Manuels Connexes pour illumina cBot
Sommaire des Matières pour illumina cBot
- Page 1 Guide du système Document nº 15006165 v05 FRA EXCLUSIF À ILLUMINA Mai 2020 Destiné à la recherche uniquement. Ne pas utiliser dans le cadre d’examens diagnostiques.
- Page 2 écrit préalable d’Illumina. Illumina ne cède aucune licence en vertu de son brevet, de sa marque de commerce, de ses droits d’auteur ou de ses droits traditionnels ni des droits similaires d’un tiers quelconque par ce document.
- Page 3 Ressources supplémentaires. Document nº 15006165 v01 Août Mise à jour des descriptions du logiciel cBot v3.0, qui permet 2015 l’utilisation de la trousse HiSeq 3000/4000 SR Cluster. Ajout des formules pour les Flow Cell suivantes : HiSeq X v2.5, HiSeq 3000/4000 SR, TruSeq v3 et GAIIx v2.
- Page 4 Flow Cell HiSeq v4 et HiSeq X, qui passe d’environ 2,5 heures à environ 3 heures. Référence nº 15006165 Rév. N Novembre Ajout de la trousse HiSeq Rapid Duo cBot Sample Loading qui 2014 prend en charge la génération d’amplifiats en mode HiSeq Rapid Run v2 sur les systèmes HiSeq 2500 et HiSeq 1500.
- Page 5 Mise à jour de l’adresse URL pour les fiches signalétiques (SDS) : support.illumina.com/sds.html. Référence nº 15006165 Rév. L Avril Mise à jour concernant le logiciel cBot v2.0 pour mentionner 2014 qu’il permet l’utilisation des trousses HiSeq v4 et HiSeq X. Ajout de renseignements au flux de travail sur l’utilisation des Flow Cell HiSeq v4 et HiSeq X.
- Page 6 Guide du système cBot Document Date Description des modifications Référence nº 15006165 Rév. F Juin Mise à jour des procédures de préparation de modèles d’ADN 2011 pour ajouter les directives concernant des concentrations plus élevées, et ajout d’une remarque au sujet de la concentration élevée du NaOH.
- Page 7 Table des matières Chapitre 1 Vue d’ensemble Introduction Ressources supplémentaires Composants de l’instrument cBot Consommables Illumina Plaques des réactifs cBot Chapitre 2 Pour commencer Démarrer l’instrument cBot Compatibilité des versions des composants de l’analyse Consommables fournis par l’utilisateur Chapitre 3 Préparation des réactifs Introduction Flow Cell HiSeq X Flow Cell HiSeq 3000/4000...
- Page 8 Le système cBot utilise une amplification afin de créer simultanément des centaines de millions de modèles d’ADN à molécule unique. Le logiciel cBot distribue les réactifs et contrôle les délais de réaction, les débits des flux et les températures. La configuration et l’utilisation se déroulent sur instrument depuis l’interface du logiciel cBot à l’aide de l’écran tactile.
- Page 9 à la plupart des types de librairies et des Flow Cell. nº 15050107) Consultez la page d’aide du système cBot sur le site Web d’Illumina pour accéder à la documentation, aux téléchargements de logiciels, à la formation en ligne et aux foires aux questions.
- Page 10 à déchets. La pince de sortie maintient l’extrémité de sortie du collecteur à sa place. Plaques d’adaptateur de Flow Cell Le système cBot effectue une génération d’amplifiats sur des Flow Cell HiSeq. Lors du passage d’un type de Flow Cell à un autre, changez la plaque d’adaptateur sur la platine de Flow Cell. Pour de plus amples renseignements, consultez la section Changer la plaque d’adaptateur à...
- Page 11 Guide du système cBot Platine des réactifs La platine des réactifs contient la plaque des réactifs cBot. Le levier de la plaque des réactifs maintient en place la platine. Deux supports de barrettes de huit tubes situés devant la plaque des réactifs contiennent les modèles de librairies préparés ainsi que des primers supplémentaires.
- Page 12 (document nº 1000000005301). Consommables Illumina Les réactifs cBot sont fournis dans une plaque de réactifs qui les charge directement sur l’instrument après décongélation. Les plaques des réactifs cBot sont fournies avec les trousses d’Illumina suivantes : La description du contenu des trousses et les autres documents relatifs aux trousses sont disponibles à...
