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illumina MiSeqDx MD Guide De Référence

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Guide de référence MiSeqDx
MD
pour instruments avec configuration
à amorçage double
DESTINÉ AU DIAGNOSTIC IN VITRO UNIQUEMENT
EXCLUSIF À ILLUMINA
Document nº 1000000015780 v04 FRA
English Source: 15070067 v05
Avril 2020

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Manuels Connexes pour illumina MiSeqDx MD

Sommaire des Matières pour illumina MiSeqDx MD

  • Page 1 Guide de référence MiSeqDx pour instruments avec configuration à amorçage double DESTINÉ AU DIAGNOSTIC IN VITRO UNIQUEMENT EXCLUSIF À ILLUMINA Document nº 1000000015780 v04 FRA English Source: 15070067 v05 Avril 2020...
  • Page 2 Ce logiciel contient la librairie SeqAn, dont la licence est détenue par Illumina, et qui est distribuée sous la licence suivante : Copyright © 2010, Knut Reinert, FU Berlin, Tous droits réservés. La redistribution et l’utilisation au format source ou sous forme binaire, avec ou sans modification, sont autorisées pourvu que les conditions suivantes soient réunies :...

  • Page 3: Historique Des Révisions

    Mars nº 15070067 v02 prévue. Suppression de la phrase « Le système MiSeqDx 2017 est destiné à être utilisé avec des tests de diagnostic  in vitro et des trousses de réactifs fournis par Illumina. » Document Remplacement de l’avertissement relatif au formamide Décembre nº 15070067 v01 par un avertissement général sur les produits chimiques...
  • Page 4 [Cette page a été volontairement laissée vide.] Document nº 1000000015780 v04 FRA English Source: 15070067 v05...

  • Page 5: Table Des Matières

    Composants Mise en marche du MiSeqDx Consommables requis Stockage et manipulation Logiciel antivirus Chapitre 2 Logiciel MiSeqDx Introduction Logiciel de gestion de lʼutilisateur Illumina Illumina Worklist Manager MiSeq Operating Software (MOS) Real-Time Analysis (RTA) MiSeq Reporter Chapitre 3 Réalisation d’une analyse Introduction Flux de travail MiSeqDx Préparation de la cartouche de réactifs...
  • Page 6 [Cette page a été volontairement laissée vide.] Document nº 1000000015780 v04 FRA English Source: 15070067 v05...

  • Page 7: Chapitre 1 Premiers Pas

      Chapitre 1 Premiers pas Premiers pas Utilisation prévue Composants Mise en marche du MiSeqDx Consommables requis Stockage et manipulation Logiciel antivirus Guide de référence MiSeqDx pour instruments avec configuration à amorçage double...

  • Page 8: Utilisation Prévue

    Utilisation prévue Illumina MiSeqDx est un instrument de séquençage qui mesure les signaux de fluorescence des nucléotides marqués par l’entremise de réactifs et de Flow Cell propres à l’instrument (trousse universelle MiSeqDx 1.0), de matériel d’imagerie et d’un logiciel d’analyse de données.

  • Page 9: Composants

    Composants Le système MiSeqDx comprend les composants extérieurs suivants : Compartiment de la Flow Cell : contient la platine qui accueille la Flow Cell pendant l’analyse. Les moteurs de la platine extraient la platine du module optique joint pour le chargement de la Flow Cell et la réinsèrent dans le module lorsque l’analyse commence. Module optique joint : contient les composants optiques qui permettent l’imagerie de la Flow Cell.

  • Page 10: Compartiment De Flow Cell

    Compartiment de Flow Cell Platine de Flow Cell Porte du compartiment de la Flow Cell Verrou de la Flow Cell Flow Cell Bouton de libération du verrou de la Flow Cell Ce compartiment contient la platine de la Flow Cell, la station thermique et les connexions fluidiques vers la Flow Cell. La platine de la Flow Cell maintient la Flow Cell, et le verrou de la Flow Cell fixe et positionne la Flow Cell.

  • Page 11: Compartiment Des Réactifs

    Compartiment des réactifs Réfrigérant pour réactifs Poignée des dispositifs d’aspiration (illustrée en position levée) Flacon de solution SBS (PR2) MiSeqDx Flacon à déchets Cartouche de réactifs Le compartiment des réactifs contient le réfrigérant pour réactifs et les emplacements du flacon de solution SBS MiSeqDx (PR2) et du flacon à déchets. Au cours de l’analyse, le réfrigérant pour réactifs contient une cartouche de réactifs à...

