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Guide du système Document nº 15065681 v05 FRA Support nº 20015507 EXCLUSIF À ILLUMINA Mai 2020 Destiné à la recherche uniquement. Ne pas utiliser dans le cadre d’examens diagnostiques.
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Guide du système cBot 2 Ce document et son contenu sont exclusifs à Illumina, Inc. et à ses sociétés affiliées (« Illumina »); ils sont exclusivement destinés à l’usage contractuel de son client dans le cadre de l’utilisation du ou des produits décrits dans les présentes et ne peuvent servir à...
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Document contenant les primers pour la Flow Cell HiSeq Rapid. Ces primers nº 15065681 v02 sont chargés dans le système HiSeq. Correction du numéro de référence Illumina pour les barrettes de tubes avec code à barres cBot 2 (nº de référence 20005160). Support nº 20004364 Janvier 2016 Mise à jour des descriptions du logiciel cBot v3.0, qui prend en Document charge la trousse d’amplifiats à...
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Table des matières Chapitre 1 Présentation Introduction Ressources supplémentaires Composants du système cBot 2 Consommables Illumina Plaques des réactifs cBot Chapitre 2 Pour commencer Démarrage du cBot 2 Compatibilité des versions des composants de l’analyse Consommables fournis par l’utilisateur Chapitre 3 Préparation des réactifs Introduction Flow Cell HiSeq X Flow Cell HiSeq 3000/4000...
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Guide du système cBot 2 Confirmation de la distribution des réactifs (facultatif) Chapitre 6 Maintenance Maintenance périodique Lavage de maintenance mensuel Changement de la plaque d’adaptateur Mise à niveau du logiciel Mise à niveau des formules Arrêt du cBot 2 Annexe A Dépannage Mise en pause ou annulation d’une analyse Résolution du problème de l’échec de la vérification du flux Résolution des problèmes d’analyse Réinitialisation du lecteur de codes à...
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Différences de flux de travail pour Illumina SeqLab Si vous utilisez le système cBot 2 comme composant du SeqLab d’Illumina, votre flux de travail diffère de celui décrit dans ce guide. Les différences introduites par Clarity LIMS X Edition touchent toutes les étapes, de la préparation des librairies jusqu’au séquençage. Consultez la page d’aide pour Illumina SeqLab sur le site Web d’Illumina afin de générer un guide du flux de travail personnalisé...
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à la plupart des types de librairies et des Flow Cells. nº 15050107) Consultez la page d’aide du système cBot 2 sur le site Web d’Illumina pour accéder à la documentation, aux téléchargements de logiciels, à la formation en ligne et aux foires aux questions.
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Guide du système cBot 2 B Platine des réactifs : la platine des réactifs contient la plaque des réactifs, les modèles de librairies et les primers de spécialité du cBot. Pour les analyses avec suivi des échantillons, un lecteur de codes à barres situé...
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Guide du système cBot 2 Plaques d’adaptateur de Flow Cell Le système cBot effectue une génération d’amplifiats sur des Flow Cell HiSeq. Lors du passage d’un type de Flow Cell à un autre, changez la plaque d’adaptateur sur la platine de Flow Cell. Pour de plus amples renseignements, consultez la section Changement de la plaque d’adaptateur à...
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Guide du système cBot 2 Icônes d’état des capteurs En bas de l’écran, les icônes d’état des capteurs indiquent si un composant est correctement installé et prêt pour l’analyse. Icône Indication Plaque d’adaptateur de Flow Cell GAIIx installée*. Plaque d’adaptateur de Flow Cell HiSeq installée. Type de plaque d’adaptateur de Flow Cell inconnu.
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Les réactifs cBot sont fournis dans une plaque des réactifs qui les charge directement sur l’instrument après décongélation. Les plaques des réactifs cBot sont fournies dans les trousses d’Illumina ci-dessous. La description du contenu des trousses et les autres documents relatifs aux trousses sont disponibles à...
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Guide du système cBot 2 Pour plus de renseignements, consultez le guide de réhybridation pour votre Flow Cell : HiSeq X – réhybridation du primer de la lecture 1 sur une Flow Cell HiSeq X (document nº 15053711) HiSeq 3000/4000 – réhybridation du primer de la lecture 1 sur une Flow Cell HiSeq 3000/4000 (document nº 15058794) TruSeq v3 –...
