supplé- mentaires peuvent être incluses.
Page 56: Colonnes Et Réacteurs
3 Description du système 3.2 Composants du système 3.2.7 Colonnes et réacteurs 3.2.7 Colonnes et réacteurs Réacteur de colonne Le réacteur de colonne maintient le support solide sur lequel la synthèse est réalisée. Une fois la synthèse terminée, la colonne est retirée du système ÄKTA oligopilot plus et le support est traité...
Page 57 3 Description du système 3.2 Composants du système 3.2.7 Colonnes et réacteurs Support de réacteur de colonne Le réacteur de colonne est monté dans un support de colonne approprié pour la prise en charge de volumes compris entre 1,2 et 48 ml. Le support de colonne, fourni conjointement avec le système ÄKTA oligopilot plus 100, est un accessoire obligatoire pour utiliser des colonnes de 1,2 ml avec le système ÄKTA oligopilot plus 10.
Page 58 3 Description du système 3.2 Composants du système 3.2.7 Colonnes et réacteurs FineLINE ™ 35 oligo column La colonne FineLINE 35 oligo convient pour des volumes de colonne compris entre 10 et 100 ml. La plage de l'échelle dépend du chargement du support. Le filtre est fabriqué en acier inoxydable, avec une taille des pores de verre fritté...
Page 59 3 Description du système 3.2 Composants du système 3.2.7 Colonnes et réacteurs Adjustable oligo column La colonne Adjustable oligo convient pour des volumes de colonne compris entre 30 et 200 ml. Le filtre est fabriqué en titane, avec une taille des pores de verre fritté de 20 μm. La colonne est destinée au développement d'une méthode à...
Page 60: Logiciel De Commande
3 Description du système 3.3 Logiciel de commande Logiciel de commande Logiciel de commande du UNICORN Le système ÄKTA oligopilot plus est contrôlé par le logiciel UNICORN. UNICORN est un progiciel complet dédié au contrôle et à la supervision des systèmes de chromatogra- phie/de production d’oligonucléotides.
Page 61: Installation
4 Installation Installation À propos de ce chapitre Ce chapitre fournit les informations nécessaires pour permettre aux utilisateurs et au personnel de maintenance de déballer, d'installer, de déplacer et de transporter le sys- tème ÄKTA oligopilot plus. Dans ce chapitre Section Voir page 4.1 Exigences du site...
Page 62: Exigences Du Site
4 Installation 4.1 Exigences du site Exigences du site Exigences environnementales Paramètre Exigence Emplacement alloué Utilisation en intérieur Emplacement Paillasse de laboratoire stable, min. 200 × 80 cm Température ambiante 4 à 40°C Humidité 20% à 95 %, sans condensation Pression atmosphérique 840 à...
Page 63: Transport
4 Installation 4.2 Transport Transport Introduction L'équipement pèse 63 kg et il faut au moins trois personnes pour le soulever et le déplacer, à moins qu'un dispositif de levage approprié soit utilisé. L'équipement peut être transporté sur un chariot pouvant supporter au moins 80 kg. AVIS Soulever l'instrument en position droite.
Page 64 4 Installation 4.2 Transport ÄKTA oligopilot plus Mode d'emploi 28959748 AE...
Page 65: Déballage
Vérifier que toutes les pièces sont montées sur le système ou incluses dans la boîte du kit d’accessoires. En cas de dommages, noter ces derniers de manière détaillée et contacter un représen- tant GE local. Déballer le système Retirer les sangles et l'emballage, puis mettre l'équipement debout sur son pied pivotant avant de commencer l'installation.
Page 66: Assemblage
4 Installation 4.4 Assemblage Assemblage Montage avant l’utilisation Les pièces suivantes doivent être raccordées à l'instrument ÄKTA oligopilot plus avant d'utiliser ce dernier : • Conteneur à déchets • Unité CU-950 (à raccorder entre l’ordinateur et le système ÄKTA oligopilot plus). •...
Page 67: Connexions
4 Installation 4.5 Connexions Connexions Communication Connectez le réseau, les câbles d'interface et l'ordinateur conformément aux schémas électriques figurant dans Connexions électriques et de communication, à la page 39 Assurez-vous que le logiciel de contrôle UNICORN est installé sur l'ordinateur. Installer l'unité...
Page 68: Installation, Vérification Et Réinstallation Du Système
5 Installation, vérification et réinstallation du système Installation, vérification et réinstalla- tion du système À propos de ce chapitre Ce chapitre contient des informations sur la procédure de vérification de l’installation du système. Dans ce chapitre Section Voir page 5.1 Essai de l'installation 5.2 Synthèse de la vérification 5.3 Réinstallation du système ÄKTA oligopilot plus Mode d'emploi 28959748 AE...
Page 69: Essai De L'installation
5 Installation, vérification et réinstallation du système 5.1 Essai de l'installation Essai de l'installation Objectif du test d'installation Bien que le test d'installation du système soit conçu comme un test préliminaire de fonctionnement du système ÄKTA oligopilot plus, ce test peut également permettre de tester périodiquement le système de distribution de solvant et le moniteur UV du système ÄKTA oligopilot plus.
Page 70 5 Installation, vérification et réinstallation du système 5.1 Essai de l'installation Définitions de systèmes Suivre les étapes ci-dessous pour démarrer le système. Étape Action Allumer l'unité du système à l'aide de l'interrupteur d’alimentation situé à gauche sur la plate-forme de base. Allumer l'ordinateur, l'écran et l'imprimante conformément aux instructions des manuels du fabricant.
Page 71 5 Installation, vérification et réinstallation du système 5.1 Essai de l'installation Étape Action Raccorder un flacon de 500 ml d'acétone à 1 % dans de l'acétonitrile, ou • de toluène à 0,2 % dans de l'acétonitrile • à la position 13 (entrée de gaz) sur le panneau d'entrée du réactif. Raccorder le flacon d'acétone à...
Page 72 5 Installation, vérification et réinstallation du système 5.1 Essai de l'installation Étape Action Faire fonctionner la pompe B à 10 ml/min. Vérifier l'affichage de la pompe pour voir si la pression est stable (fluctuation < 1,0 bar). Remarque : Vérifier l’absence de fuites au niveau de la pompe ou des connecteurs. Si la pression est stable, cliquer sur END et passer à...
Page 73 5 Installation, vérification et réinstallation du système 5.1 Essai de l'installation Masquage des informations dans la fenêtre Curves Suivre les étapes ci-dessous pour masquer les informations dans la fenêtre Curves. Étape Action À l'aide du bouton droit de la souris, cliquer sur la fenêtre Curves et sélec- tionner Properties dans le menu contextuel.
Page 74 5 Installation, vérification et réinstallation du système 5.1 Essai de l'installation Étape Action Sélectionner les courbes à afficher comme indiqué dans l’illustration suivante. Cliquer sur OK. Vérification de la courbe de pression. Suivre les étapes ci-dessous pour contrôler la courbe de pression. Étape Action Sélectionner la courbe de pression et désélectionner toutes les autres...
Page 75 5 Installation, vérification et réinstallation du système 5.1 Essai de l'installation Obtention et impression du pourcentage de réponse Suivre les étapes ci-dessous pour obtenir et imprimer le pourcentage de réponse. Étape Action Calculer le pourcentage de réponse en utilisant le tableau suivant, qui contient des valeurs UV typiques.
Page 76: Synthèse De La Vérification
5 Installation, vérification et réinstallation du système 5.2 Synthèse de la vérification Synthèse de la vérification Introduction Cette section fournit des informations générales relatives à la synthèse de vérification. Objet de la synthèse de vérification Effectuer la synthèse de vérification dans le cadre de l'installation ou de la réinstallation du système ÄKTA oligopilot plus et vérifier que ce dernier fonctionne après le dépannage.
Page 77: Réinstallation Du Système
5 Installation, vérification et réinstallation du système 5.3 Réinstallation du système Réinstallation du système Introduction Ce chapitre donne les instructions à suivre pour réinstaller le système. MISE EN GARDE Objet lourd. Utiliser les équipements de levage appropriés pour déplacer les systèmes. Trois personnes sont nécessaires pour lever le système en toute sécurité.
Page 78 5 Installation, vérification et réinstallation du système 5.3 Réinstallation du système Raccordement de l'alimentation en gaz inerte Suivre les étapes ci-dessous pour raccorder l'alimentation en gaz inerte. Étape Action Raccorder un régulateur de gaz inerte comportant un raccord cannelé de 1/4 po à...
