Annexe C Fichiers Et Dossiers De Sortie; Fichiers De Sortie De Séquençage - illumina NextSeq 550Dx Guide De Référence De L'instrument

Annexe C Fichiers et dossiers de sortie
Fichiers de sortie de séquençage
Structure des dossiers de sortie de séquençage
Fichiers de sortie du balayage
Structure du dossier de sortie de balayage
Fichiers de sortie de séquençage
Type de fichier Description, emplacement et nom des fichiers
Fichier de définition Chaque plaque analysée est incluse dans un fichier de définition des bases; ces fichiers sont
des bases rassemblés dans un fichier pour chaque ligne de chaque cycle. Le fichier cumulé contient la
définition des bases ainsi que le score de qualité codé associé à chaque amplifiat de cette
ligne.
Data\Intensities\BaseCalls\L00[X] : les fichiers sont stockés dans un dossier pour chaque ligne.
[Cycle].bcl.bgzf, où [Cycle] représente le numéro à quatre chiffres du cycle. Les fichiers de
définition des bases sont compressés à l'aide du logiciel de compression gzip.
Fichier index de Pour chaque ligne, un fichier index binaire indique les renseignements sur la plaque d'origine
définition des bases dans une paire de valeurs pour chaque plaque, qui sont le numéro et le nombre d'amplifiats de
la plaque.
Les fichiers d'index de définition des bases sont créés la première fois qu'un fichier de définition
des bases est créé pour une ligne.
Data\Intensities\BaseCalls\L00[X] : les fichiers sont stockés dans un dossier pour chaque ligne.
s_[Ligne].bci
Fichiers Pour chaque plaque, les coordonnées XY de chaque amplifiat sont rassemblées dans un fichier
d'emplacement des d'emplacement des amplifiats pour chaque ligne. Les fichiers d'emplacement des amplifiats
amplifiats sont le résultat de la génération du modèle.
Data\Intensities\L00[X] : les fichiers sont stockés dans un dossier pour chaque ligne.
s_[ligne].locs
Fichiers de filtrage Le fichier de filtrage spécifie si un amplifiat a franchi les filtres. Les renseignements de filtrage
sont rassemblés dans un seul fichier de filtrage pour chaque ligne et chaque lecture.
Les fichiers de filtrage sont générés au cycle 26 et portent sur 25 cycles de données.
Data\Intensities\BaseCalls\L00[X] : les fichiers sont stockés dans un dossier pour chaque ligne.
s_[ligne].filter
Fichiers InterOp Fichiers de compte rendu binaire nécessaires pour le logiciel SAV (visualiseur d'analyse de
séquençage). Les fichiers InterOp sont mis à jour tout au long de l'analyse.
Dossier InterOp
Fichier de Créé au début de l'analyse, le fichier de configuration RTA indique les paramètres de l'analyse.
[Dossier racine], RTAConfiguration.xml
configuration RTA
Fichier de Indique le nom de l'analyse, le nombre de cycles à chaque lecture, si la lecture est une lecture
renseignements sur indexée et le nombre de témoins et de plaques sur la Flow Cell. Le fichier de renseignements
l'analyse sur l'analyse est créé au début de l'analyse.
[Dossier racine], RunInfo.xml
Plaques de la Flow Cell
Les plaques sont de petites zones d'imagerie sur la Flow Cell qui constituent pour la caméra une unité de
vision. Le nombre total de plaques dépend du nombre de lignes, de témoins et de surfaces imagés sur la
Flow Cell et de la façon dont les caméras fonctionnent conjointement pour recueillir les images. Les Flow Cell
à débit élevé comportent 864 plaques au total.
Document nº 1000000041922 v01 FRA
Destiné à la recherche uniquement.
Ne pas utiliser dans le cadre d'examens diagnostiques.
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