- Page 13 Trousse de réactifs HiSeq X Five v2.5 (10-pack) Nº de référence FC-502-2102 Trousses de réhybridation Utilisez une trousse de réhybridation cBot pour effectuer une réhybridation du primer de la lecture 1 lors de la récupération d’une analyse ou après un stockage prolongé de la Flow Cell. Nom de la trousse Nº de référence...
- Page 14 Boîte de primers de séquençage à index double TruSeq, Nº de référence PE-121-1003 lecture appariée Toutes les autres trousses cBot comprennent le primer HP10, qui est compatible avec les librairies TruSeq et Nextera. Plaques des réactifs cBot La configuration de la plaque des réactifs varie selon les types de trousses, y compris le nombre de rangées contenant les réactifs.
- Page 15 Pour plus de renseignements, consultez la fiche signalétique de cette trousse, mise à votre disposition sur support.illumina.com/sds.html. Document nº 15006165 v05 FRA Destiné à la recherche uniquement.
- Page 16 Chapitre 2 Pour commencer Démarrer l’instrument cBot Compatibilité des versions des composants de l’analyse Consommables fournis par l’utilisateur Démarrer l’instrument cBot A Bouton de démarrage B Bouton d’alimentation Mettez le bouton d’alimentation situé sur le côté droit de l’instrument en position ON (Marche). Appuyez sur le bouton de démarrage situé à gauche du compartiment du flacon à déchets pour démarrer le logiciel.
- Page 17 3000/4000. Les trousses HiSeq X et HiSeq 3000/4000 nécessitent une étape de dénaturation avant la génération d’amplifiats sur l’instrument cBot. À l’aide de ces trousses, les librairies sont dénaturées dans la barrette de huit tubes avant l’ajout du mélange de réaction ExAmp. Document nº 15006165 v05 FRA Destiné...
- Page 18 Bouchage des barrettes de huit tubes lorsqu’elles ne sont plates référence AB-0784 pas chargées dans l’instrument cBot Barrettes de huit tubes, 0,2 ml Fisher Scientific, nº de Mélange de réaction ExAmp et de librairies sur le cBot référence AB-0264 Eau de laboratoire Millipore ou Dénaturation de librairies fournisseur de laboratoire général...
- Page 19 Les instructions sont organisées par type de Flow Cell et portent sur les Flow Cell HiSeq X, HiSeq 3000/4000, HiSeq à débit élevé et HiSeq rapide. Après la préparation, les réactifs de génération d’amplifiats sont prêts à être chargés sur l’instrument cBot à la demande du logiciel.
- Page 20 Guide du système cBot Préparation de la Flow Cell Sortez un nouvel emballage de Flow Cell du lieu de stockage à une température maintenue entre 2 et 8 °C. Laissez l’emballage de la Flow Cell à température ambiante pendant au moins 30 minutes. REMARQUE Si l’emballage en papier aluminium est intact, la Flow Cell peut rester à température ambiante durant 12 heures.
- Page 21 Réservez à température ambiante. Décongélation de la plaque des réactifs cBot Retirez la plaque des réactifs du cBot de son lieu de stockage à une température entre -25 et -15 °C. Décongelez dans un bain d’eau à température ambiante (19 à 25 °C) pendant au moins 60 minutes.
- Page 22 Librairies d’ADN sans PCR TruSeq : diluez en une solution de 1 à 2 nM dans la solution RSB. [Facultatif] Préparez des librairies non dénaturées en y ajoutant une substance de contrôle PhiX d’Illumina non dénaturée dans un rapport de 1 % : Librairies d’ADN Nano TruSeq : ajoutez 0,5 µl de contrôle PhiX de 2 à 3 nM à 50 µl d’une librairie de 2 à 3 nM.
- Page 23 15 minutes, jusqu’à ce que vous soyez prêt à charger l’instrument cBot. Flow Cell HiSeq 3000/4000 Préparez la Flow Cell structurée HiSeq 3000/4000, puis les réactifs de génération d’amplifiats. Pour préparer les réactifs de génération d’amplifiats, décongelez la plaque des réactifs cBot et préparez le mélange réactif principal ExAmp. À propos des réactifs Les réactifs ExAmp sont visqueux, en particulier EPX2 et EPX3.