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Pour plus de renseignements, consultez la fiche signalétique de cette trousse, mise à votre disposition sur support.illumina.com/sds.html. Document nº 15065681 v05 FRA Support nº 20015507 Destiné...
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Chapitre 2 Pour commencer Démarrage du cBot 2 Compatibilité des versions des composants de l’analyse Consommables fournis par l’utilisateur Démarrage du cBot 2 A Bouton de démarrage B Bouton d’alimentation Mettez le bouton d’alimentation situé sur le côté droit de l’instrument en position ON (Marche). Appuyez sur le bouton de démarrage situé à gauche du compartiment du flacon à déchets pour démarrer le logiciel.
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Guide du système cBot 2 Compatibilité des versions des composants de l’analyse Pour des performances et des résultats optimaux, utilisez toujours des versions compatibles du logiciel et des trousses cBot. Version de la trousse Version des formules Version du logiciel Trousse d’amplifiats Formules version 1.0 cBot v3.0.46 ou ultérieure (trousse à...
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AB-0264 système cBot (génération d’amplifiats sans flux de travail pour le suivi d’échantillon) Barrettes de tubes avec code à Illumina, nº de Réaction ExAmp et mélange de librairies avec le barres cBot 2 (huit puits) référence 20005160 système cBot (génération d’amplifiats avec flux de travail pour le suivi d’échantillon)
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REMARQUE Les instructions de préparation des réactifs décrites dans ce guide ne s’appliquent pas au flux de travail automatisé utilisé pour Illumina SeqLab. Pour obtenir des instructions sur le flux de travail Illumina SeqLab, consultez le site support.illumina.com/custom-protocol-selector.html. À propos des réactifs Les réactifs ExAmp sont visqueux, en particulier EPX2 et EPX3.
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Guide du système cBot 2 N’agitez jamais les réactifs ExAmp et ne les recongelez pas après les avoir décongelés. Le mélange principal ExAmp peut être trouble, ce qui est normal. Si la solution se sépare en une partie trouble et une partie transparente, pipettez-la lentement pour la mélanger. Préparation de la Flow Cell Sortez un nouvel emballage de Flow Cell du lieu de stockage à...
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Guide du système cBot 2 Ouvrez l’emballage double coque et sortez la Flow Cell. Figure 7 Retrait de la Flow Cell de l’emballage double coque Nettoyez la Flow Cell avec un chiffon non pelucheux imbibé d’alcool. Séchez à l’aide d’un tissu non pelucheux. Réservez à température ambiante. Décongélation de la plaque des réactifs cBot Retirez la plaque des réactifs du cBot de son lieu de stockage à...
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Librairies d’ADN sans PCR TruSeq : diluez en une solution de 1–2 nmol dans le RSB. [Facultatif] Préparez des librairies non dénaturées en y ajoutant une substance de contrôle PhiX d’Illumina non dénaturée dans un rapport de 1 % : Librairies d’ADN Nano TruSeq : ajoutez 0,5 µl de contrôle PhiX à 2–3 nmol à 50 µl d’une librairie à...
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Guide du système cBot 2 Réaction ExAmp pour une Flow Cell (trousse Single-pack) Inversez les réactifs EPX1 et EPX2 pour les mélanger. Centrifugez brièvement les réactifs EPX1, EPX2 et EPX3. Préparez le mélange principal ExAmp dans un tube de 1,5 ml comme suit : Ajoutez 210 μl du réactif EPX1. b Ajoutez 30 μl du réactif EPX2. Pipettez lentement pour mélanger. Ajoutez 110 μl du réactif EPX3.
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Guide du système cBot 2 Préparation de la Flow Cell Sortez un nouvel emballage de Flow Cell du lieu de stockage à une température maintenue entre 2 et 8 °C. Laissez l’emballage de la Flow Cell à température ambiante pendant au moins 30 minutes. REMARQUE Si l’emballage en papier aluminium est intact, la Flow Cell peut rester à température ambiante durant 12 heures.
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La concentration de chargement d’une librairie dépend de la librairie à séquencer. Les instructions suivantes s’appliquent aux librairies d’Illumina prises en charge et sous-entendent une taille d’insert type pour le type de librairie associé. Assurez-vous de diluer à une concentration appropriée au type de librairie.