Page 79 5 Installation, vérification et réinstallation du système 5.3 Réinstallation du système Raccordement des flacons de réactif Si le système ÄKTA oligopilot plus 10 est utilisé, suivre les instructions ci-dessous : Étape Action Raccorder la tubulure destinée aux flacons de réactif (tubulure en FEP de 1,6 mm de Ø...
Page 80: Procédure De Pré-Synthèse
6 Procédure de pré-synthèse Procédure de pré-synthèse À propos de ce chapitre Ce chapitre décrit la préparation standard requise avant d'effectuer une synthèse à l'aide du système ÄKTA oligopilot plus. Dans ce chapitre Section Voir page 6.1 Éléments nécessaires 6.2 Préparation des solutions 6.3 Préparation d’une synthèse de vérification 6.4 Préparation du réacteur de colonne 6.5 Raccordement des réactifs et des solutions au panneau d'entrée...
Page 81: Éléments Nécessaires
AVIS Le tétrahydrofurane (THF) n'est pas compatible avec les circuits d’écoulement des synthétiseurs d’oligonucléotides de GE et, en conséquence, ne doit pas être utilisé dans les systèmes. Les réactifs contenant du THF sont en général des solutions de capping et d’oxydation.
Page 82 Minneapolis. Tamis moléculaires GE recommande d'utiliser des tamis moléculaires de 3 Å dans les flacons d'amidite, d'activateur et d'acétonitrile. Cela permet de minimiser le risque de contamination de l'eau et augmente le temps de stabilité pendant lequel les réactifs et les amidites peuvent être raccordés au système.
Page 83 6.1 Éléments nécessaires Filtres GE recommande d'utiliser des filtres pour flacons dans les flacons de réactif et de solvant. Changer les filtres à chaque remplacement de flacon. Les filtres pour flacons sont fournis en paquets de 500 (référence 18102985) et sont adaptés aux tubulures de Ø ext. de 1/16 po.
Page 84: Préparation Des Solutions
6 Procédure de pré-synthèse 6.2 Préparation des solutions Préparation des solutions Introduction Cette section décrit la préparation des réactifs et des solvants pour les utiliser avec l'ÄKTA oligopilot plus. Consignes de sécurité AVERTISSEMENT Tous les solvants sont volatils et doivent être considérés comme dangereux.
Page 85 6 Procédure de pré-synthèse 6.2 Préparation des solutions Mesures de précaution : conditions anhydres L'humidité peut significativement affecter le résultat de la synthèse. Pour des résultats optimaux, prendre les précautions suivantes : • Travailler rapidement lorsque les flacons sont ouverts pour éviter toute pénétration d’humidité...
Page 86 6.2 Préparation des solutions Réactif Description Activateur GE recommande d'utiliser du benzylthio-tétrazole (BTT) comme activateur, à une concentration de 0,3 M. Pour la synthèse de l'ADN, une concentration de 0,25 M est suffisante. S’assurer que l'activateur est complètement dissous, puis ajouter des tamis moléculaires de 3 Å...
Page 87 6 Procédure de pré-synthèse 6.2 Préparation des solutions Réactif Description Réactif de thiola- Plusieurs compositions de réactifs de thiolation sont couram- tion ment utilisées – certaines d'entre elles étant de propriété exclu- sive et protégées par des brevets. S'assurer que les paramètres de méthode corrects sont utilisés pour le réactif choisi.
Page 88 6 Procédure de pré-synthèse 6.2 Préparation des solutions Alimentation en gaz inerte AVERTISSEMENT L'alimentation en gaz inerte ne doit jamais dépasser 0,5 bar. Remarque : S'assurer que l'alimentation en gaz inerte est exempte d'eau et de di- oxyde de carbone, qui peuvent tous deux réduire considérablement l'efficacité...
Page 89: Préparation D'une Synthèse De Vérification
6 Procédure de pré-synthèse 6.3 Préparation d’une synthèse de vérification Préparation d’une synthèse de vérification Notes et conseils sur la préparation des réactifs Lors de la préparation des réactifs pour un cycle de synthèse, tenir compte des conseils suivants. • Les déchets doivent être collectés dans un conteneur fermé...
Page 90 6 Procédure de pré-synthèse 6.3 Préparation d’une synthèse de vérification Réactif Volume néces- Volume recom- saire (ml) mandé (ml) Activateur (0,3 M de BTT) DEA (à 20 % dans de l’ACN) Caractéristiques de la synthèse pour ÄKTA oligopilot plus 10 •...
Page 91 6 Procédure de pré-synthèse 6.3 Préparation d’une synthèse de vérification Réactif Exigence Préparation minimale Détritylation < 1000 ml 1000 ml Réactif de capping A 19 ml 100 ml Réactif de capping B 19 ml 100 ml 40 ml 100 ml Réactif d'oxydation 120 ml 1000 ml...
Page 92: Préparation Du Réacteur De Colonne
6 Procédure de pré-synthèse 6.4 Préparation du réacteur de colonne Préparation du réacteur de colonne À propos des réacteurs de colonne fixe Les réacteurs de colonne fixe (1,2, 6,3, 12, 24 et 48 ml) sont réalisés en acier inoxydable avec un filtre en acier inoxydable (maille de 20 μm) à chaque extrémité. Application sur la colonne Garnir la colonne conformément au mode d'emploi de chaque support spécifique.
Page 93 6 Procédure de pré-synthèse 6.4 Préparation du réacteur de colonne Étape Action Placer le filtre en acier sur la partie supérieure de la colonne et le joint torique sur le filtre. Visser l'adaptateur de colonne en place. Ne pas serrer excessive- ment.
Page 94 6 Procédure de pré-synthèse 6.4 Préparation du réacteur de colonne Garnissage avec Primer Support 5G en tant que coulis Cette méthode de garnissage est appropriée lorsque des colonnes à adaptateur de type variable sont utilisées. Préparer un coulis en ajoutant 3 parts d'acétonitrile à 1 part de Primer Support 5G.
Page 95: Raccordement Des Réactifs Et Des Solutions Au Panneau D'entrée
6 Procédure de pré-synthèse 6.5 Raccordement des réactifs et des solutions au panneau d'entrée Raccordement des réactifs et des solutions au pan- neau d'entrée Connecteurs du panneau d'entrée Raccorder les réactifs et les solutions aux connecteurs du panneau d'entrée conformé- ment au tableau suivant.
Page 96: Ajout De Flacons D'amidite Supplémentaires
6 Procédure de pré-synthèse 6.6 Ajout de flacons d'amidite supplémentaires Ajout de flacons d'amidite supplémentaires Dans cette section Cette section décrit la procédure d’installation de glissières supplémentaires destinées à accueillir des flacons d'amidite supplémentaires. Livraison standard Le système ÄKTA oligopilot plus standard est fourni avec huit glissières de flacon d'amidite. Chaque glissière peut contenir un flacon standard de 100 ml.
Page 97 6 Procédure de pré-synthèse 6.6 Ajout de flacons d'amidite supplémentaires Base Connecté à Vanne 1, position 8 Vanne 2, position 8 Vanne 3, position 4 Vanne 3, position 6 Remarque : Si une tubulure d'entrée d'amidite est raccordée à la vanne 3, une ligne d'acétonitrile supplémentaire doit être raccordée entre le bloc d'entrée d'acétonitrile et le port 5 de la vanne 3.
Page 98 6 Procédure de pré-synthèse 6.6 Ajout de flacons d'amidite supplémentaires Étape Action Raccorder la tubulure reliée au connecteur à serrage manuel au nouveau flacon d'amidite. Raccorder la tubulure en ETFE dotée d’un connecteur à serrage manuel au support de flacon. Remarque : Si un flacon d'amidite GL-45 est utilisé, raccorder la tubulure au connecteur marqué...
Page 99: Fonctionnement
7 Fonctionnement Fonctionnement À propos de ce chapitre Ce chapitre contient des instructions pour l'utilisation du produit en toute sécurité. Consignes de sécurité AVERTISSEMENT Ne pas utiliser le produit d'une façon différente de ce qui est indiqué dans le manuel d'utilisation. Dans ce chapitre Section Voir page...
Page 100: Présentation Du Fonctionnement
7 Fonctionnement 7.1 Présentation du fonctionnement Présentation du fonctionnement Déroulement Le déroulement typique dans ÄKTA oligopilot plus peut être divisé en un certain nombre d'étapes après avoir allumé le système et s'être connecté à UNICORN. Étape Action Section Créer une méthode Section 7.3 Configurer une analyse, à...
Page 101: Démarrage De L'instrument Et Du Logiciel De Commande Du Système
7 Fonctionnement 7.2 Démarrage de l'instrument et du logiciel de commande du système. Démarrage de l'instrument et du logiciel de com- mande du système. Démarrer l'instrument S’assurer que toutes les tubulures externes au système, y compris l'entrée de réactifs, les entrées d'amidite et les sorties pour déchets, sont raccordées correctement. Vérifier que les raccordements de toutes les tubulures sont serrés correctement et que toutes les vannes sont raccordées à...
Page 102 7 Fonctionnement 7.2 Démarrage de l'instrument et du logiciel de commande du système. Étape Action Dans la boîte de dialogue Logon, sélectionner un utilisateur dans la liste User name, puis saisir le mot de passe. Si l'utilisateur se connecte pour la première fois, sélectionner l'utilisateur default et saisir le mot de passe de- fault.