- Page 24 Guide du système cBot REMARQUE Si l’emballage en papier aluminium est intact, la Flow Cell peut rester à température ambiante durant 12 heures. Vous pouvez remettre la Flow Cell emballée au stockage à 2 à 8 °C pour une utilisation ultérieure une seule fois. Évitez de réchauffer et refroidir répétitivement la Flow Cell.
- Page 25 Réservez à température ambiante. Décongélation de la plaque des réactifs cBot Retirez la plaque des réactifs du cBot de son lieu de stockage à une température entre -25 et -15 °C. Décongelez dans un bain d’eau à température ambiante (19 à 25 °C) pendant au moins 60 minutes.
- Page 26 ARN total à brins TruSeq ARNm à brins TruSeq [Facultatif] Préparez des librairies non dénaturées en y ajoutant une substance de contrôle PhiX d’Illumina non dénaturée dans un rapport de 1 %. Type de librairie Substance de contrôle ADN sans PCR TruSeq Ajoutez 5 µl de contrôle PhiX de 100 à 200 pM à...
- Page 27 16 heures. REMARQUE Lorsque vous agitez ou retournez la plaque des réactifs cBot, gardez une main sur le dessus des plaques. Décongélation de la plaque des réactifs cBot Retirez la plaque des réactifs du cBot de son lieu de stockage à une température entre -25 et -15 °C.
- Page 28 16 heures. REMARQUE Lorsque vous agitez ou retournez la plaque des réactifs cBot, gardez une main sur le dessus de la plaque. Décongélation de la plaque des réactifs cBot Retirez la plaque des réactifs du cBot de son lieu de stockage à une température entre -25 et -15 °C.
- Page 29 Confirmer la distribution des réactifs (facultatif) Introduction Toutes les étapes de génération d’amplifiats sont effectuées sur le cBot, à l’exception de la préparation de librairies pour le séquençage et de la préparation de la plaque des réactifs du cBot. La génération d’amplifiats pour une Flow Cell rapide consiste simplement en l’hybridation et en la première extension du...
- Page 30 Effectuez un lavage après analyse. Effectuer un lavage avant analyse Il est recommandé d’effectuer un lavage avant de générer des amplifiats sur l’instrument cBot. Sélectionnez User Name (Nom d’utilisateur). À l’aide du clavier à l’écran, tapez votre nom, puis appuyez sur la touche Enter (Entrée).
- Page 31 Charger des consommables Le logiciel vous guide à travers les étapes de chargement de la plaque des réactifs du cBot, de la Flow Cell, du collecteur du cBot et des barrettes de huit tubes contenant les librairies préparées. Selon le protocole de génération d’amplifiats que vous avez choisi, le logiciel peut vous inviter à...
- Page 32 Guide du système cBot Figure 12 Positionner la plaque des réactifs Libérez le levier pour fixer la plaque des réactifs. Cochez la case pour indiquer que la plaque des réactifs est chargée, puis sélectionnez Next (Suivant). Charger la Flow Cell Soulevez la pince de Flow Cell.
- Page 33 Guide du système cBot Cochez la case Manifold seated over flow cell (Collecteur placé au-dessus de la Flow Cell). Fermez la pince de Flow Cell pour maintenir le collecteur. Figure 13 Fermer la pince de Flow Cell Cochez la case Flow cell clamp closed (Pince de Flow Cell fermée).
- Page 34 Cochez la case pour indiquer que les modèles sont chargés. Si vous utilisez des primers supplémentaires, consultez la section Charger les primers. Dans le cas contraire, fermez le couvercle de l’instrument cBot et sélectionnez Next (Suivant), puis passez à la section Effectuer une vérification avant analyse à la page 28.
- Page 35 Guide du système cBot HiSeq X, HiSeq 3000/4000, HiSeq v4 et TruSeq v3 (HiSeq) Cochez la case pour indiquer que les primers sont chargés. Fermez le couvercle de l’instrument. Sélectionnez Next (Suivant). Effectuer une vérification avant analyse La vérification avant analyse lit les capteurs de l’instrument pour détecter si les composants de l’analyse sont installés correctement.