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Nextera Rapid Capture Exome ARN total à brins TruSeq ARNm à brins TruSeq [Facultatif] Préparez des librairies non dénaturées en y ajoutant une substance de contrôle PhiX d’Illumina non dénaturée dans un rapport de 1 %. Type de librairie Substance de contrôle ADN sans PCR TruSeq Ajoutez 5 µl de contrôle PhiX de 100 à 200 pmol à...
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Guide du système cBot 2 Préparation de la réaction ExAmp Préparez le mélange principal de la réaction ExAmp immédiatement avant utilisation. Inversez les réactifs EPX1 et EPX2 pour les mélanger. Centrifugez brièvement les réactifs EPX1, EPX2 et EPX3. Préparez le mélange principal ExAmp dans un tube de 1,5 ml comme suit : Ajoutez 210 μl du réactif EPX1.
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Préparez le HP10 à utiliser sur le cBot uniquement lors de l’utilisation de librairies Nextera sur une Flow Cell TruSeq v3. Le HP10 est également compatible avec d’autres types de librairies d’Illumina. Retirez le primer HP10 de son lieu de stockage à une température entre -25 et -15 °C.
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Chapitre 4 Génération d’amplifiats avec suivi des échantillons Introduction Flux de travail de la génération d’amplifiats avec suivi des échantillons Lavage avant analyse Chargement des consommables Chargement du collecteur Sélection du protocole Numérisation des consommables Vérification avant analyse Surveillance de l’analyse Déchargement des composants de l’analyse Lavage après analyse Confirmation de la distribution des réactifs (facultatif)
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Guide du système cBot 2 Flux de travail de la génération d’amplifiats avec suivi des échantillons Préparez la plaque des réactifs et la Flow Cell. Consultez la section Préparation des réactifs à la page 12. Préparez des librairies pour le séquençage et chargez les librairies dans une barrette de huit tubes portant un code à...
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Guide du système cBot 2 Soulevez délicatement le couvercle de l’instrument par la découpe située à l’avant du couvercle. Remplissez le réservoir de lavage avec environ 12 ml d’eau désionisée. Fermez le couvercle de l’instrument. Cochez la case Reservoir filled with water (Réservoir rempli d’eau). Sélectionnez Wash (Lavage).
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Guide du système cBot 2 Toutes les plaques de réactifs, sauf les plaques HiSeq à débit élevé (TruSeq v3) : disposez la plaque de sorte que l’étiquette code à barres soit orientée vers l’arrière de l’instrument. Les coins biseautés de la plaque sont positionnés directement derrière les supports des barrettes de tubes. Figure 12 Positionner la plaque des réactifs Libérez le levier pour fixer la plaque des réactifs.
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Guide du système cBot 2 Chargez la barrette de huit tubes contenant les primers dans la rangée de primers du support de la barrette de tubes. Les tubes sont numérotés de droite à gauche pour être alignés sur l’orientation des lignes de la Flow Cell. HiSeq X, HiSeq 3000/4000, HiSeq v4 et TruSeq v3 (HiSeq) Cochez la case Consumables Loaded (Consommables chargés).
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Guide du système cBot 2 Figure 14 Sécuriser l’extrémité de sortie A Port de sortie B Pince de sortie Maintenez la pince de sortie fermée afin de sécuriser l’extrémité de sortie du collecteur. Cochez la case Outlet clamp closed (Pince de sortie fermée). 10 Alignez le peigne d’aspiration et les deux broches de guidage métalliques à...
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Guide du système cBot 2 Sélection du protocole Sélectionnez Experiment Name (Nom de l’expérience). À l’aide du clavier à l’écran, tapez le nom de votre expérience, puis appuyez sur la touche Enter (Entrée). Sélectionnez la formule qui convient à votre expérience dans la liste des protocoles. Faites défiler la liste pour voir tous les protocoles disponibles.
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Guide du système cBot 2 Vérification avant analyse La vérification avant analyse lit les capteurs de l’instrument pour détecter si les composants de l’analyse sont installés correctement. Elle effectue ensuite une vérification du flux à l’aide de capteurs à bulles afin de détecter la présence d’air dans les tubes.