  • Page 12: Mise En Marche Du Miseqdx

    Mise en marche du MiSeqDx REMARQUE Illumina recommande de laisser l’appareil sous tension en permanence. Toutefois, si l’instrument doit être éteint, suivez la procédure d’arrêt décrite dans la section Arrêt de l’instrument, page 65. Attendez au moins 60 secondes avant de rallumer l’appareil.

  • Page 13: Consommables Requis

    Nettoyage de l’instrument Recommandations à propos de l’eau de laboratoire Utilisez toujours de lʼeau de laboratoire pour réaliser des procédures sur l’instrument. N’utilisez jamais d’eau courante. Tous les exemples suivants sont acceptables : PW1 d’Illumina Eau 18 mégaohms (MΩ) Eau Milli-Q Eau Super-Q Eau de qualité...

  • Page 14: Logiciel Antivirus

    Logiciel antivirus Illumina recommande vivement l’installation d’un logiciel antivirus fourni par l’utilisateur afin de protéger l’ordinateur des virus. Pour éviter les interférences avec le fonctionnement de MiSeqDx ou la perte de données, configurez le logiciel antivirus comme suit : Configurez des analyses manuelles (non automatisées).

  • Page 15: Chapitre 2 Logiciel Miseqdx

      Chapitre 2 Logiciel MiSeqDx Logiciel MiSeqDx Introduction Logiciel de gestion de lʼutilisateur Illumina Illumina Worklist Manager MiSeq Operating Software (MOS) Real-Time Analysis (RTA) MiSeq Reporter Guide de référence MiSeqDx pour instruments avec configuration à amorçage double...

  • Page 16: Introduction

    Figure 3 Interaction entre les composants du logiciel MiSeqDx Illumina Worklist Manager (IWM) : permet de créer une feuille d’échantillons lors de la préparation des librairies. La feuille d’échantillons permet d’assurer le suivi positif des échantillons tout au long du processus. Ce logiciel s’exécute indépendamment de l’instrument.

  • Page 17: Logiciel De Gestion De Lʼutilisateur Illumina

    Démarrage du logiciel de gestion de l’utilisateur Les instructions suivantes expliquent comment télécharger, installer et démarrer le logiciel de gestion de l’utilisateur Illumina et comment créer un fichier de base de données des utilisateurs. Téléchargement du logiciel : vous pouvez télécharger le logiciel de gestion de l’utilisateur Illumina sur le site Web Illumina à...
  • Page 18 Le format de fichier par défaut est *.db. Figure 5 Interface du logiciel de gestion de lʼutilisateur Illumina Les modifications apportées au fichier de base de données sont automatiquement enregistrées à l’exception des modifications des attributs dans la section User Information (Renseignements sur l’utilisateur).
  • Page 19 Modifier les renseignements sur l’utilisateur : dans la section Database Contents and Settings (Contenu de base de données et paramètres), sélectionnez l’utilisateur dont il faut modifier les données. Sélectionnez Edit (Modifier). La section User Information (Renseignements sur l’utilisateur) devient active. Supprimer un utilisateur : dans la section Database Contents and Settings (Contenu de base de données et paramètres), sélectionnez l’utilisateur à...

  • Page 20: Niveaux D'accès D'utilisateur

    Show Logs (Afficher les journaux) Cliquez sur Show Logs (Afficher les journaux) pour ouvrir un journal de l’historique de chaque modification apportée à un fichier de base de données, ainsi que la date et l’heure auxquelles la modification a été apportée. Les journaux sont uniques et intégrés au fichier de base de données;...

  • Page 21: Illumina Worklist Manager

    Illumina Worklist Manager Le logiciel Illumina Worklist Manager (IWM) est une application sous forme d’assistant permettant de créer et de modifier des feuilles d’échantillons pour le MiSeqDx et le logiciel d’analyse d’Illumina. Sélectionnez les options des feuilles d’échantillons en fonction de la trousse que vous utilisez.

