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Guide du système cBot
Une trop faible concentration de chargement d'ADN entraîne une réduction du %PF ainsi qu'un
u
pourcentage élevé de doublons qui affecte négativement la profondeur de couverture.
Répétez les instructions suivantes pour chaque Flow Cell à séquencer.
1
Diluez la librairie ou le groupement de librairies à la concentration appropriée :
Librairies d'ADN Nano TruSeq : diluez en une solution de 2 à 3 nM dans la solution RSB.
u
Librairies d'ADN sans PCR TruSeq : diluez en une solution de 1 à 2 nM dans la solution RSB.
u
2
[Facultatif]
Préparez des librairies non dénaturées en y ajoutant une substance de contrôle PhiX d'Illumina
non dénaturée dans un rapport de 1 % :
Librairies d'ADN Nano TruSeq : ajoutez 0,5 µl de contrôle PhiX de 2 à 3 nM à 50 µl d'une librairie de
u
2 à 3 nM.
Librairies d'ADN sans PCR TruSeq : ajoutez 0,5 µl de contrôle PhiX de 1 à 2 nM à 50 µl d'une librairie
u
de 1 à 2 nM.
3
Étiquetez de 1 à 8 les tubes de la barrette de huit tubes.
4
Dénaturez la librairie dans la barrette de huit tubes comme suit :
a
Ajoutez 5 µl de librairie non dénaturée au fond de chaque puits.
b Ajoutez 5 µl de NaOH 0,1 N nouvellement dilué. Pipettez lentement pour mélanger.
c
Incubez à température ambiante pendant huit minutes.
d Ajoutez 5 µl de Tris-HCl 200 mM pH 8,0. Pipettez lentement pour mélanger.
5
Réservez sur la glace jusqu'à ce que vous soyez prêt à ajouter le mélange principal ExAmp.
ATTENTION
Préparez et ajoutez le mélange principal ExAmp dans un délai de 30 minutes.
Préparer la plaque des réactifs cBot
1
Inversez pour mélanger.
2
Agitez pour déloger les éventuelles bulles d'air piégées.
3
Tapotez sur une surface dure pour recueillir les gouttelettes de réactif. Vous pouvez également passer la
plaque à la centrifugeuse à impulsions.
4
Préservez sur la glace.
Préparer la réaction ExAmp
Préparez le mélange principal de la réaction ExAmp immédiatement avant utilisation. Suivez les instructions
appropriées pour le nombre de Flow Cell que vous préparez.
Réaction ExAmp pour une Flow Cell (trousse Single-pack)
1
Inversez les réactifs EPX1 et EPX2 pour les mélanger.
2
Centrifugez brièvement les réactifs EPX1, EPX2 et EPX3.
3
Préparez le mélange principal ExAmp dans un tube de 1,5 ml comme suit :
a
Ajoutez 210 μl du réactif EPX1.
b Ajoutez 30 μl du réactif EPX2. Pipettez lentement pour mélanger.
c
Ajoutez 110 μl du réactif EPX3. Pipettez lentement pour mélanger.
Document nº 15006165 v05 FRA
Destiné à la recherche uniquement.
Ne pas utiliser dans le cadre d'examens diagnostiques.
15
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