- Page 36 Guide du système cBot Figure 16 Écran Run Status (État de l’analyse) Attendez la fin de l’analyse : HiSeq v4, HiSeq 3000/4000 PE ou HiSeq X : prévoyez environ trois heures. HiSeq 3000/4000 SR : prévoyez environ quatre heures. HiSeq rapide v2 : prévoyez environ une heure. TruSeq v3 : prévoyez environ cinq heures. Une fois l’analyse terminée, vous pouvez laisser la Flow Cell sur l’instrument pendant la nuit. Sinon, passez à...
- Page 37 Guide du système cBot Figure 17 Analyse terminée, décharger les composants Soulevez le couvercle de l’instrument. Relâchez la pince de sortie sécurisant l’extrémité de sortie du collecteur. Déconnectez l’extrémité de sortie du collecteur du port de sortie du réservoir de lavage.
- Page 38 Prenez soin de ne pas frotter les ports de sortie pour éviter que des fibres ne bouchent les orifices. Cochez la case pour indiquer que le réservoir de lavage est sec, puis sélectionnez Exit (Quitter). L’écran Start (Démarrer) s’ouvre et l’instrument cBot est prêt pour une autre analyse. Confirmer la distribution des réactifs (facultatif) Vous pouvez confirmer la distribution de chaque réactif provenant de la plaque des réactifs à...
- Page 39 Guide du système cBot Figure 19 Exemple de distribution réussie des réactifs (Flow Cell à deux lignes) Si la distribution des réactifs a échoué et que les opercules d’aluminium des tubes sont percés, communiquez avec l’assistance technique d’Illumina. Inspectez la barrette de huit tubes contenant le modèle de librairie.
- Page 40 (FSE) d’Illumina. Maintenance préventive Illumina vous recommande de planifier un service de maintenance préventive chaque année. Si vous n’êtes pas lié par un contrat de services, communiquez avec le gestionnaire de compte commercial de votre zone ou avec l’assistance technique d’Illumina pour organiser un service de maintenance préventive facturable.
- Page 41 Effectuez un lavage de maintenance mensuel en utilisant une solution de DECON à 5 % pour enlever les traces de réactifs sur les composants internes du cBot et pour empêcher la prolifération microbienne. Si une solution de DECON n’est pas disponible, remplacez-la par une solution de NaOH 100 mmol.
- Page 42 Votre instrument cBot est prêt pour la prochaine analyse de génération d’amplifiats. Changer la plaque d’adaptateur Vous pouvez utiliser une Flow Cell HiSeq sur l’instrument cBot. Chaque type de Flow Cell nécessite l’installation d’une plaque d’adaptateur spécifique. Les icônes sur l’écran Start (Démarrer) indiquent quelle plaque d’adaptateur est installée.
- Page 43 Mettre à niveau le logiciel Si vous utilisez le logiciel cBot v1.3 ou une version ultérieure, vous pouvez mettre à niveau le logiciel de l’instrument avec une clé USB. Insérez la clé USB contenant le programme d’installation de la nouvelle version du logiciel (par exemple cBotSetupX86_1.3.1.0.exe) dans l’un des ports USB situés à...
- Page 44 à la version actuellement installée sur l’instrument cBot) cBot cannot find a valid software installer (cBot ne trouve pas Vous pouvez soit insérer une mise à niveau de programme d’installation valide du logiciel) valide de l’instrument cBot et sélectionner OK...
- Page 45 Vous pouvez retirer la clé USB dès que le redémarrage est terminé et que l’écran de connexion apparaît. Arrêter l’instrument cBot L’instrument cBot est conçu pour fonctionner en état de veille à partir de l’écran Start (Démarrer); il n’est donc pas nécessaire de l’éteindre entre les analyses.
- Page 46 Guide du système cBot Utilisez le clavier à l’écran pour saisir le mot de passe par défaut, admin, puis appuyez sur la touche Enter (Entrée). À partir de l’écran de configuration, sélectionnez Menu (Menu), puis sélectionnez Shut Down Station (Arrêter la station).