  • Page 22: Miseq Operating Software (Mos)

    MiSeq Operating Software (MOS) L’interface MiSeq Operating Software (MOS) guide les utilisateurs à travers les étapes de chargement de la Flow Cell et des réactifs avant le lancement de l’analyse et présente des statistiques de qualité à surveiller pendant la progression de l’analyse. Lors de l’analyse, MOS gère la platine de la Flow Cell, distribue les réactifs, commande la température de la Flow Cell et capture les images des amplifiats sur la Flow Cell.

  • Page 23: Indicateurs D'activité

    Indicateurs d’activité Le coin inférieur droit de chaque écran d’interface présente une série d’icônes. Chaque icône est un indicateur signalant l’activité exécutée par l’instrument. Figure 8 Indicateurs d’activité De gauche à droite, les indicateurs d’activité représentent les activités suivantes : Déplacement de la platine Y Déplacement de la platine Z Activation de la fonctionnalité...

  • Page 24: Écran Perform Wash (Procéder Au Lavage)

    Icônes d’état Le coin supérieur droit de l’écran d’accueil affiche une icône d’état qui indique toute modification des conditions pendant la configuration de l’analyse ou pendant l’analyse. Icône Nom de l’état Description d’état État OK Aucune modification. Le système est normal. Attention Renseignements importants.

  • Page 25: Écran Manage Files (Gérer Les Fichiers)

    L’appareil MiSeqDx peut être configuré pour effectuer un lavage de maintenance, plutôt qu’un lavage après analyse, entre les analyses. Pour plus de renseignements, consultez la section Écran Run Options (Options d’analyse), page 21. Figure 10 Écran Perform Wash (Procéder au lavage) L’écran Perform Wash (Procéder au lavage) comprend également une commande qui soulève les dispositifs d’aspiration de façon à...

  • Page 26: Options De Gestion Des Fichiers

    Options de gestion des fichiers À partir de n’importe quel onglet se trouvant à l’écran Manage Files (Gérer les fichiers), sélectionnez Browse (Parcourir) pour accéder à tous les fichiers accessibles de l’instrument. Onglet* Fonctionnalités Runs (Analyses) Delete (Supprimer) ou Move (Déplacer) Sample Sheets (Feuilles Delete (Supprimer), Upload (Téléverser) ou Rename d’échantillons)

  • Page 27: Écran Run Options (Options D'analyse)

    Sélectionnez Send Instrument Health (Transmettre l’état de l’instrument) pour activer le service de surveillance Illumina Proactive. Le nom du paramètre, dans l'interface du logiciel, peut être différent de celui qu’on retrouve dans ce guide, selon la version du MOS utilisée.
  • Page 28 MiSeqOutput (SortieMiSeq) : définit l’emplacement par défaut des fichiers de sortie de l’analyse. Illumina recommande de modifier le dossier de sortie par défaut dans un emplacement réseau à des fins de partage, de stockage à long terme et éventuellement d’utilisation de MiSeq Reporter hors ligne.
  • Page 29 Onglet Email Notifications (Notifications par courriel) MiSeqDx peut être configuré pour envoyer une notification par courriel lorsque l’analyse primaire est terminée, lorsque l’analyse secondaire sur instrument est terminée ou si une erreur logicielle MiSeqDx critique se produit. Pour apporter des modifications dans les paramètres Email Notifications (Notifications par courriel), vous devez disposer d’un niveau d’accès administrateur.

  • Page 30: Écran Manage Instrument (Gérer L'instrument)

    Écran Manage Instrument (Gérer l’instrument) L’écran Manage Instrument (Gérer l’instrument) contient des commandes relatives aux paramètres du système, au dépannage, à la mise à jour manuelle du logiciel, au redémarrage ordinaire ou en mode recherche, ou à l’arrêt du logiciel de l’instrument. Figure 15 Écran Manage Instrument (Gérer l’instrument) System Settings (Paramètres du système) : permet de modifier les paramètres IP, le...

  • Page 31: Écran System Settings (Paramètres Du Système)

    Minimize to Windows (Réduire sur Windows) permet d’accéder rapidement au système d’exploitation de l’instrument et aux dossiers de l’ordinateur de l’instrument lorsque MOS s’exécute en mode kiosque plutôt qu’en mode Windows. Vous devez posséder un niveau d’accès administrateur ou superutilisateur pour utiliser cette fonctionnalité.

  • Page 32: Écran System Check (Vérification Du Système)

    Certaines vérifications du système peuvent être effectuées avant de communiquer avec l’assistance technique d’Illumina, telles que le test de volume. Ce test permet de vérifier l’état du système fluidique en estimant le volume du flux lorsque des bulles passent au niveau des capteurs.