Page 103 7 Fonctionnement 7.2 Démarrage de l'instrument et du logiciel de commande du système. Pièce Fonction L'icône Instant Run lance immédiatement l'assistant de contrôle du sys- tème utilisé pour lancer une analyse. L'icône New Method ouvre le module Method Editor et affiche la boîte de dialogue New Method.
Page 104: Configurer Une Analyse
7 Fonctionnement 7.3 Configurer une analyse Configurer une analyse Introduction aux méthodes du système UNICORN Le système UNICORN est fourni avec un certain nombre de méthodes prédéfinies (appe- lées « méthodes modèles »). Selon la colonne utilisée, les méthodes de synthèse existent en une ou deux versions : l’une est destinée à...
Page 105 7 Fonctionnement 7.3 Configurer une analyse Étape Action Pour le système ÄKTA oligopilot plus 10, sélectionner la méthode modèle • Recycle 1 ml Column 10. Pour le système ÄKTA oligopilot plus 100, sélectionner la méthode modèle • Recycle 6 ml Column AKTA oligopilot 100. Toutes les méthodes possèdent des informations sur la méthode affichée dans la fenêtre Method notes.
Page 106 7 Fonctionnement 7.3 Configurer une analyse Étape Action Cliquer sur l'onglet Sequence. Résultat : Le nom de la séquence (Sequence name) et la séquence s'affichent. ÄKTA oligopilot plus Mode d'emploi 28959748 AE...
Page 107 7 Fonctionnement 7.3 Configurer une analyse Étape Action Pour changer le nom d'une séquence, cliquer sur Save Seq. La boîte de dia- logue Save Sequence s'ouvre avec un champ de saisie d'un nouveau nom. La même procédure est utilisée pour une nouvelle séquence. Saisir la sé- quence de 5' à...
Page 108 7 Fonctionnement 7.3 Configurer une analyse Étape Action Une fois la séquence et les étapes de méthode facultatives (Optional method steps) définies, cliquer sur Create Method. Résultat : La boîte de dialogue Save As s'ouvre. Saisir un nom de méthode de synthèse, par exemple, Test13. La technique Any est la sélection par défaut.
Page 109 7 Fonctionnement 7.3 Configurer une analyse Étape Action Saisissez le Weight_of_Support calculé lors du remplissage de la colonne. Saisir le Loading_of_Support approprié. Vérifier que Conc_Amidite_DNA est configuré pour la concentration des amidites dans les flacons d'amidites. Choisir File:Save ou cliquer sur l'icône Save pour enregistrer la méthode, à présent prête à...
Page 110: Préparations Avant De Démarrer
7 Fonctionnement 7.4 Préparations avant de démarrer Préparations avant de démarrer Avant le premier cycle Avant de lancer la première analyse, réaliser les préparations suivantes : • Connecter toutes les tubulures externes au système, y compris l'entrée de réactifs, les entrées d'amidite et les sorties pour déchets. •...
Page 111: Réaliser Une Analyse
7 Fonctionnement 7.5 Réaliser une analyse Réaliser une analyse Sélectionner une méthode Suivre les étapes ci-dessous pour sélectionner une méthode. Étape Action Dans la fenêtre UNICORN Manager, cliquer sur la méthode à utiliser avec le bouton droit de la souris, puis cliquer sur Run. Après quelques secondes, la première page du protocole de démarrage s'affiche.
Page 112 7 Fonctionnement 7.5 Réaliser une analyse Étape Action À la page Variables, vérifier les valeurs saisies pour les variables Weight_of_support et Loading_of_support. Remarque : Pour les systèmes ÄKTA oligopilot plus 10, seule l'échelle est saisie. Cliquer sur Next afin de passer à la page suivante. ÄKTA oligopilot plus Mode d'emploi 28959748 AE...
Page 113 7 Fonctionnement 7.5 Réaliser une analyse Étape Action La page Text Method s'ouvre, mais ne peut être modifiée à ce stade. Cepen- dant, il est recommandé de relire la séquence car ce qui est exécuté pendant la synthèse est ce qui est programmé dans la méthode texte. La page Se- quence est utilisée pour créer la méthode texte.
Page 114 7 Fonctionnement 7.5 Réaliser une analyse Étape Action Dans le champ Start Notes à la page Notes, l'utilisateur peut ajouter des informations sur la synthèse. Les remarques sont stockées dans le cadre du fichier de résultats de synthèse et peuvent être revues une fois la synthèse terminée.
Page 115 7 Fonctionnement 7.5 Réaliser une analyse Étape Action À la page Evaluation Procedures, sélectionner une procédure d'évaluation et un rapport de synthèse s'imprime automatiquement à la fin de la synthèse. Un rapport de synthèse peut également être imprimé manuellement au cours de l'évaluation.
Page 116 7 Fonctionnement 7.5 Réaliser une analyse Étape Action Cliquer sur Next. La page Questions s'ouvre. Les réponses et questions de cette page sont incluses dans le rapport de synthèse. Les questions n'affectent pas l'exécution de la méthode de synthèse. Les questions obligatoires doivent trouver ré- ponse avant de poursuivre.
Page 117 7 Fonctionnement 7.5 Réaliser une analyse Étape Action La page Result Name s'ouvre. Le nom du fichier de résultats de synthèse par défaut est la date (en chiffres) +01, où 01 est ajouté si l'opérateur réalise plusieurs synthèses le même jour (auquel cas, le suffixe de la prochaine analyse est 02, etc.).
Page 118 7 Fonctionnement 7.5 Réaliser une analyse Lancer l'analyse Suivre les étapes ci-dessous pour lancer le cycle. Étape Action Après avoir saisi un nom et un chemin de répertoire, cliquer sur Start. Résultat : Le cycle de synthèse commence. Tout d'abord, l'analyse est définie sur Pause et le message suivant s'affiche.
Page 119 7 Fonctionnement 7.5 Réaliser une analyse Visualiser l'analyse La progression du cycle peut être visualisée en détail dans le module System Control. Pendant la synthèse, les fenêtres de visualisation suivantes peuvent être affichées : Run Data, Curves, Flow scheme et Logbook. N°...
Page 120 7 Fonctionnement 7.5 Réaliser une analyse Terminer l'analyse Pour arrêter l'analyse sur un système avant qu'elle ne soit terminée : Cliquer sur End au-dessus de l'écran Run data. Couleurs des indicateurs d'état L'indicateur d'état est situé en bas de System Control. Le tableau ci-dessous montre les couleurs des indicateurs liés à...
Page 121: Procédure De Post-Synthèse
8 Procédure de post-synthèse Procédure de post-synthèse À propos de ce chapitre Ce chapitre décrit les instructions à suivre pour récupérer les oligonucléotides d'ADN sur le support et pour retirer les groupes de protection du produit. Remarque : Ce chapitre concerne le support d'amorçage Primer Support 5G et peut ne pas s'appliquer à...
Page 122 8 Procédure de post-synthèse Étape Action Placer le réacteur sur une fiole à vide avec un adaptateur (sans retirer la partie supérieure du réacteur). Appliquer le vide pendant plus de 30 minutes pour sécher le support. L'augmentation du poids de la colonne doit être d'au moins 1 gramme pour la colonne de 6,3 ml et de 0,2 gramme pour la colonne de 1,2 ml.
Page 123 8 Procédure de post-synthèse Étape Action À l'aide d'une spatule, transférer le support dans un flacon ou un tube. Pour résister à l’exposition dans des conditions de non-protection, le flacon ou le tube doivent être munis d'un joint en PTFE. Remarque : Après utilisation, nettoyer le réacteur de la colonne par sonication pendant 30 minutes dans du méthanol.
Page 124: Maintenance
9 Maintenance Maintenance À propos de ce chapitre Ce chapitre fournit des informations concernant le nettoyage, l'entretien, l'étalonnage et le stockage du produit à l’intention des utilisateurs et du personnel de maintenance. Important Il est important d’effectuer une maintenance régulière pour assurer un fonctionnement sécurisé...
Page 125 9 Maintenance Dans ce chapitre Section Voir page 9.1 Le programme de maintenance pour l'utilisateur 9.2 Nettoyage 9.3 Maintenance des composants 9.4 Désassemblage et assemblage des composants et consommables 9.5 Remplacement des fusibles 9.6 Étalonnage 9.7 Préparation à la mise en veille du système ÄKTA oligopilot plus 9.8 Stockage ÄKTA oligopilot plus Mode d'emploi 28959748 AE...
Page 126: Le Programme De Maintenance Pour L'utilisateur
9 Maintenance 9.1 Le programme de maintenance pour l'utilisateur Le programme de maintenance pour l'utilisateur Introduction Le calendrier de maintenance utilisateur fournit un guide des opérations de maintenance (et de leurs intervalles) qui doivent être effectuées par l’utilisateur. Il incombe cependant à...
