Sommaire des Matières pour altona DIAGNOSTICS FlexStar
- Page 1 Mode d’emploi FlexStar ® Norovirus Type & Rotavirus RT-PCR Detection Mix 1.5 05/2022 FR Gastrointestinal...
- Page 3 RT-PCR Detection Mix 1.5 Pour utilisation avec CFX96™ Deep Well Dx System (Bio-Rad) CFX96™ Dx System (Bio-Rad) QuantStudio™ 5 Real-Time PCR System (Applied Biosystems) Rotor-Gene Q5/6 plex Platform (QIAGEN) ® FS0071543 05 2022 altona Diagnostics GmbH • Mörkenstr. 12 • D-22767 Hamburg...
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Page 4: Table Des Matières
FlexStar Norovirus Type & Rotavirus RT-PCR Detection Mix 1.5 ® Sommaire À propos du présent mode d’emploi ............6 Usage prévu ....................6 Contenu du produit ..................7 Stockage ..................... 8 Informations contextuelles ............... 9 Description du produit ................11 Composants .................. - Page 5 FlexStar Norovirus Type & Rotavirus RT-PCR Detection Mix 1.5 ® 11.1.2 Test run de diagnostic non valide ............24 11.2 Interprétation des résultats ..............24 11.2.1 Analyse qualitative................25 Évaluation de la performance ..............26 12.1 Selles ....................26 12.1.1 Sensibilité analytique ................26 12.1.2...
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Page 6: À Propos Du Présent Mode D'emploi
II (GII) et rotavirus dans des échantillons de selles humaines. Il est conçu pour une utilisation destinée au diagnostic des infections par le norovirus et le rotavirus. Les résultats obtenus avec le FlexStar Norovirus Type & Rotavirus RT-PCR ®... -
Page 7: Contenu Du Produit
FlexStar Norovirus Type & Rotavirus RT-PCR Detection Mix 1.5 ® 3. Contenu du produit Le FlexStar Norovirus Type & Rotavirus RT-PCR Detection Mix 1.5 comprend les ® composants suivants : Tableau 1: Composants du kit Couleur du Volume nominal Composant Nombre de tubes capuchon [μl/tube]... -
Page 8: Stockage
FlexStar Norovirus Type & Rotavirus RT-PCR Detection Mix 1.5 ® 4. Stockage • Le FlexStar Norovirus Type & Rotavirus RT-PCR Detection Mix 1.5 est ® livré sur de la neige carbonique. Les composants du produit doivent arriver congelés. Si un ou plusieurs composants ne sont pas congelés à leur réception ou si des tubes ont été abîmés pendant le transport, contactez l’assistance technique d’altona Diagnostics pour obtenir de l’aide (voir le chapitre 15. -
Page 9: Informations Contextuelles
FlexStar Norovirus Type & Rotavirus RT-PCR Detection Mix 1.5 ® 5. Informations contextuelles Norovirus Le genre Norovirus (Norovirus), anciennement connu sous le nom de Norwalk-like virus, appartient à la famille des Caliciviridae. Les norovirus sont des virus à ARN simple brin, découverts en 1972 par microscopie électronique. Ils sont caractérisés par leur haut degré de variabilité génomique. Les norovirus ont été classés en dix... - Page 10 FlexStar Norovirus Type & Rotavirus RT-PCR Detection Mix 1.5 ® Les rotavirus sont l’agent causal d’un grand nombre (plus de 500 000 selon l’OMS) de cas de diarrhée mortelle chez les enfants de moins de 5 ans dans le monde, en particulier dans les pays en développement.
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Page 11: Description Du Produit
6. Description du produit Le FlexStar Norovirus Type & Rotavirus RT-PCR Detection Mix 1.5 est un test ® de diagnostic in vitro. Utilisé en combinaison avec le FlexStar (RT-)PCR ® Amplification Mix 1.5, il permet la détection qualitative et la différenciation de l’ARN spécifique aux norovirus génogroupe I (GI), norovirus génogroupe II (GII) et... -
Page 12: Composants
Positive Control (contrôle positif) (ARN spécifique aux norovirus GI, norovirus GII et rotavirus) No Template Control (contrôle négatif) À l’exception de l’ADN polymérase et de la transcriptase inverse, qui sont incluses dans le FlexStar (RT-)PCR Amplification Mix 1.5, le composant Detection Mix ® contient tous les réactifs (tampon PCR, sel de magnésium, amorces et sondes) permettant la détection et la différenciation des norovirus GI et norovirus GII et la... -
Page 13: Instruments Pcr En Temps Réel
REMARQUE Vérifiez que tous les instruments utilisés ont été installés, étalonnés, contrôlés et entretenus conformément aux instructions et aux recommandations du fabricant. 6.3 Types d’échantillon L’utilisation du FlexStar Norovirus Type & Rotavirus RT-PCR Detection Mix 1.5 a ® été validée avec le type d’échantillon suivant : •... -
Page 14: Matériel Nécessaire Mais Non Fourni
Plaques de réaction à 96 puits appropriée ou tubes de réaction avec un matériel de fermeture correspondant (optique) • Pipettes (réglables) • Cônes de pipette avec filtres (jetables) • Gants non poudrés (jetables) Réactifs requis mais non inclus dans le FlexStar Norovirus Type & Rotavirus ® RT-PCR Detection Mix 1.5 : • FlexStar (RT-)PCR Amplification Mix 1.5 (N° de commande FS0011515) ®... -
Page 15: Mises En Garde, Précautions Et Limites
FlexStar Norovirus Type & Rotavirus RT-PCR Detection Mix 1.5 ® 8. Mises en garde, précautions et limites • Avant la première utilisation, vérifiez que le produit et ses composants sont complets quant au nombre, au type et au remplissage. N’utilisez pas un produit défectueux ou incomplet, car ses performances pourraient être compromises. • De mauvaises conditions de stockage pourraient compromettre les performances du produit. - Page 16 FlexStar Norovirus Type & Rotavirus RT-PCR Detection Mix 1.5 ® • L’élimination des déchets dangereux et biologiques doit être conforme aux réglementations locales et nationales afin d’éviter toute contamination de l’environnement. • Un stockage inapproprié des éluats peut entraîner une dégradation des séquences cibles du norovirus GI, du norovirus GII et/ou du rotavirus et...