  • Page 33: Écran Manual Update (Mise À Jour Manuelle)

    Cette fonctionnalité n’est pas disponible pour MiSeqDx. Toutes les mises à jour logicielles sont effectuées par le personnel d’Illumina afin de garantir une bonne configuration du système. Écrans Run Setup (Configuration de l’analyse) Lorsque vous sélectionnez Sequence (Séquencer) à...

  • Page 34: Changer La Feuille D'échantillons

    chargés, le logiciel lit et enregistre la lecture RFID. Une confirmation de lecture RFID correcte s’affiche dans le coin inférieur droit de l’écran. Figure 20 Charger le flacon de solution SBS (PR2) MiSeqDx et le flacon à déchets Figure 21 Charger la cartouche de réactifs Si la lecture RFID échoue, les renseignements d’identification peuvent être entrés manuellement.

  • Page 35: Écran Review (Révision)

    de réactifs chargée sur lʼinstrument. Si le logiciel ne peut trouver de feuille d’échantillons, une fenêtre s’ouvre pour que vous accédiez à la feuille d’échantillons. Pour éviter que le logiciel n’effectue une recherche sans succès, utilisez la commande Change Sample Sheet (Changer la feuille d’échantillons) à l’écran Load Reagents (Charger les réactifs) pour rediriger le logiciel vers la feuille d’échantillons appropriée.

  • Page 36: Écran Pre-Run Check (Vérification Avant Analyse)

    Figure 23 Feuille dʼéchantillons introuvable Écran Pre-Run Check (Vérification avant analyse) Le logiciel exécute automatiquement une vérification avant analyse des composants et conditions nécessaires à lʼanalyse avant de lancer celle-ci. En cas dʼerreur au cours de la vérification avant analyse, un message sʼaffiche à lʼécran pour décrire lʼerreur et lʼaction requise pour la corriger.
  • Page 37 800K/mm². Clusters Passing Filter (%) (Amplifiats passant le filtre [%]) : indique le pourcentage d’amplifiats franchissant le filtre en fonction du filtre de pureté d’Illumina, qui mesure la qualité des images. Ces données apparaissent uniquement après le cycle 25. Guide de référence MiSeqDx pour instruments avec configuration à amorçage double...

  • Page 38: Génération Du Modèle

    MOS et de RTA. Il nʼest pas nécessaire dʼaccéder au dossier Temp (Temporaire). Le contenu de ce dossier est supprimé au bout de sept jours. D:\Illumina\MiSeqOutput : RTA copie les fichiers du dossier Temp (Temporaire) dans le dossier Output (Sortie). À mesure que les fichiers de lʼanalyse primaire sont générés, RTA copie à...

  • Page 39: Durée De Lʼanalyse

    Durée de lʼanalyse La durée de l’analyse dépend du nombre de cycles réalisés. L’appareil MiSeqDx peut effectuer une analyse de séquençage à lecture appariée pouvant atteindre jusqu’à 2 × 151 cycles. Nombre de cycles d’une lecture Une lecture comprend un cycle de plus que le nombre de cycles analysés. Le cycle supplémentaire est requis pour les calculs de mise en phase et en préphase.

  • Page 40: Arrêter Une Analyse

    La fonctionnalité Live Help (Aide en direct) est un outil d’assistance en ligne qui permet à un représentant de l’assistance technique d’Illumina d’accéder à l’écran MiSeqDx avec votre autorisation et de partager les commandes de l’instrument.
  • Page 41 Accédez à Live Help (Aide en direct) à partir de l’icône d’aide à l’écran d’accueil. Figure 28 Menu Help (Aide) Pour activer une connexion, obtenez un code d’accès unique auprès de l’assistance technique d’Illumina, saisissez ce code à l’écran Live Help (Aide en direct), puis sélectionnez Next (Suivant). Figure 29 Écran Live Help (Aide en direct)

  • Page 42: Real-Time Analysis (Rta)

    Real-Time Analysis (RTA) Le logiciel d’analyse primaire intégré Real Time Analysis (RTA) exécute les analyses d’images et la définition des bases, et attribue un score de qualité à chacune des bases de chaque cycle. Les images sont temporairement stockées dans le dossier d’analyse pour leur traitement par RTA, puis automatiquement supprimées à...