Page 127 9 Maintenance 9.1 Le programme de maintenance pour l'utilisateur Intervalle Action Instructions/référence Toutes les Contrôler les filtres d'entrée Vérifier visuellement les filtres d'entrée et les remplacer si semaines nécessaire. Vérifier l'étanchéité des connecteurs dans les bouchons des flacons et sur le panneau d'entrée. Filtres (frittés) à...
Page 128 9 Maintenance 9.1 Le programme de maintenance pour l'utilisateur Intervalle Action Instructions/référence Tous les Limiteur de débit Vérifier que le limiteur de débit génère la contre-pression mois suivante : FR-902 : 0,2 ± 0,05 MPa Vérifier que la contre-pression est la suivante : 1 Débrancher le limiteur de débit.
Page 129 9 Maintenance 9.1 Le programme de maintenance pour l'utilisateur Intervalle Action Instructions/référence Tous les Inspection des vannes Vérifier qu'il n'y a pas de fuite interne ou externe. Rempla- cer la plaque du canal et la plaque de distribution chaque année ou lorsque cela est nécessaire. Voir la fiche d'ins- truction de la vanne concernée.
Page 130: Nettoyage
9 Maintenance 9.2 Nettoyage Nettoyage Nettoyage avant l'entretien / la réparation prévu(e) Pour garantir la protection et la sécurité du personnel d'entretien, tous les équipements et toutes les zones de travail doivent être propres et exempts de contaminants dangereux avant qu'un technicien de maintenance ne commence les travaux d'entretien. Veuillez remplir la liste de vérification sur le formulaire de déclaration de santé...
Page 131 9 Maintenance 9.2 Nettoyage AVERTISSEMENT Substances dangereuses. Lors de l'utilisation de substances chi- miques dangereuses, prenez toutes les mesures de protection ap- propriées, telles que le port de vêtements de protection, de lunettes de sécurité et de gants résistant aux substances utilisées. Respectez les réglementations locales et/ou nationales pour une utilisation et une maintenance en toute sécurité...
Page 132 9 Maintenance 9.2 Nettoyage Étape Action Aspirer 8 à 10 ml d'eau dans la seringue. Aspirer 8 à 10 ml d'air dans la seringue pour éliminer l'eau. Verser l'acide nitrique dans un bêcher et y plonger la tubulure en ETFE. Aspirer 8 à...
Page 133: Maintenance Des Composants
9 Maintenance 9.3 Maintenance des composants Maintenance des composants Introduction Cette section décrit les tâches de maintenance de la pompe P-900. La maintenance et le remplacement préventif des pièces des autres composants essentiels sont décrits dans les manuels respectifs inclus dans la documentation du système. La documentation du système inclut également une liste de pièces de rechange à...
Page 134 9 Maintenance 9.3 Maintenance des composants Étape Action Si les lignes d’entrée sont trop longues, il peut être nécessaire de raccorder une seringue de 20 à 60 ml résistante aux solvants à la vanne de purge P- 900 et d'aider la progression du solvant dans la pompe à l'aide de la seringue. Lorsqu'un débit constant est établi, fermer la vanne de purge et procéder de même avec les 3 têtes de pompe restantes.
Page 135 9 Maintenance 9.3 Maintenance des composants Étape Action Lorsque le niveau de liquide/d’acétonitrile dans le flacon est bas, ajouter du solvant jusqu'à ce que le niveau arrive à 1 cm sous la tubulure 3. Le solvant doit être changé lorsqu'il est décoloré (couleur brunâtre, jaunâtre). Si le sol- vant se décolore en moins d'une (1) semaine, cela indique qu’il est probable- ment temps d’effectuer une vérification de service et de remplacer les joints de pompe.
Page 136: Désassemblage Et Assemblage Des Composants Et Consommables
Lorsque des consommables sont remplacés, tels que les tubulures et les connecteurs de tubulures, toutes les précau- tions de sécurité nécessaires doivent être prises. Prendre contact avec un représentant GE local pour plus d'informations ou pour une assistance. Consignes de sécurité AVERTISSEMENT Couper l'alimentation.
Page 137: Remplacement Des Fusibles
AVERTISSEMENT Risque de choc électrique. Toutes les réparations doivent être réalisées par un personnel de maintenance agréé par GE. Ne pas ouvrir les capots et ne pas remplacer de pièces, à moins que cela ne soit spécifiquement indiqué dans le manuel d'utilisation.
Page 138: Étalonnage
9 Maintenance 9.6 Étalonnage Étalonnage Le tableau ci-dessous établit la liste du type et de la fréquence des étalonnages pouvant être réalisés sur l'instrument. Voir le manuel d'utilisation de UNICORN et les manuels d'utilisation et les instructions de chaque composant pour savoir comment réaliser ces étalonnages.
Page 139: Préparation À La Mise En Veille Du Système Äkta Oligopilot Plus
9 Maintenance 9.7 Préparation à la mise en veille du système ÄKTA oligopilot plus Préparation à la mise en veille du système ÄKTA oligopilot plus Suivre les étapes ci-dessous s’il est prévu de ne pas utiliser le système ÄKTA oligopilot plus pendant plusieurs semaines.
Page 140: Stockage
9 Maintenance 9.8 Stockage Stockage Recommandation générale Pour le stockage, le système doit être tout d'abord nettoyé comme décrit dans Nettoyer le circuit du système, à la page 130. Conditions de stockage Les conditions suivantes doivent être maintenues lorsque le système est stocké : •...
Page 141: Dépannage
Si les mesures suggérées dans ce guide ne résolvent pas le problème ou si le problème n'est pas évoqué dans ce guide, contacter un représentant GE pour obtenir des conseils. Dans ce chapitre Section Voir page 10.1 Problèmes des courbes d'UV...
Page 142: Problèmes Des Courbes D'uv
10 Dépannage 10.1 Problèmes des courbes d'UV 10.1 Problèmes des courbes d'UV Symptôme d'erreur Cause éventuelle Mesure corrective Signal UV bruyant, Connexions des fibres Vérifier les connexions de la fibre dérive ou instabilité UV médiocres optique de la chambre de mesure du signal UV.
Page 143: Problèmes Relatifs Au Moniteur
10 Dépannage 10.2 Problèmes relatifs au moniteur 10.2 Problèmes relatifs au moniteur Monitor pH/C-900 et Monitor UV-900 Symptôme Cause éventuelle Mesure corrective d'erreur Pas de texte Le câble d'alimentation Vérifier que l'interrupteur d'alimentation sur l'écran n'est pas raccordé est à la position ON (Marche). avant Pas de courant dans la Vérifier que la prise électrique fonctionne...
Page 144: Problèmes Des Courbes De Conductivité
10 Dépannage 10.3 Problèmes des courbes de conductivité 10.3 Problèmes des courbes de conductivité Symptôme d'erreur Cause éventuelle Mesure corrective Dérive ou signal Air dans la pompe ou Vérifiez le limiteur de débit après bruyant la chambre de me- la chambre de mesure. sure Fuite sur les Serrer les connecteurs.
Page 145 10 Dépannage 10.3 Problèmes des courbes de conductivité Symptôme d'erreur Cause éventuelle Mesure corrective Résultat incorrect ou Connexion desserrée Vérifiez que le câble de la cellule instable du câble du débit de de conductivité est correctement conductivité raccordé. Dysfonctionnement Vérifier que la pompe et les vannes de la pompe et des fonctionnent correctement.
Page 146: Pompe P
Remarque : Les pompes oligo P-900 disposent d'un joint de piston spécial, fabriqué dans un matériau résistant aux produits chimiques, et de clapets anti- retour spéciaux. Contactez GE si vous avez besoin de nouvelles pièces. Symptôme d'erreur Mesure corrective Pas de texte sur Vérifier que le cordon d'alimentation électrique est connecté...
Page 147 10 Dépannage 10.4 Pompe P-900 Symptôme d'erreur Mesure corrective Pression de la pompe Pour vérifier le fonctionnement de la pompe, faire un enre- erratique gistrement de la pression ou vérifier la pression dans UNICORN. En observant l'indicateur de course du piston dans le menu Check ainsi que le tracé...
Page 148: Tubulures Et Connecteurs
10 Dépannage 10.5 Tubulures et connecteurs 10.5 Tubulures et connecteurs Symptôme d'erreur Mesure corrective Fuites externes Vérifier les connexions des tubulures. Serrer ou remplacer si nécessaire. Fuites internes Les fuites internes peuvent être détectées au niveau du petit orifice situé au-dessous du corps de la vanne. Les pièces internes de la vanne peuvent s'être usées.
Page 149: Contrepression Élevée Dans Le Système
10 Dépannage 10.6 Contrepression élevée dans le système 10.6 Contrepression élevée dans le système Introduction La contrepression du système est élevée si ce qui suit est vrai : • l'alarme de pression se déclenche, ce qui se produit lorsque la pression excède 20 bar. •...
Page 150: Vannes Iv-908 Et Inv-907-H
10 Dépannage 10.7 Vannes IV-908 et INV-907-H 10.7 Vannes IV-908 et INV-907-H Symptôme d'er- Cause éventuelle Mesure corrective reur La vanne ne com- Le raccordement à la pompe Vérifier le serrage du raccorde- mute pas. n'est pas sécurisé. ment de la vanne et de la pompe.