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Guide du système cBot 2 Figure 16 Écran Run Status (État de l’analyse) Attendez la fin de l’analyse : HiSeq v4, HiSeq 3000/4000 PE ou HiSeq X : prévoyez environ 3 heures. HiSeq 3000/4000 SR : prévoyez environ 4 heures. HiSeq Rapid v2 : prévoyez environ 1 heure. TruSeq v3 : prévoyez environ 5 heures. Une fois l’analyse terminée, vous pouvez laisser la Flow Cell sur l’instrument pendant la nuit. Sinon, passez à...
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Guide du système cBot 2 Déchargement des composants de l’analyse Lorsque l’analyse est terminée, sélectionnez Unload (Décharger) pour continuer. Figure 17 Analyse terminée, décharger les composants Soulevez le couvercle de l’instrument. Relâchez la pince de sortie sécurisant l’extrémité de sortie du collecteur. Déconnectez l’extrémité...
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Pour obtenir des renseignements supplémentaires sur l’environnement, la santé et la sécurité, consultez la fiche signalétique sur support.illumina.com/sds.html. 12 Retirez la barrette de huit tubes contenant les librairies. 13 Le cas échéant, retirez la barrette de huit tubes contenant les primers supplémentaires.
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Figure 19 Exemple de distribution réussie des réactifs (Flow Cell à deux lignes) Si la distribution des réactifs a échoué et que les opercules d’aluminium des tubes sont percés, communiquez avec l’assistance technique d’Illumina. Inspectez la barrette de huit tubes contenant le modèle de librairie.
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Chapitre 5 Génération d’amplifiats sans suivi des échantillons Introduction Flux de travail de la génération d’amplifiats sans suivi des échantillons Lavage avant analyse Sélection du protocole Chargement des consommables Vérification avant analyse Surveillance de l’analyse Déchargement des composants de l’analyse Lavage après analyse Confirmation de la distribution des réactifs (facultatif) Introduction Toutes les étapes de génération d’amplifiats sont effectuées sur le système cBot, à...
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Guide du système cBot 2 Sélectionnez un protocole, numérisez et chargez les consommables, puis chargez les barrettes de tubes contenant les librairies préparées. Sélectionnez Pre-Run Check (Vérification avant analyse) pour lancer la vérification avant analyse automatisée. Sélectionnez Start (Démarrer). Surveillez la progression de l’analyse sur l’écran Run Status (État de l’analyse).
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Guide du système cBot 2 Figure 20 Sécher le réservoir de lavage 11 Cochez la case Wash reservoir dry (Réservoir de lavage sec). 12 Sélectionnez Next (Suivant). Sélection du protocole Sélectionnez Experiment Name (Nom de l’expérience). À l’aide du clavier à l’écran, tapez le nom de votre expérience, puis appuyez sur la touche Enter (Entrée). Sélectionnez la formule qui convient à...
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Guide du système cBot 2 Toutes les plaques de réactifs, sauf les plaques HiSeq à débit élevé (TruSeq v3) : disposez la plaque de sorte que l’étiquette code à barres soit orientée vers l’arrière de l’instrument. Les coins biseautés de la plaque sont positionnés directement derrière les supports des barrettes de tubes. Figure 21 Positionner la plaque des réactifs Libérez le levier pour fixer la plaque des réactifs.
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Guide du système cBot 2 Placez-le de manière uniforme afin de former un joint serré. Cochez la case Manifold seated over flow cell (Collecteur placé au-dessus de la Flow Cell). Fermez la pince de Flow Cell pour maintenir le collecteur. Figure 22 Fermer la pince de Flow Cell Cochez la case Flow cell clamp closed (Pince de Flow Cell fermée).
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Guide du système cBot 2 Figure 24 Sécuriser le peigne d’aspiration A Broches de guidage métalliques B Onglets en plastique 11 Maintenez le peigne d’aspiration en place à l’aide des onglets en plastique situés de part et d’autre du peigne. Assurez-vous que les dispositifs d’aspiration sont droits et perpendiculaires à la plaque des réactifs. 12 Cochez la case (Peigne d’aspiration en place), puis sélectionnez Next (Suivant).
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Guide du système cBot 2 HiSeq X, HiSeq 3000/4000, HiSeq v4 et TruSeq v3 (HiSeq) Cochez la case pour indiquer que les primers sont chargés. Fermez le couvercle de l’instrument. Sélectionnez Next (Suivant). Vérification avant analyse La vérification avant analyse lit les capteurs de l’instrument pour détecter si les composants de l’analyse sont installés correctement.