  • Page 43: Miseq Reporter

    MiSeq Reporter MiSeq Reporter est le logiciel en charge de l’analyse secondaire sur le système MiSeqDx. Il traite les définitions des bases générées pendant l’analyse primaire et fournit des renseignements sur chaque échantillon en fonction des renseignements indiqués dans la feuille d’échantillons. Pour plus de renseignements, consultez le Guide de référence du logiciel MiSeq Reporter (document nº 15038356).
  • Page 44 [Cette page a été volontairement laissée vide.] Document nº 1000000015780 v04 FRA English Source: 15070067 v05...

  • Page 45: Chapitre 3 Réalisation D'une Analyse

      Chapitre 3 Réalisation d’une analyse Réalisation d’une analyse Introduction Flux de travail MiSeqDx Préparation de la cartouche de réactifs Se connecter et suivre les invites relatives au séquençage Nettoyage de la Flow Cell Chargement de la Flow Cell Chargement des réactifs Démarrage de l’analyse Surveillance de l’analyse Guide de référence MiSeqDx pour instruments avec configuration à...

  • Page 46: Introduction

    Introduction Pour exécuter une analyse sur le système MiSeqDx, suivez les étapes de configuration décrites dans ce chapitre. Après le lancement de l’analyse, aucune intervention supplémentaire de l’utilisateur n’est requise. Une fois l’analyse de séquençage terminée, effectuez un lavage de l’instrument. Document nº 1000000015780 v04 FRA English Source: 15070067 v05...

  • Page 47: Flux De Travail Miseqdx

    Flux de travail MiSeqDx Assurez-vous que les librairies d’échantillons ont déjà été chargées dans la cartouche de réactifs avant de configurer l’analyse. Ces étapes s’appliquent à n’importe quel protocole de test. Préparez la cartouche de réactifs, puis chargez l’ensemble de librairies dans le réservoir désigné. Dans l’interface du logiciel, sélectionnez Sequence (Séquencer) pour démarrer la procédure de configuration de l’analyse.
  • Page 48 Analyse Une fois l’analyse terminée, le logiciel d’analyse MiSeq Reporter démarre automatiquement pour effectuer l’analyse secondaire. Vous pouvez surveiller l’analyse secondaire par le biais d’une connexion Internet depuis un autre ordinateur. Voir le Guide de référence du logiciel MiSeq Reporter (document nº 15038356). Document nº 1000000015780 v04 FRA English Source: 15070067 v05...

  • Page 49: Préparation De La Cartouche De Réactifs

    Préparation de la cartouche de réactifs Suivez les instructions ci-dessous pour décongeler la cartouche de réactifs à l’aide d’un récipient d’eau à température ambiante. Cette méthode prend environ une heure. Retirez la cartouche de réactifs de son lieu de stockage maintenu entre -25 °C et -15 °C. Placez la cartouche de réactifs dans un bain d’eau contenant assez d’eau de laboratoire à...
  • Page 50 Utilisez une pointe de pipette séparée, propre et vide de 1 ml pour percer l’opercule en aluminium scellant le réservoir sur la cartouche de réactifs étiquetée Load Samples (Charger les échantillons). REMARQUE Ne percez aucun autre opercule. Les autres positions des réactifs sont percées automatiquement au cours de l’analyse.

  • Page 51: Se Connecter Et Suivre Les Invites Relatives Au Séquençage

    Se connecter et suivre les invites relatives au séquençage À l’écran Home (Accueil), sélectionnez Sequence (Séquencer). Si l’écran de connexion s’ouvre, saisissez les identifiants d’utilisateur appropriés, puis sélectionnez Next (Suivant). Sélectionnez à nouveau Sequence (Séquencer) après vous être connecté. Suivez les invites pour charger la Flow Cell et les réactifs et configurez l’analyse (tel que décrit dans les sections suivantes).

  • Page 52: Nettoyage De La Flow Cell

    Nettoyage de la Flow Cell La Flow Cell est immergée dans une solution tampon de stockage, dans un contenant spécial. Enfilez une nouvelle paire de gants sans talc. Retirez la Flow Cell de son contenant spécial en la tenant par la base de la cartouche en plastique à...
  • Page 53 Nettoyez le verre de la Flow Cell à l’aide d’une lingette alcoolisée. Veillez à ne pas laisser dʼempreintes ou de marques sur le verre ni de peluches ou de fibres textiles. Évitez de nettoyer le joint de port de la Flow Cell avec une lingette alcoolisée. Figure 35 Séchage de la Flow Cell Séchez tout excès dʼalcool avec un chiffon non pelucheux destiné...