Page 151: Problèmes Chimiques
10 Dépannage 10.8 Problèmes chimiques 10.8 Problèmes chimiques Les causes courantes des problèmes chimiques sont les suivantes : • Les réactifs contiennent trop d’eau (> 30 ppm). Utiliser des réactifs de qualité et des tamis moléculaires si nécessaire. • Les réactifs sont trop vieux. Les amidites ont une durée de conservation de 2 à 4 semaines –...
Page 152: Pics De Tritylation Erronés
10 Dépannage 10.9 Pics de tritylation erronés 10.9 Pics de tritylation erronés Symptôme d'erreur Cause éven- Mesure corrective tuelle Dans la vue des données de Un pic de trityla- Comparer la valeur de rétention synthèse, les valeurs de réten- tion erroné a été et de durée pour la dernière effi- tion et de durée de différentes détecté.
Page 153: Aucun Pic Détecté
10 Dépannage 10.10 Aucun pic détecté 10. 1 0 Aucun pic détecté Premières mesures Si le message No Peak detected détecté s'affiche dans UNICORN lorsque ÄKTA oligopilot plus est en mode Pause, suivre les étapes du tableau ci-dessous. Cause éventuelle Mesure corrective Un ou plusieurs flacons de réactif Vérifier et remplir tous les flacons vides.
Page 154 10 Dépannage 10.10 Aucun pic détecté Vérifier si le flacon de détritylation est vide. Suivre les instructions ci-dessous pour vérifier que le flacon de détritylation est vide. Étape Action Dans System:Control:Manual:Flowpath, définir le Solvent_A sur Detrit_3.7. Cliquer sur Execute. Raccorder à la vanne de purge de la pompe A une seringue résistante aux solvants .
Page 155 10 Dépannage 10.10 Aucun pic détecté Étape Action Observer la diminution du niveau dans les flacons. Si le niveau est inchangé, installer une nouvelle tubulure en PEEK et nettoyer la glissière. ÄKTA oligopilot plus Mode d'emploi 28959748 AE...
Page 156: Informations De Référence
11 Informations de référence 11 Informations de référence À propos de ce chapitre Ce chapitre répertorie les caractéristiques techniques du système ÄKTA oligopilot plus. Il contient également un guide de résistance chimique, les informations de commande et le formulaire de déclaration de santé et de sécurité. Dans ce chapitre Section Voir page...
Page 157: Caractéristiques Techniques
11 Informations de référence 11.1 Caractéristiques techniques 11.1 Caractéristiques techniques Introduction Cette section répertorie les caractéristiques techniques du système ÄKTA oligopilot plus. Dans cette section Section Voir page 11.1.1 Instrument ÄKTA oligopilot plus 11.1.2 Matériaux des composants du système ÄKTA oligopilot plus 11.1.3 Caractéristiques des pompes P-900 ÄKTA oligopilot plus Mode d'emploi 28959748 AE...
Page 158: Instrument Äkta Oligopilot Plus
11 Informations de référence 11.1 Caractéristiques techniques 11.1.1 Instrument ÄKTA oligopilot plus 11.1.1 Instrument ÄKTA oligopilot plus Spécifications techniques générales Paramètre Valeur Protection contre l'ingression IP20 Tension d'alimentation 100-240 V~ Fluctuations maximum de la tension ± 10 % de la tension nominale Fréquence 50-60 Hz Puissance maximum...
Page 159: Matériaux Des Composants Du Système Äkta Oligopilot Plus
11 Informations de référence 11.1 Caractéristiques techniques 11.1.2 Matériaux des composants du système ÄKTA oligopilot plus 11.1.2 Matériaux des composants du système ÄKTA oligopilot plus Introduction Cette section répertorie les matériaux mouillés des composants du système ÄKTA oligopilot plus. Abréviations des matériaux composites Abréviation Nom complet...
Page 160 11 Informations de référence 11.1 Caractéristiques techniques 11.1.2 Matériaux des composants du système ÄKTA oligopilot plus Autres matériaux • Oxyde d'aluminium • Rubis/Saphire • Acier inoxydable (Elgiloy) • Alliage titane Matériaux du moniteur UV-900 Matériaux composites • PEEK • PTFE Autres matériaux •...
Page 161 11 Informations de référence 11.1 Caractéristiques techniques 11.1.2 Matériaux des composants du système ÄKTA oligopilot plus Matériaux des vannes UV/PV-908 Matériaux composites PEEK Matériaux des vannes INV-907 Matériaux composites PEEK Matériaux du limiteur de débit Matériaux composites • ETFE • PEEK •...
Page 162 11 Informations de référence 11.1 Caractéristiques techniques 11.1.2 Matériaux des composants du système ÄKTA oligopilot plus Matériaux du filtre d'entrée Matériaux composites Autres matériaux Alliage titane Raccords et connecteurs Matériaux composites • ETFE • PEEK ÄKTA oligopilot plus Mode d'emploi 28959748 AE...
Page 163: Caractéristiques Des Pompes P
11 Informations de référence 11.1 Caractéristiques techniques 11.1.3 Caractéristiques des pompes P-900 11.1.3 Caractéristiques des pompes P-900 Paramètre P-901 P-903 Nbre de modules de pompe Volume de la tête de pompe 100 ml 10 ml Plage de pressions 0 à 100 bars 0 à...
Page 164: Résistance Chimique
11 Informations de référence 11.2 Résistance chimique 11.2 Résistance chimique Substance chi- Exposition Exposition N° CAS N° CEE Commentaires mique < 1 jour jusqu'à 2 mois Acétonitrile 75-05-8 200-835-2 Gonflement PP et Acétone, 10 % Éviter Le PVDF est affecté par une utilisation à...
Page 165 11 Informations de référence 11.2 Résistance chimique Substance chi- Exposition Exposition N° CAS N° CEE Commentaires mique < 1 jour jusqu'à 2 mois Acide chlorhydrique Éviter Silicone non résis- > 0,1 M tant. Le titane est affecté par une utili- sation à...
Page 166: Informations De Commande
11 Informations de référence 11.3 Informations de commande 11.3 Informations de commande Coordonnées de contact Pour obtenir des informations relatives à la commande, visiter www.gelifesciences.com/oligo. ÄKTA oligopilot plus Mode d'emploi 28959748 AE...
Page 167: Formulaires De Déclaration De Santé Et De Sécurité
Chère Cliente, Cher Client, Pour assurer la protection et la sécurité du personnel de maintenance de GE et de nos clients, tous les équipements et les aires de travail doivent être propres et exempts de tout contaminant dangereux avant qu'un ingénieur de maintenance ne commence une réparation.
Page 168 Billet/Demande de service : Afin de nous assurer de la protection et de la sécurité mutuelles du personnel de GE, de nos clients, du personnel de transport et de notre environnement, tous les équipements doivent être propres et exempts de tout contaminant dangereux avant d'être expédiés à...
Page 169: Annexe A Schéma De Connexion - Circuit Du Liquide
A Schéma de connexion - Circuit du liquide Annexe A Schéma de connexion - Circuit du liquide Circuit et composants ÄKTA oligopilot plus Mode d'emploi 28959748 AE...
Page 170 A Schéma de connexion - Circuit du liquide N° Description Vanne d'amidite 1, V1 Vanne d'amidite 2, V2 Vanne 3, V3 Vanne de réactif, V4 Vanne de recyclage, V5 Vanne d'admission de la colonne, V6 Vanne d'évacuation de la colonne, V7 Vanne de déchets, V8 Pompe A Pompe B...
Page 171: Annexe B Tubulure
B Tubulure Annexe B Tubulure À propos de ce chapitre Les numéros figurant dans la colonne de référence Figure dans Caractéristiques tech- niques de la tubulure ÄKTA oligopilot plus 10, à la page 171 Caractéristiques techniques de la tubulure ÄKTA oligopilot plus 100, à la page 173 font référence aux numéros de la tubulure du schéma de connexion du circuit de liquide, voir Annexe A Schéma de...
Page 172 B Tubulure Réf. Figure Matériel, D.I. [mm], D.E. Longueur Repère sur la tubu- [mm] lure FEP, 2,9 (3/16 po.) FEP, 2,9 (3/16 po.) FEP, 1,6 ; 3,2 mm (1/8 po.) FEP, 1,6 ; 3,2 mm (1/8 po.) FEP, 1,6 ; 3,2 mm (1/8 po.) FEP, 1,6 ;...
Page 173 B Tubulure Réf. Figure Matériel, D.I. [mm], D.E. Longueur Repère sur la tubu- [mm] lure PEEK, 0,5, 1/16" K43 (bleu) Pour fonctionner comme un assemblage en T, la tubulure et la ferrule doivent être de niveau. Caractéristiques techniques de la tubulure ÄKTA oligopilot plus Réf.
Page 174 B Tubulure Réf. Figure Matériel, D.I. [mm], D.E. Longueur Repère sur la tubu- [mm] lure FEP, 2,9 ; 4,8 mm (3/16 po.) FEP, 2,9 ; 4,8 mm (3/16 po.) FEP, 1,6 ; 3,2 mm (1/8 po.) K24 (bleu) FEP, 1,6 ; 3,2 mm (1/8 po.) K25 (vert) FEP, 1,6 ;...
Page 175: Annexe C Chimie De La Synthèse D'oligonucléotides
C Chimie de la synthèse d’oligonucléotides Annexe C Chimie de la synthèse d’oligonucléotides À propos de ce chapitre Ce chapitre présente une introduction générale à la chimie permettant la synthèse en phase solide d’oligonucléotides à l’aide du système ÄKTA oligopilot plus. Pour des infor- mations plus détaillées, voir la documentation sur www.gelifesciences.com/oligo.
Page 176: C.1 La Réaction De Couplage