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Guide du système cBot 2 Figure 25 Écran Run Status (État de l’analyse) Attendez la fin de l’analyse : HiSeq v4, HiSeq 3000/4000 PE ou HiSeq X : prévoyez environ 3 heures. HiSeq 3000/4000 SR : prévoyez environ 4 heures. HiSeq Rapid v2 : prévoyez environ 1 heure. TruSeq v3 : prévoyez environ 5 heures. Une fois l’analyse terminée, vous pouvez laisser la Flow Cell sur l’instrument pendant la nuit. Sinon, passez à...
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Guide du système cBot 2 Déchargement des composants de l’analyse Lorsque l’analyse est terminée, sélectionnez Unload (Décharger) pour continuer. Figure 26 Analyse terminée, décharger les composants Soulevez le couvercle de l’instrument. Relâchez la pince de sortie sécurisant l’extrémité de sortie du collecteur. Déconnectez l’extrémité...
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Pour obtenir des renseignements supplémentaires sur l’environnement, la santé et la sécurité, consultez la fiche signalétique sur support.illumina.com/sds.html. 12 Retirez la barrette de huit tubes contenant les librairies. 13 Le cas échéant, retirez la barrette de huit tubes contenant les primers supplémentaires.
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Figure 28 Exemple de distribution réussie des réactifs (Flow Cell à deux lignes) Si la distribution des réactifs a échoué et que les opercules d’aluminium des tubes sont percés, communiquez avec l’assistance technique d’Illumina. Inspectez la barrette de huit tubes contenant le modèle de librairie.
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(FSE) d’Illumina. Maintenance préventive Illumina vous recommande de planifier un service de maintenance préventive chaque année. Si vous n’êtes pas lié par un contrat de services, communiquez avec le gestionnaire de compte commercial de votre zone ou avec l’assistance technique d’Illumina pour organiser un service de maintenance préventive facturable.
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Guide du système cBot 2 Lavage de maintenance mensuel Effectuez un lavage de maintenance mensuel en utilisant une solution de DECON à 5 % pour enlever les traces de réactifs sur les composants internes du cBot et pour empêcher la prolifération microbienne. Si une solution de DECON n’est pas disponible, remplacez-la par une solution de NaOH 100 mmol.
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Guide du système cBot 2 Lorsque le lavage est terminé, épongez l’eau restante dans le réservoir de lavage avec un tissu non pelucheux. Évitez les ports de sortie. Fermez le couvercle de l’instrument. Videz le flacon à déchets. Votre cBot est prêt pour la prochaine analyse de génération d’amplifiats. Changement de la plaque d’adaptateur Vous pouvez utiliser une Flow Cell HiSeq sur le cBot.
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Guide du système cBot 2 Figure 30 Emplacement de l’élément détecteur A Plaque d’adaptateur HiSeq B Élément détecteur de la plaque d’adaptateur Vissez les deux vis pour fixer la plaque d’adaptateur. Pour un transfert de chaleur optimal, assurez-vous que la plaque d’adaptateur est à plat et que les vis sont uniformément serrées.
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Guide du système cBot 2 Figure 31 Menu de l’écran Start (Démarrer) Utilisez le clavier à l’écran pour saisir le mot de passe par défaut, admin, puis appuyez sur la touche Enter (Entrée). Sélectionnez Menu (Menu), puis sélectionnez Upgrade (Mettre à niveau). Une boîte de dialogue s’ouvre et affiche un message concernant la version logicielle : Message Action...
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Guide du système cBot 2 Figure 32 Menu de l’écran Start (Démarrer) Utilisez le clavier à l’écran pour saisir le mot de passe par défaut, admin, puis appuyez sur la touche Enter (Entrée). Sélectionnez Menu (Menu), puis sélectionnez Upgrade Recipes (Mettre à niveau les formules). Le cBot redémarre automatiquement une fois la mise à...
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Guide du système cBot 2 Utilisez le clavier à l’écran pour saisir le mot de passe par défaut, admin, puis appuyez sur la touche Enter (Entrée). À partir de l’écran de configuration, sélectionnez Menu (Menu), puis sélectionnez Shut Down Station (Arrêter la station). Le logiciel cBot s’arrête.