  • Page 54: Chargement De La Flow Cell

    Chargement de la Flow Cell Relevez la porte du compartiment de la Flow Cell, puis appuyez sur la touche de déverrouillage située à droite du verrou de la Flow Cell. Le verrou de la Flow Cell s’ouvre. Figure 36 Déverrouillage de la Flow Cell Assurez-vous que la platine de Flow Cell ne contient pas de peluches.
  • Page 55 Si le logiciel n’identifie pas l’étiquette RFID de la Flow Cell, consultez la section Résolution des échecs de lecture RFID, page 70. REMARQUE Si la lecture RFID échoue, les renseignements d’identification peuvent être entrés manuellement. Cependant, le logiciel n’autorise la défaillance que d’un seul des trois composants munis d’une étiquette RFID (Flow Cell, cartouche de réactifs et solution SBS (PR2) MiSeqDx) par analyse de diagnostics in vitro.

  • Page 56: Chargement Des Réactifs

    Chargement des réactifs Charger le flacon de solution SBS (PR2) MiSeqDx et vérifier le flacon à déchets Retirez le flacon de solution SBS (PR2) MiSeqDx de son lieu de stockage réfrigéré, maintenu entre 2 °C et 8 °C. Renversez pour mélanger, puis retirez le couvercle. Ouvrez la porte du compartiment de réactifs.

  • Page 57: Charger La Cartouche De Réactifs

    Ne laissez pas la porte du réfrigérant pour réactifs ouverte pendant une période prolongée. Ouvrez la porte du réfrigérant pour réactifs. Tenez la cartouche de réactifs par l’extrémité comportant l’étiquette Illumina et faites-la glisser dans le réfrigérant pour réactifs jusqu’à ce qu’elle s’arrête.

  • Page 58: Démarrage De L'analyse

    Démarrage de l’analyse Après le chargement de la Flow Cell et des réactifs, contrôlez les paramètres d’analyse et effectuez une vérification avant de commencer l’analyse. Vérification des paramètres de l’analyse Vérifiez le nom de la liste de travail, le flux de travail dʼanalyse et les longueurs de séquences.

  • Page 59: Surveillance De L'analyse

    Surveillance de l’analyse Pendant l’analyse, surveillez la progression de l’analyse, les intensités et les scores de qualité à l’écran Sequencing (Séquençage). Lʼécran Sequencing (Séquençage) est en affichage seul. Pour plus de renseignements, consultez la section Écran Sequencing (Séquençage), page 31. Figure 42 Écran Sequencing (Séquençage) À...
  • Page 60 [Cette page a été volontairement laissée vide.] Document nº 1000000015780 v04 FRA English Source: 15070067 v05...

  • Page 61: Chapitre 4 Procédures De Maintenance

      Chapitre 4 Procédures de maintenance Procédures de maintenance Introduction Réalisation d’un lavage après analyse Réalisation d’un lavage de maintenance Réalisation d’un lavage de mise en veille Arrêt de l’instrument Guide de référence MiSeqDx pour instruments avec configuration à amorçage double...

  • Page 62: Introduction

    Illumina recommande d’effectuer une maintenance préventive par année civile. Si vous n’êtes pas lié par un contrat de services, veuillez communiquer avec le responsable commercial de votre zone ou avec l’assistance technique d’Illumina pour organiser un service de maintenance préventive facturable.

  • Page 63: Réalisation D'un Lavage Après Analyse

    Réalisation d’un lavage après analyse Le lavage après analyse est le lavage standard de l’instrument réalisé entre les analyses de séquençage. Procédez toujours au lavage de lʼinstrument après une analyse de séquençage. Suivez les indications du logiciel pour charger les composants de lavage et réaliser le lavage.
  • Page 64 Pour obtenir des renseignements supplémentaires sur l’environnement, la santé et la sécurité, consultez la fiche signalétique sur support.illumina.com/sds.html. Abaissez doucement la poignée des dispositifs d’aspiration en veillant à ce que les dispositifs d’aspiration descendent dans le flacon de lavage et le flacon à...