C Chimie de la synthèse d’oligonucléotides C.1 La réaction de couplage La réaction de couplage Vue d'ensemble La synthèse des oligonucléotides implique l'ajout séquentiel de monomères d'amidite (voir l'illustration ci-dessous). La synthèse est le résultat de réactions de couplage spon- tanées entre le groupe 3'-phosphite du monomère dans la solution (à...
Page 177 C Chimie de la synthèse d’oligonucléotides C.1 La réaction de couplage La réaction de couplage dans le système ÄKTA oligopilot plus Le couplage est effectué dans le système ÄKTA oligopilot plus en utilisant de l'acétonitrile sec comme solvant. Les groupes hydroxyles de l'eau entrent fortement en compétition avec les groupes hydroxyles du sucre.
Page 178: C.2 Chimie De Protection
C Chimie de la synthèse d’oligonucléotides C.2 Chimie de protection Chimie de protection Principes de la protection chimique Certains groupes moléculaires sont utilisés pour prévenir les réactions secondaires pendant la synthèse. Les groupes de protection sont permanents ou temporaires. Les différences sont présentées dans le tableau suivant.
Page 179 C Chimie de la synthèse d’oligonucléotides C.2 Chimie de protection Protection (permanente) des amines Les groupes amines primaires sur les bases hétérocycliques sont généralement protégés en tant qu’amides comme dans l'illustration suivante. Stratégies de protection de l'amidite d’ADN Pour la protection des amidites d’ADN, deux stratégies sont disponibles : La protection standard et la protection PAC.
Page 180 C Chimie de la synthèse d’oligonucléotides C.2 Chimie de protection Protection des amidites d'ARN Dans la protection des amidites d'ARN, les groupes protecteurs rapides présentés dans le tableau suivant sont typiquement utilisés. Base Protection Phénoxyacétyle (PAC) Acétyle (Ac) Isopropylphénoxyacétyle (ipr-PAC) Aucun En outre, les amidites d’ARN ont un groupe protecteur t-butyldiméthylsilyle (TBDMS) sur le 2’-hydroxyle de sucre.
Page 181 C Chimie de la synthèse d’oligonucléotides C.2 Chimie de protection Déprotection des phosphates La méthode recommandée pour éliminer le groupe ß-cyanoéthyle du squelette phosphate est un traitement utilisant du diéthylamine (DEA) à 20% dans de l'ACN. La déprotection du phosphate peut également être effectuée avec de l’hydroxyde d’ammonium concentré.
Page 182: C.3 Chimie De L'activation
C Chimie de la synthèse d’oligonucléotides C.3 Chimie de l’activation Chimie de l’activation Vue d'ensemble Les amidites fournis possèdent une amine secondaire attachée à la fraction de phos- phore, activée dans des conditions faiblement acides, qui convertit les amidites en dérivés de tétrazolide (voir l’illustration ci-dessous).
Page 183: C.4 Le Support Solide
C Chimie de la synthèse d’oligonucléotides C.4 Le support solide Le support solide Vue d'ensemble La synthèse d’oligonucléotides dans le système ÄKTA oligopilot plus se déroule sur un support solide constitué de billes de polystyrène réticulé. Des réactifs contenus dans des solutions passent à...
Page 184: C.5 Le Cycle De Synthèse
C Chimie de la synthèse d’oligonucléotides C.5 Le cycle de synthèse Le cycle de synthèse Vue d'ensemble Le cycle de synthèse ajoute un (1) résidu aux oligonucléotides qui croissent sur le support solide et comprend quatre étapes principales : • Détritylation •...
Page 185 C Chimie de la synthèse d’oligonucléotides C.5 Le cycle de synthèse Monomer bases DMTr Base protecting group DMTr DMTr protecting group Detritylation Phosphite protecting group (=ß-cyanoethyl) DMTr Diisopropylamine group Activator Wash Capping group DMTr Activation DMTr Coupling DMTr Wash oxidation DMTr Wash capping...
Page 186 C Chimie de la synthèse d’oligonucléotides C.5 Le cycle de synthèse Stade Description Oxyda- Le triester de phosphite est oxydé à un phosphotriester à l’aide d’iode/eau tion dans de la pyridine. Remarque : Si des liaisons phosphorothioate sont souhaitées à ce stade, utiliser un réactif de thiolation au lieu d’iode/eau comme réactif oxydant.
Page 187 C Chimie de la synthèse d’oligonucléotides C.5 Le cycle de synthèse Cet intermédiaire réagit facilement avec n’importe quel donneur d’électrons : dans les conditions de synthèse, le seul donneur disponible est le groupe 5'-hydroxyle sur l’oligo- nucléotide croissant. En quelques minutes, l’efficacité de la réaction de couplage est ty- piquement ≥...
Page 188 C Chimie de la synthèse d’oligonucléotides C.5 Le cycle de synthèse Le temps de contact d'oxydation est de • 1 minute pour les synthèses d'ADN • 2 minutes pour les synthèses d'ARN. Capping Dans cette étape, tous les groupes 5’-hydroxyles n'ayant pas réagi sur l'oligonucléotide sont coiffés.
Page 189: C.6 Traitement Post-Synthétique
C Chimie de la synthèse d’oligonucléotides C.6 Traitement post-synthétique Traitement post-synthétique Vue d'ensemble Une fois la synthèse terminée, la colonne comportant l'oligonucléotide lié au support est retirée du système et est soumise à un nouveau traitement de clivage et de dépro- tection.
Page 190 C Chimie de la synthèse d’oligonucléotides C.6 Traitement post-synthétique Effets du traitement utilisant du Les diagrammes suivants montrent les différences résultant du traitement utilisant du DEA. Noter les différences de hauteur des pics indiqués par des flèches. Sans traitement DEA Oligonucléotide traité...
Page 191: C.7 Oligonucléotides Thiolés
C Chimie de la synthèse d’oligonucléotides C.7 Oligonucléotides thiolés Oligonucléotides thiolés Vue d'ensemble Les réactifs de thiolation sont des composés qui effectuent la thiolation de phosphite triesters, créant des liaisons phosphorothioate dans la séquence oligonucléotidique. Les oligonucléotides modifiés de cette manière sont moins sensibles à la digestion par des nucléases que les oligonucléotides standard et ont été...
Page 192: Annexe D Analyse Et Purification D'oligonucléotides
D Analyse et purification d'oligonucléotides Annexe D Analyse et purification d'oligonucléotides À propos de ce chapitre Ce chapitre décrit les méthodes utilisées pour l'analyse et la purification d'oligonucléotides. Analyse d'échange d'ions L'échange d'ions permet d’analyser à la fois les oligonucléotides phosphodiester et phosphorothioate.
Page 193 D Analyse et purification d'oligonucléotides Oligonucléotides phospho- Oligonucléotides phosphoro- rodiester thioate Autres Concentration de 1 Débit : 1,0 ml/min • l'échantillon : 10 OD/ml 2 UV : A260 3 Échantillon : 20 AU/(260 nm)/ml, Trityl-ON Exemple de chromatogrammes Nucléotides phosphodiester Nucléotides phosphorothioate ÄKTA oligopilot plus Mode d'emploi 28959748 AE...
Page 194 La colonne RPC de GE Healthcare, SOURCETM 5RPC ST 4.6/150, offre une très bonne résolution même sans groupe trityle, puisque le garnissage de la colonne est à base de polymères et peut être utilisé...
Page 195 D Analyse et purification d'oligonucléotides Paramètre Valeur Éluant A, pH = 12 NaOH 10 mM • Chlorure de tétraéthylammonium à • 0,1 % Acétonitrile à 1 % • Éluant B, pH = 12 Acétonitrile à 50 % Gradient 0 à 40 % Débit 1 ml/min Conditions d'analyse recommandées...
Page 196 D Analyse et purification d'oligonucléotides Schéma de purification d'oligonucléotides Cleavage & Deprotectio n of oligonucleotide from solid phase support DMT off DMT On IEX HPLC Reversed phase chromatography Separation of full length product from Separation of more hydrophobic DMT containing shorter failure sequences based upon species from detritylated failure sequences size and differing charge to mass ration.
Page 197: Annexe E Graphiques De La Synthèse
E Graphiques de la synthèse Annexe E Graphiques de la synthèse À propos de ce chapitre Ce chapitre contient des graphiques des diverses étapes du cycle de synthèse. Dans ce chapitre Section Voir page E.1 Vue d’ensemble du cycle de synthèse E.2 Lavage de la colonne E.3 Détritylation E.4 Lavage de détritylation...
Page 198: E.1 Vue D'ensemble Du Cycle De Synthèse
E Graphiques de la synthèse E.1 Vue d’ensemble du cycle de synthèse Vue d’ensemble du cycle de synthèse ÄKTA oligopilot plus Mode d'emploi 28959748 AE...
Page 199: E.2 Lavage De La Colonne
E Graphiques de la synthèse E.2 Lavage de la colonne Lavage de la colonne ÄKTA oligopilot plus Mode d'emploi 28959748 AE...
Page 200: E.3 Détritylation
E Graphiques de la synthèse E.3 Détritylation Détritylation ÄKTA oligopilot plus Mode d'emploi 28959748 AE...
Page 201: E.4 Lavage De Détritylation
E Graphiques de la synthèse E.4 Lavage de détritylation Lavage de détritylation ÄKTA oligopilot plus Mode d'emploi 28959748 AE...
