Table des Matières
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Balayage
L'intégrité d'un échantillon d'acide nucléique peut être établie par inspection de son
spectre sur la plage de 200 – 350 nm. Ce mode est particulièrement utile pour les
échantillons d'ARN et d'oligonucléotides. La procédure est la suivante:
•
La longueur d'onde de début est fixée à 200nm. Si vous utilisez une cuve en
plastique jetable transmettant les UV telle que UViMicro, des effets optiques
étranges entre 200 et 220 nm peuvent être observés. Ceux-ci peuvent être
ignorés.
•
Entrez la longueur d'onde de fin et appuyez sur enter (la plage est 350 – 600 nm)
•
Entrez λ1; ceci est utilisé pour la quantification et les calculs du rapport
d'absorbance
•
Entrez λ2; ceci est utilisé pour les calculs du rapport d'absorbance
•
Choisissez si la correction de bruit de fond est exigée en utilisant 4
•
Si oui, entrez λB
•
Entrez le facteur de dilution d'échantillon
•
Entrez le facteur à appliquer à λ1
•
Sauvegardez la méthode si nécessaire en utilisant 4
•
Insérez la référence et les échantillons, et appuyez sur run
λ1peut être changé après l'exécution en utilisant 4. Ceci est très utile pour
l'optimisation; à noter que les résultats de concentration et de rapport sont mis à jour
automatiquement.
Calcul de Tm
Tm, la température d'hybridation théorique, peut être calculée pour une amorce ou un
oligonucléotide si la séquence de bases et sa concentration dans la solution sont
connues; ceci est très utile pour les études PCR et de séquençage. Le paramètre est
calculé sur la base des calculs thermodynamiques pour chaque base dans la chaîne
d'oligonucléotides par rapport à ses voisines (Breslauer et al, Proc. Natl. Acad. Sci.
USA, 83, 3746). La procédure est la suivante:
•
Sélectionnez le mode, ADN ou ARN, en utilisant 4 (T est remplacée par U dans
le mode ARN)
•
Entrez la concentration molaire du tampon/des sels
•
Entrez la concentration de l'amorce / oligo en µg/ml (ou ng/µl)
•
Entrez la séquence de bases en utilisant le clavier (touches 1, 4, 7, . pour C, G,
T/U, A, respectivement)
•
A noter que la longueur (en mer) et le poids moléculaire de l'oligo sont
indiqués alors que la séquence est entrée; une fois que 10 mer sont atteints,
la concentration en pmol/µl, le facteur de conversion (µg/ml) et Tm
théorique (°C) sont affichés
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Français
Numéro 04 - 09/2002
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