- Page 47 Annexe A Dépannage Mettre en pause ou annuler une analyse Dépannage de l’échec de la vérification du flux Résoudre les problèmes d’analyse Réinitialiser le lecteur de codes à barres Modification des protocoles Mettre en pause ou annuler une analyse Utilisez les commandes de l’écran Run Status (État de l’analyse) pour mettre l’analyse en pause ou l’annuler. Pause (Pause) : termine la commande actuelle du protocole, puis interrompt l’analyse.
- Page 48 Guide du système cBot Si l’échec porte sur des lignes différentes, votre collecteur n’est probablement pas défectueux. Inspectez les volumes d’HT1 de la rangée 1 afin de vous assurer que les quantités dans les tubes sont égales. Sélectionnez Rerun Check (Relancer la vérification) pour recommencer une troisième fois la vérification du flux.
- Page 49 Guide du système cBot Organigramme de dépannage L’organigramme suivant illustre la procédure de dépannage. Les étapes indiquant de procéder à une nouvelle vérification du flux portent un numéro montrant le nombre de tentatives autorisées de vérification de flux effectuées à ce moment de la procédure.
- Page 50 Réinitialiser le lecteur de codes à barres Le lecteur de codes à barres est prêt à l’emploi à la réception de votre instrument cBot. Si le lecteur est réinitialisé d’après une configuration incorrecte, utilisez les instructions suivantes pour le restaurer d’après sa configuration par défaut.
- Page 51 Sélectionnez New Chemistry Definition (Nouvelle définition chimique) ou New Protocol Step (Nouvelle étape du protocole) pour créer une nouvelle définition ou étape et la stocker dans la librairie cBot. Utilisez la flèche vers le bas située à gauche de l’étape pour développer les commandes de celle-ci.
- Page 52 Guide du système cBot Les sélections permettant de modifier les commandes relatives à la pompe, à la rampe de température ou à l’attente apparaissent dans le panneau de droite. Pour modifier une étape dans un protocole, mettez-la en surbrillance. Les sélections permettant de modifier le nombre de cycles de la définition chimique sélectionnée apparaissent dans le panneau de droite.
- Page 53 Index aide échec de la vérification du flux 43 documentation 2 dépannage 42 aide, technique 49 écran Run Status (État de l’analyse) 28 aluminium non percé 32 erreurs de composants de l’analyse 28 analyse erreurs de logiciel 43 démarrage 28 étapes de génération d’amplifiats 28 arrêt 38 état de veille 38...
- Page 54 à barres décongélation 14, 18, 20-21 nettoyage 33 positionnement 24 réinitialisation 43 préparation 15, 19 librairie plaque des réactifs cBot 7 chargement 27 plaque des réactifs, débit élevé concentration de chargement 14 préparation 20 dénaturation 14, 18 plaque des réactifs, rapide dilution 14 préparation 21...
- Page 55 Guide du système cBot HiSeq 3000/4000 16 rapide 21 réaction ExAmp préparation, quatre Flow Cell 16 préparation, une Flow Cell 15 reprise d’une analyse 40 réservoir de lavage 23 résidus salins, retrait 31 résumé d’analyse 29 retrait des barrettes de huit tubes 31...
- Page 56 Taïwan, Chine 00806651752 Autres pays + 44 1799 534 000 Fiches signalétiques (SDS) : disponibles sur le site Web d’Illumina à l’adresse support.illumina.com/sds.html. Documentation sur les produits : disponible en téléchargement sur le site support.illumina.com. Document nº 15006165 v05 FRA Destiné à la recherche uniquement. Ne pas utiliser dans le cadre d’examens diagnostiques.
- Page 57 Document nº 15006165 v05 FRA *20004794* Illumina 5200 Illumina Way San Diego, CA 92122 États-Unis +(1) 800 809-ILMN (4566) +(1) 858 202-4566 (en dehors de l’Amérique du Nord) techsupport@illumina.com www.illumina.com Destiné à la recherche uniquement. Ne pas utiliser dans le cadre d’examens diagnostiques. © 2020 Illumina, Inc. Tous droits réservés.