Page 202: E.5 Ajout Des Réactifs De Couplage
E Graphiques de la synthèse E.5 Ajout des réactifs de couplage Ajout des réactifs de couplage ÄKTA oligopilot plus Mode d'emploi 28959748 AE...
Page 203: E.6 Recirculation Des Réactifs De Couplage
E Graphiques de la synthèse E.6 Recirculation des réactifs de couplage Recirculation des réactifs de couplage ÄKTA oligopilot plus Mode d'emploi 28959748 AE...
Page 204: E.7 Lavage Du Couplage
E Graphiques de la synthèse E.7 Lavage du couplage Lavage du couplage ÄKTA oligopilot plus Mode d'emploi 28959748 AE...
Page 205: E.8 Oxydation
E Graphiques de la synthèse E.8 Oxydation Oxydation ÄKTA oligopilot plus Mode d'emploi 28959748 AE...
Page 206: E.9 Lavage De L'oxydation
E Graphiques de la synthèse E.9 Lavage de l’oxydation Lavage de l’oxydation ÄKTA oligopilot plus Mode d'emploi 28959748 AE...
Page 207: E.10 Capping
E Graphiques de la synthèse E.10 Capping E.10 Capping ÄKTA oligopilot plus Mode d'emploi 28959748 AE...
Page 208: E.11 Lavage Du Capping
E Graphiques de la synthèse E.11 Lavage du capping E.11 Lavage du capping ÄKTA oligopilot plus Mode d'emploi 28959748 AE...
Page 209: Annexe F Description De La Méthode Pour Le Système Äkta Oligopilot Plus
F Description de la méthode pour le système ÄKTA oligopilot plus Annexe F Description de la méthode pour le sys- tème ÄKTA oligopilot plus À propos de ce chapitre Ce chapitre contient une description de la méthode à mettre en œuvre avec le système ÄKTA oligopilot plus.
Page 210 F Description de la méthode pour le système ÄKTA oligopilot plus Terminologie équivalent Équivalence molaire des amidites ou de l'iode (I point d'arrêt Point dans un bloc de méthode au cours duquel une instruction est émise. La première instruction est toujours émise au point d'arrêt 0. temps de contact Temps minimum pendant lequel chaque partie de la colonne est en contact avec un réactif spécifique.
Page 211 F Description de la méthode pour le système ÄKTA oligopilot plus variable de méthode Paramètre d'instruction défini en tant que variable. Une variable est exprimée sous forme de (value)#type {unit}. Les variables de méthode sont utiles lors de la création d'une méthode qui contient des valeurs de paramètres par défaut.
Page 212: Annexe G Variables De Méthode
G Variables de méthode Annexe G Variables de méthode Variables de base Nom de la variable Description Exemple de valeur Column_Volume Le volume de la colonne utilisée Column__Volume Weight_of_Support Le poids du support 1,80 Loading_of_Support Le chargement du support Column_Diameter Le diamètre de la colonne Column_Number UV_Detritylation...
Page 213 G Variables de méthode Variables dans l'étape de couplage Nom de la variable Description Exemple de va- leur EQ_Amidite_DNA Équivalents d'amidite. Intervalle : 1 à 10 1,50 Conc_Amidite_DNA Concentration d'amidite. Intervalle : 0,05 à 0,5 M Recycle_Time_DNA Temps de recyclage en minutes 3,00 CV_Coupling_Wash 4,00...
Page 214 G Variables de méthode Éléments déterminant ce qu’il convient d’inclure dans la procédure de démarrage Les éléments suivants sont affichés dans l'éditeur de méthode sous Start protocol. • Notes • Prerun Questions • Method Info • Method variables Ces éléments permettent de vérifier et de modifier ce qui est inclus dans la procédure de démarrage d'un cycle de méthode.
Page 215: Annexe H Blocs De Méthode Dans Äkta Oligopilot Plus
H Blocs de méthode dans ÄKTA oligopilot plus Annexe H Blocs de méthode dans ÄKTA oligopilot plus À propos de ce chapitre Les blocs de méthode ci-dessous complètent un (1) cycle de synthèse. Selon le type de traitement chimique choisi dans l'éditeur de séquence pour les différentes bases, divers blocs de méthodes apparaîtront dans l'éditeur de texte, répertoriés avec leur nom et leur fonction.
Page 216 H Blocs de méthode dans ÄKTA oligopilot plus Bloc de méthode Description ----- Block : Main ----- Le bloc principal contient le plus haut niveau d'ins- tructions. Il est créé (ainsi que d'autres blocs de la 0,00 Base CV, 6,30 {ml} méthode) d’après le résultat de la séquence sélec- 0,00 Message "Fill your column tionnée dans l'éditeur de séquence et la définition...
Page 217 H Blocs de méthode dans ÄKTA oligopilot plus Bloc de méthode Description 0.00 Call Normal, Final_détrity- Purge des amidites : Cette séquence contient • lation les bases A, C, G et T, de sorte que des méthodes de purge individuelles sont invoquées en fonc- tion des différents monomères utilisés dans la synthèse.
Page 218 H Blocs de méthode dans ÄKTA oligopilot plus Bloc de méthode Description ----- Block : START_parame- Ce bloc contient les variables qui définissent en- ters ----- semble l'échelle de synthèse – à savoir, le poids et le chargement du support. 0.00 Base Time Base Time : signifie que la base de programmation 0.00 Block Column_Number...
Page 219 H Blocs de méthode dans ÄKTA oligopilot plus Bloc de méthode Description ----- Block : Purge_De- Ce bloc purge la solution de détritylation à travers trit_pumpA ----- le moniteur UV, mais en contournant la colonne, et inclut une instruction de mise à zéro automatique 0.00 Base Time pour le moniteur UV après 30 ml (1 min x 30 ml/min).
Page 220 H Blocs de méthode dans ÄKTA oligopilot plus Bloc de méthode Description ----- Block : Purge_A ----- Ce bloc amorce la ligne A depuis la vanne 1 avec X ml à un débit de 5,0 ml/min. Les solutions 0.00 Base Time d'amorçage sont dirigées vers la sortie des déchets, 0.00 Column Column_Bypass en contournant la colonne.
Page 221 H Blocs de méthode dans ÄKTA oligopilot plus Bloc de méthode Description ----- Block : Purge_G ----- Ce bloc amorce la ligne G depuis la vanne 1 avec X ml à un débit de 5,0 ml/min. Les solutions 0.00 Base Time d'amorçage sont dirigées vers la sortie des déchets, 0.00 Column Column_Bypass en contournant la colonne.
Page 222 H Blocs de méthode dans ÄKTA oligopilot plus Bloc de méthode Description ----- Block : Solvent_Purge_vo- Ce bloc définit le volume de purge des solvants (par lume ----- exemple, activateur, oxydation, capping). La valeur par défaut est 5,0 ml, mais la valeur est affichée 0.00 Base Volume sous forme de variable (Solvent_purge_volume).
Page 223 H Blocs de méthode dans ÄKTA oligopilot plus Bloc de méthode Description ----- Block : Purge_Oxidation Ce bloc amorce la ligne d'oxydation depuis la ----- vanne 4 avec X ml à un débit de 10,0 ml/min, suivi de 7 ml d'ACN (20 ml/min * 0,7 min/2 pompes = 7 ml) 0.00 Base Time depuis la vanne 4 pos.
Page 224 H Blocs de méthode dans ÄKTA oligopilot plus Bloc de méthode Description ----- Block : Purge_CappingAB Ce bloc amorce les lignes de capping A et B depuis ----- la vanne 3 pos. 2 et la vanne 4 pos. 2 avec X ml chacune, à...
Page 225 H Blocs de méthode dans ÄKTA oligopilot plus Bloc de méthode Description ----- Block : Column_wash -- Base SameAsMain définit la base de programma- tion d’après celle de la méthode principale – dans ce cas, les volumes de colonne. 0.00 Base SameAsMain La première ligne invoque Column_Number, et sé- 0.00 Block Column_Number lectionne la colonne à...
Page 226 H Blocs de méthode dans ÄKTA oligopilot plus Bloc de méthode Description ----- Block : Add__DNA_T ---- Ce bloc contient tous les blocs de méthode néces- saires pour compléter un cycle de synthèse avec l’ajout d’un monomère T d’ADN. 0.00 Base Time Base Time signifie que la base de programmation 0.00 Set_mark ""...
Page 227 H Blocs de méthode dans ÄKTA oligopilot plus Bloc de méthode Description ----- Block : Detritylation ---- Ce bloc contient des blocs de méthode permettant d’identifier le début et la fin du pic de détritylation. 0.00 Base Time Set_mark : le texte entre guillemets est inclus dans le chromatogramme au point d’arrêt donné...
Page 228 H Blocs de méthode dans ÄKTA oligopilot plus Bloc de méthode Description ----- Block : De- Ce bloc contient des instructions de réglage des trit_peak_start_UV ----- vannes et du débit pour la détritylation, ainsi que des instructions pour le démarrage de l’intégration 0.00 Base SameAsMain du pic de détritylation.
Page 229 H Blocs de méthode dans ÄKTA oligopilot plus Bloc de méthode Description Si les conditions ne se présentent pas (aucun pic de détritylation), le système bascule vers le lavage à l’ACN avec 5 volume de colonnes, puis met le cycle en Pause (pause infinie) et affiche le message No peak detected (aucun pic détecté) sur l’écran.