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Annexe A Dépannage Mise en pause ou annulation d’une analyse Résolution du problème de l’échec de la vérification du flux Résolution des problèmes d’analyse Réinitialisation du lecteur de codes à barres externe Modification des protocoles Mise en pause ou annulation d’une analyse Utilisez les commandes de l’écran Run Status (État de l’analyse) pour mettre l’analyse en pause ou l’annuler.
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Guide du système cBot 2 Si l’échec porte sur des lignes différentes, votre collecteur n’est probablement pas défectueux. Inspectez les volumes d’HT1 de la rangée 1 afin de vous assurer que les quantités dans les tubes sont égales. Sélectionnez Rerun Check (Relancer la vérification) pour recommencer une troisième fois la vérification du flux.
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Guide du système cBot 2 Organigramme de dépannage L’organigramme suivant illustre la procédure de dépannage. Les étapes indiquant de procéder à une nouvelle vérification du flux portent un numéro montrant le nombre de tentatives autorisées de vérification de flux effectuées à ce moment de la procédure. Figure 35 Organigramme de dépannage Résolution des problèmes d’analyse Utilisez le tableau suivant pour résoudre les problèmes rencontrés au cours d’une analyse de génération...
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Peut également indiquer une éventuelle panne d’Illumina. du tableau de commande. Le réfrigérant circule et le Le réfrigérant s’est lentement évaporé jusqu’à Ajoutez du réfrigérant Illumina niveau de réfrigérant est bas. atteindre un niveau bas. (nº référence 1003709) dans le réservoir de réfrigérant.
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Guide du système cBot 2 Sélectionnez Turn Off (Désactiver), puis Turn On (Activer) pour activer le lecteur de codes à barres. La raie laser doit être visible sur la plaque du lecteur, sous l’écran LCD. Placez le code à barres sous le lecteur de codes à barres externe. Sélectionnez Turn Off (Désactiver), puis Turn On (Activer) pour lire le code à...
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Guide du système cBot 2 Figure 38 Protocol Editor (Modification des protocoles), étapes développées A Section Chemistry (Chimie) B Section développée Chemistry (Chimie) C Section Protocol (Protocole) Icônes de Protocol Editor (Modification des protocoles) Icône Description Déplace l’étape en surbrillance sous l’étape suivante du protocole. Déplace l’étape en surbrillance au-dessus de l’étape précédente du protocole.
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Index documents relatifs aux trousses 6 durée de la génération d’amplifiats 30, 41 activation du lecteur externe 28 durée du lavage de maintenance 46 aide documentation 2 aide, technique 62 aluminium non percé 33, 44 échec de la numérisation 28 analyse échec de la vérification avant analyse 29 démarrage 40...
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Guide du système cBot 2 numéros de référence réfrigérant 54 icônes d’état des capteurs 5 interruption d’une analyse 52 opercule en aluminium blanc 24, 36 opercule, aluminium blanc 24, 36 opercules non percé 33, 44 lavage plaques d’adaptateur 25, 37 lavage après analyse 45 lavage avant analyse 45 PhiX lavage de l’instrument 32, 43...
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32, 43 résumé d’analyse 30, 41 retrait des barrettes de huit tubes 32, 43 SeqLab d’Illumina 1 stockage des Flow Cell 25, 31, 37, 42 stockage des Flow Cells 30, 41 stocker des Flow Cell 31, 42 substitut DECON 46 suivi des échantillons...
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Guide du système cBot 2 Document nº 15065681 v05 FRA Support nº 20015507 Destiné à la recherche uniquement. Ne pas utiliser dans le cadre d’examens diagnostiques.
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Taïwan, Chine 00806651752 Autres pays +44 1799 534 000 Fiches signalétiques (SDS) : disponibles sur le site Web d’Illumina à l’adresse support.illumina.com/sds.html. Documentation sur les produits : disponible en téléchargement sur le site support.illumina.com. Document nº 15065681 v05 FRA Support nº 20015507 Destiné à la recherche uniquement. Ne pas utiliser dans le cadre d’examens diagnostiques.
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Guide du système cBot 2 Document nº 15065681 v05 FRA Support nº 20015507 Destiné à la recherche uniquement. Ne pas utiliser dans le cadre d’examens diagnostiques.