  • Page 65: Réalisation D'un Lavage De Maintenance

    Réalisation d’un lavage de maintenance Effectuez un lavage de maintenance tous les 30 jours pour garantir des performances optimales. Le lavage de maintenance comprend trois étapes de lavage qui rincent soigneusement le système avec une solution de lavage composée d’eau de laboratoire et de Tween 20.

  • Page 66: Procédez Au Second Lavage

    Chargez le plateau de lavage et le flacon de lavage dans l’instrument : Ouvrez la porte du compartiment des réactifs et la porte du réfrigérant pour réactifs, et faites glisser la cartouche de réactifs usagée ou le plateau de lavage hors du compartiment réfrigéré.

  • Page 67: Procédez Au Lavage Final

    Procédez au lavage final Préparez une nouvelle solution de lavage avec du Tween 20 et de l’eau de laboratoire comme suit : Ajoutez 5 ml de Tween 20 à 100 % dans 45 ml d’eau de laboratoire. Ces volumes permettent d’obtenir du Tween 20 à 10 %. Ajoutez 25 ml de Tween 20 à 10 % dans 475 ml d’eau de laboratoire. Ces volumes permettent d’obtenir une solution de lavage de Tween 20 à...

  • Page 68: Réalisation D'un Lavage De Mise En Veille

    être effectué avant le lancement d’une analyse de séquençage. REMARQUE Illumina recommande d’effectuer un nouveau lavage de mise en veille tous les 30 jours lorsque l’instrument reste inactif. Consommables fournis par l’utilisateur Tween 20 (Sigma-Aldrich, nº de référence P7949)
  • Page 69 Chargez le plateau de lavage et le flacon de lavage dans l’instrument : Ouvrez la porte du compartiment des réactifs et la porte du réfrigérant pour réactifs, et faites glisser la cartouche de réactifs usagée ou le plateau de lavage hors du compartiment réfrigéré.
  • Page 70 Après le lavage Une fois le lavage terminé, laissez la Flow Cell usagée, le plateau de lavage et le flacon de lavage qui contient le reste de la solution de lavage sur l’instrument. REMARQUE Les dispositifs d’aspiration restent en position basse, ce qui est normal. Laissez la solution de lavage inutilisée sur le plateau de lavage et dans le flacon de lavage, afin d’empêcher les dispositifs d’aspiration de se dessécher et l’air de pénétrer dans le système.

  • Page 71: Arrêt De L'instrument

    Arrêt de l’instrument Il est recommandé de laisser l’instrument allumé en permanence. Toutefois, si vous devez éteindre l’instrument, conformez-vous à la procédure suivante pour arrêter Windows et préparer les lignes fluidiques. Faites un lavage de maintenance. Pour plus de renseignements, consultez la section Procédure, page 59.
  • Page 72 [Cette page a été volontairement laissée vide.] Document nº 1000000015780 v04 FRA English Source: 15070067 v05...

  • Page 73: Chapitre 5 Dépannage

      Chapitre 5 Dépannage Dépannage Introduction Résolution des erreurs de configuration de lʼanalyse Résolution des échecs de lecture RFID Prévention des redémarrages lors d’une analyse Dépannage en cas d’erreur de débit Réalisation d’un test de volume Résolution des erreurs d’analyse de MiSeq Reporter Guide de référence MiSeqDx pour instruments avec configuration à...

  • Page 74: Introduction

    à suivre pour les corriger. En cas de questions techniques, consultez les pages d’assistance du système MiSeqDx sur le site Web d’Illumina pour accéder à la foire aux questions ou connectez-vous à votre compte MyIllumina pour accéder aux bulletins d’assistance.

  • Page 75: Résolution Des Erreurs De Configuration De Lʼanalyse

    Résolution des erreurs de configuration de lʼanalyse Si l’un des contrôles de la vérification avant analyse échoue, une icône rouge apparaît à côté de l’élément. Un message s’affiche à l’écran pour décrire l’erreur et la manière de la corriger. Erreur Action L’écran de vérification du débit s’ouvre.

  • Page 76: Résolution Des Échecs De Lecture Rfid

    Flow Cell. Si la lecture RFID échoue une seconde fois, sélectionnez Get Code (Obtenir un code). Communiquez avec l’assistance technique d’Illumina pour obtenir un code de contournement RFID temporaire. Le code de contournement temporaire expire au bout de sept jours.
  • Page 77 Si la lecture RFID échoue une seconde fois, sélectionnez Get Code (Obtenir un code). Communiquez avec l’assistance technique d’Illumina pour obtenir un code de contournement RFID temporaire. Le code de contournement temporaire expire au bout de sept jours.