Page 230 H Blocs de méthode dans ÄKTA oligopilot plus Bloc de méthode Description ----- Block : Detrit_wash ----- Ce bloc contient des instructions pour le lavage de la colonne à l’ACN après détritylation. 0.00 Base SameAsMain Set_mark place le texte entre guillemets dans 0.00 Set_mark "Det_Wash"...
Page 231 H Blocs de méthode dans ÄKTA oligopilot plus Bloc de méthode Description ----- Block : Coupling_Re- Ce bloc contient des sous-blocs, requis pour cycle_DNA_T ----- l’ajout d'amidite • 0.00 Base Time l’ajout de tétrazole • 0.00 Set_mark "Coupling" la recirculation des réactifs de couplage sur la •...
Page 232 H Blocs de méthode dans ÄKTA oligopilot plus Bloc de méthode Description ----- Block : DNA_parameters Ce bloc contient des variables qui définissent le ----- nombre d'équivalents d'amidite, la quantité d'acti- vateur et la concentration d'amidite. 0.00 Base Time Base Time définit le temps comme base de 0.00 Eq_Amidite •...
Page 233 H Blocs de méthode dans ÄKTA oligopilot plus Bloc de méthode Description ----- Block : Ce bloc contient des instructions pour le lavage à Amid_ACN_wash_T ----- l’ACN depuis la position appropriée de la vanne d'amidite avant l'ajout des réactifs de couplage. Le 0.00 Base Time produit du lavage s’écoule directement dans le 0.00 Column Column_Bypass...
Page 234 H Blocs de méthode dans ÄKTA oligopilot plus Bloc de méthode Description ----- Block : Cou- Le bloc Coupling requiert de l'ordinateur le calcul pling_Reag_Vol ----- des volumes corrects d'amidite et d'activateur à ajouter, sur la base de l'échelle de synthèse et des 0.00 Base Time paramètres d'ADN.
Page 235 H Blocs de méthode dans ÄKTA oligopilot plus Bloc de méthode Description ----- Block : Recycle_DNA ---- Ce bloc définit les conditions de recirculation des réactifs de couplage via la pompe B. 0.00 Base Time Base Time définit le temps comme base de •...
Page 236 H Blocs de méthode dans ÄKTA oligopilot plus Bloc de méthode Description ----- Block : Oxidation_DNA - Ce bloc contient divers blocs pour l’ajout de la solu- ---- tion d'oxydation, le réglage du temps de contact et le lancement d’une étape de lavage ultérieure. 0.00 Base Time Base Time définit le temps comme base de 0.00 Set_mark "OX"...
Page 237 H Blocs de méthode dans ÄKTA oligopilot plus Bloc de méthode Description ----- Block : Amount_Ox_DNA Ce bloc permet l’ajout la quantité de solution ----- d'oxydation requise. 0.00 Base Time Base Time définit le temps comme base de • programmation. 0.10 Oxidation (1.00)#CT_Oxi- dation_DNA {min}, CT_Oxidation et sa variable #CT_Oxida-...
Page 238 H Blocs de méthode dans ÄKTA oligopilot plus Bloc de méthode Description ----- Block : Contact- Ce bloc régit le débit pour la réaction d'oxydation time_Ox_DNA ----- lorsque la solution est acheminée avec de l’ACN à travers la colonne. Ce débit est également utilisé 0.00 Base SameAsMain pour l'ajout de solution ordonnée par l'instruction (2.00) #CV_CT_Ox_DNA...
Page 239 H Blocs de méthode dans ÄKTA oligopilot plus Bloc de méthode Description ----- Block : Capping_DNA --- Ce bloc ajoute la solution de capping, définit le temps de contact et effectue le lavage ultérieur. 0.00 Base Time Base Time définit le temps comme base de •...
Page 240 H Blocs de méthode dans ÄKTA oligopilot plus Bloc de méthode Description ----- Block : Capping_wash -- Il s'agit du dernier bloc du cycle de synthèse, qui permet le lavage de la colonne sous pression avec de l'acétonitrile. 0.00 Base SameAsMain Base SameAsMain définit la base de programma- 0.00 Set_mark "Cap_wash"...
Page 241 H Blocs de méthode dans ÄKTA oligopilot plus Bloc de méthode Description ----- Block : Ce bloc est équivalent au bloc d'ADN correspondant, à Add__RNA_Base (a, c, g, l'exception des blocs de couplage et d'oxydation spéci- u etc.) ----- fiques de l'ARN. ----- Block : Coupling_re- Ce bloc est utilisé...
Page 242: Calculs De Stratégie
I Calculs de stratégie Annexe I Calculs de stratégie À propos de ce chapitre Ce chapitre contient des calculs et des formules utilisés en synthèse, ainsi que des exemples de calculs. Remarque : Pour obtenir une aide supplémentaire concernant la stratégie, mettre l'instruction en surbrillance dans UNICORN et appuyer sur F1.
Page 243: I.1 Balance
I Calculs de stratégie I.1 Balance Balance Exemple de paramètres Paramètre Valeur Plage autorisée Volume de colonne 6,3 ml Poids du support solide 700 mg 0,1 à 150 g Chargement en cours 350 µmol/g 1 à 500 µmol/g Équation Échelle = Poids du support solide x Chargement Échelle = 0,7 x 350 = 245 μmol Remarque : Avec le système ÄKTA oligopilot plus 10, la stratégie dans UNICORN...
Page 244: I.2 Couplage
I Calculs de stratégie I.2 Couplage Couplage Vue d'ensemble Les débits sont calculés d’après le volume de réactifs de couplage lorsque 1 équivalent d’amidite est consommé. Si l'on emploie 1,5 équivalent et que le volume total du réactif de couplage est de 1500 ml, alors 1 éq. est égal à 1000 ml. Le volume restant est de 500 ml.
Page 245 I Calculs de stratégie I.2 Couplage Calcul du débit de l'activateur (débit B) Exemple de calcul Données d'entrée Paramètre Valeur Balance Équivalents d'amidite Concentration d'amidite 0,15 M = 150 µmol/ml Concentration d'activateur 60 % Volume d'amidite = échelle × EQ = (quantité...
Page 246 I Calculs de stratégie I.2 Couplage = 6,5 - (3,9 + 2,6)/1,5 = 2,17 ml Débit A et débit B L'instruction Temps de couplage est définie sur 0,25, 0,5 ou 1 min et est utilisée pour calculer le débit comme suit. Concentration d'activateur = 60 % = 0,60 Flux A = (0,40 ×...
Page 247: I.3 Volume De Flux Continu
I Calculs de stratégie I.3 Volume de flux continu Volume de flux continu Équation : 0,5 à 10,00 minutes lux continu ÄKTA oligopilot plus Mode d'emploi 28959748 AE...
Page 248: I.4 Flux De Recyclage
I Calculs de stratégie I.4 Flux de recyclage Flux de recyclage Équation : 0 à 1000 cm/h r : rayon de la colonne en cm ÄKTA oligopilot plus Mode d'emploi 28959748 AE...
Page 249: I.5 Réactif D'oxydation
I Calculs de stratégie I.5 Réactif d'oxydation Réactif d'oxydation Données d'entrée Paramètre Unité Échelle de synthèse μM Concentration du réactif d'oxydation Équivalents de réactif d'oxydation Aucune unité Plage : 1 à 5 Temps de contact Plage : 0,1 à 5 Calcul du débit éq : 1 à...
Page 250 I Calculs de stratégie I.5 Réactif d'oxydation Exemple de calcul Données d'entrée Paramètre Valeur Concentration du réactif d'oxydation 50 μmol/ml Équivalents de réactif d'oxydation Échelle de synthèse 260 μmol (0,7 g x 357 μmol/g) Temps de contact 1 min Volume = éq ×...
Page 251: I.6 Réactif De Capping
I Calculs de stratégie I.6 Réactif de capping Réactif de capping Données d'entrée Paramètre Unité Nom de la variable Nombre de volumes de colonne Aucune unité Plage : 0,1 à 2 Temps de contact Plage : 0,1 à 2 Calcul du débit Volume de réactif de capping Le volume de réactif de capping est égal au nombre de volumes de colonne.
Page 252 I Calculs de stratégie I.6 Réactif de capping Paramètre Valeur Temps de contact 0,5 min Volume de réactif de capping × CV = V = 0,5 × 6,3 ml = 3,15 ml capA capB = 3,15/2 = 1,58 ml capA capB Débit, pompe A flux...
Page 253: I.7 Réactif De Thiolation
I Calculs de stratégie I.7 Réactif de thiolation Réactif de thiolation Données d'entrée Paramètre Unité Nom de la variable Volume du réactif de thiolation Nombre de volumes de colonnes Aucune unité Plage : 0,1 à 10 Temps de contact Plage : 0,5 à 10 Calcul du débit Exemple de calcul Données d'entrée...
Page 254 Tous les produits et services sont vendus conformément aux conditions générales de vente de la société au sein de GE Healthcare qui les fournit. Une copie de ces conditions générales est disponible sur demande. Contacter un représentant GE Healthcare local pour obtenir les informations les plus récentes.

GE ÄKTA oligopilot plus Mode D'emploi

1 Introduction

2 Consignes de Sécurité

3 Description du Système

4 Installation

5 Installation, Vérification et Réinstallation du Système

6 Procédure de Pré-Synthèse

7 Fonctionnement

8 Procédure de Post-Synthèse

9 Maintenance

10 Dépannage

11 Informations de Référence

Annexe A Schéma de Connexion - Circuit du Liquide

Annexe B Tubulure

Annexe C Chimie de la Synthèse D'oligonucléotides

Annexe D Analyse et Purification D'oligonucléotides

Annexe E Graphiques de la Synthèse

Annexe F Description de la Méthode pour le Système ÄKTA Oligopilot Plus

Annexe G Variables de Méthode

Annexe H Blocs de Méthode Dans ÄKTA Oligopilot Plus

Liens rapides

Manuels Connexes pour GE ÄKTA oligopilot plus

Sommaire des Matières pour GE ÄKTA oligopilot plus

Table des Matières