GE ÄKTA oligopilot plus Mode D'emploi page 177

La réaction de couplage dans le
système ÄKTA oligopilot plus
Le couplage est effectué dans le système ÄKTA oligopilot plus en utilisant de l'acétonitrile
sec comme solvant. Les groupes hydroxyles de l'eau entrent fortement en compétition
avec les groupes hydroxyles du sucre. Par conséquent, un couplage efficace requiert
impérativement des conditions anhydres.
De nombreux protocoles de synthèse par lots utilisent une grande quantité de monomères
pour contrecarrer l'effet compétitif des traces d'eau dans les solvants. Les méthodes du
système ÄKTA oligopilot plus sont conçues pour utiliser un minimum de monomères, ce
qui rend le succès de la synthèse dépendant de conditions totalement anhydres.
Astuce :
Calcul de l'efficacité du couplage
L'efficacité du couplage est calculée en intégrant la zone sous le pic de détritylation. Il
est possible d'utiliser les valeurs d'UV ou de conductivité pour le calcul.
Remarque :
Formule d'efficacité
b = le nombre de bases depuis la dernière base identique fournit par Base_id
Si l'efficacité du couplage est inférieure à une valeur prédéfinie, la synthèse peut être
mise en pause pour permettre à l'utilisateur de continuer, ou de ne pas continuer, le
cycle. Ce réglage est effectué depuis System Control dans le logiciel UNICORN.
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L'intérêt d'utiliser des nucléotides protégés tels que les phosphoramidites
dans la réaction de couplage réside dans le fait que ces derniers sont
hautement solubles dans des solvants organiques anhydres tels que
l'acétonitrile. L'utilisation de phosphoramidites nucléotidiques non pro-
tégés peut conduire à des réactions secondaires ambiguës.
Les efficacités de couplage sont calculées en utilisant les mêmes bases,
(c.-à-d. un dA avec le dA précédent). Par conséquent, l'efficacité calculée
est toujours de 100 % après le premier calcul. Ceci affecte l'efficacité de
couplage moyenne calculée pour la synthèse.
C Chimie de la synthèse d'oligonucléotides
C.1 La réaction de couplage
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