  • Page 78: Prévention Des Redémarrages Lors D'une Analyse

    Prévention des redémarrages lors d’une analyse Si l’instrument MiSeqDx redémarre au milieu d’une analyse, cela peut signifier que le logiciel Windows Update du réseau est configuré pour installer automatiquement les mises à jour logicielles. (Ce paramètre aurait dû être désactivé lors de l’installation.) Communiquez avec votre service informatique local pour obtenir de l’aide pour désactiver les mises à...

  • Page 79: Dépannage En Cas D'erreur De Débit

    Si l’erreur persiste, configurez le volume à pomper sur 500 µl de solution SBS (PR2) MiSeqDx, puis répétez la procédure. Si le deuxième essai ne permet pas de résoudre le problème, communiquer avec l’assistance technique d’Illumina. Guide de référence MiSeqDx pour instruments avec configuration à amorçage double...

  • Page 80: Réalisation D'un Test De Volume

    Réalisation d’un test de volume Une obstruction des lignes fluidiques peut expliquer une mauvaise distribution des réactifs ou de mauvais résultats de séquençage. Si vous pensez que les lignes fluidiques peuvent être obstruées, réalisez un test de volume. Ce test permet de vérifier l’état du système fluidique en estimant le volume entre deux bulles lorsqu’elles passent au niveau des capteurs.
  • Page 81 En suivant les invites à lʼécran, retirez toutes les gouttelettes du dispositif dʼaspiration du flacon de lavage comme suit : Lorsque vous y êtes invité, levez doucement la poignée des dispositifs d’aspiration et vérifiez la présence d’une grosse gouttelette d’eau sur le dispositif d’aspiration du flacon de lavage.
  • Page 82 Sélectionnez Next (Suivant). Le test de volume commence. À la fin du test, les résultats apparaissent à lʼécran. Figure 48 Résultats du test de volume Si le test nʼest pas concluant, réalisez un lavage de maintenance. Consultez la section Procédure, page 59. À...

  • Page 83: Résolution Des Erreurs D'analyse De Miseq Reporter

    Résolution des erreurs d’analyse de MiSeq Reporter Pour obtenir des renseignements de dépannage associés à des erreurs d’analyse, consultez le Guide de référence du logiciel MiSeq Reporter (document nº 15038356). Il comprend des instructions pour remettre une analyse en file d’attente si la mauvaise feuille d’échantillons est utilisée.
  • Page 84 [Cette page a été volontairement laissée vide.] Document nº 1000000015780 v04 FRA English Source: 15070067 v05...

  • Page 85: Index

    24 durée de l’analyse 33 connexion réseau 69 formules, gestion 19 consommables fournis par Illumina 7 fournis par l’utilisateur 7 génération d’amplifiats 53 copie de fichiers et de dossiers 19 génération du modèle 32 cycles d’une lecture 33 cycles de séquençage 53...
  • Page 86 56-57 maintenance 18, 56 mise en veille 18, 56, 62 scores de qualité 31, 53 paramètres de lavage après service de surveillance Illumina analyse 21 Proactive 21 préparer la mise en veille 62 solution SBS, chargement 50 préparez l’arrêt 65...

  • Page 87: Assistance Technique

    0800.911850 Autres pays +44.1799.534000 Fiches signalétiques Les fiches signalétiques sont disponibles sur le site Web d’Illumina à l’adresse support.illumina.com/sds.html. Documentation produit De la documentation sur les produits est disponible en téléchargement sur le site Web d’Illumina. Accédez au site support.illumina.com, sélectionnez un produit, puis cliquez sur Documentation &...
  • Page 88 Illumina Australia Pty Ltd Nursing Association Building Level 3, 535 Elizabeth Street Melbourne, VIC 3000 Australie Illumina 5200 Illumina Way San Diego, Californie 92122 États-Unis +(1) 800 809-ILMN (4566) Illumina Netherlands B. V. +(1) 858 202-4566 (en dehors de l’Amérique du Nord) Freddy van Riemsdijkweg 15 techsupport@illumina.com...

Table des Matières