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Page 17: Procédure
FlexStar Norovirus Type & Rotavirus RT-PCR Detection Mix 1.5 ® 9. Procédure ATTENTION Une manipulation incorrecte des composants du produit et des échantillons peut entraîner une contamination et compromettre les performances du produit : - N’intervertissez pas les capuchons des bouteilles et des flacons. - Conservez le matériel positif et/ou potentiellement positif à l’écart des composants du kit. -
Page 18: Préparation De L'échantillon
Si vous travaillez avec des échantillons congelés, vérifiez que les échantillons sont complètement décongelés et correctement mélangés avant d’être utilisés. 9.2 Préparation de l’échantillon L’ARN extrait est le matériau de départ pour le FlexStar Norovirus Type & Rotavirus ® RT-PCR Detection Mix 1.5. La qualité de l’ARN extrait a un impact considérable sur les performances du produit. -
Page 19: Configuration Du Master Mix
(par pipetage ou agitation douce) et centrifugés brièvement avant utilisation. Le FlexStar Norovirus Type & Rotavirus RT-PCR Detection Mix 1.5 est configuré ® pour une utilisation avec le FlexStar (RT-)PCR Amplification Mix 1.5 et l’AltoStar ® ® Internal Control 1.5 (contrôle interne), qui permet le contrôle de la procédure de préparation de l’échantillon (extraction de l’acide nucléique) et de l’analyse RT-PCR... - Page 20 FlexStar Norovirus Type & Rotavirus RT-PCR Detection Mix 1.5 ® ► L’IC est ajouté automatiquement au début de la procédure de purification des acides nucléiques sur l’AltoStar AM16. ® ► Lorsque d’autres méthodes d’extraction de l’acide nucléique sont utilisées, l’IC doit être ajouté pendant l’étape de lyse, soit manuellement ou automatiquement par l’instrument respectif. ► Indépendamment de la méthode/du système utilisé pour l’extraction de l’acide nucléique, ne jamais ajouter l’IC directement à l’échantillon. L’IC doit toujours être ajouté au mélange échantillon/lysis buffer (tampon de lyse). Le volume d’IC à ajouter dépend toujours et uniquement du volume d’élution. Il représente 50 % du volume d’élution. Par exemple, si l’acide nucléique doit être élué dans 60 µl d’elution buffer (tampon d’élution) ou d’eau, 30 µl d’IC par échantillon doivent être ajoutés au mélange échantillon/lysis buffer (tampon de lyse). ► Préparez le master mix selon le schéma de pipetage suivant : Tableau 2: Schéma de pipetage (configuration du master mix)
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Page 21: Configuration Des Réactions
FlexStar Norovirus Type & Rotavirus RT-PCR Detection Mix 1.5 ® 9.4 Configuration des réactions ► Pipetez 20 µl du master mix dans chaque puits requis d’une plaque de réaction optique à 96 puits appropriée ou d’un tube de réaction optique approprié. ► Ajoutez 10 µl de l’échantillon (éluat d’extraction de l’acide nucléique) ou 10 µl des contrôles (PC ou NTC). Tableau 3: Schéma de pipetage (configuration des réactions) Configuration des réactions Master mix 20 µl Échantillon ou contrôle 10 µl Volume total 30 µl... -
Page 22: Programmation De L'instrument Pcr En Temps Réel
Pour obtenir des informations de base concernant la configuration et la programmation des différents instruments PCR en temps réel, veuillez consulter le mode d’emploi de l’instrument concerné. Pour obtenir des instructions de programmation détaillées concernant l’utilisation du FlexStar Norovirus Type & Rotavirus RT-PCR Detection Mix 1.5 sur des ® instruments PCR en temps réel spécifiques, veuillez contacter notre assistance technique (voir le chapitre 15. Assistance technique). -
Page 23: Profil De Température Et Acquisition De Coloration
PCR en temps réel, veuillez consulter le mode d’emploi de l’instrument concerné. Pour obtenir des instructions détaillées concernant l’analyse des données générées avec le FlexStar Norovirus Type & Rotavirus RT-PCR Detection Mix 1.5 sur ® différents instruments PCR en temps réel, veuillez contacter notre assistance... -
Page 24: Validité Des Test Runs De Diagnostic
FlexStar Norovirus Type & Rotavirus RT-PCR Detection Mix 1.5 ® 11.1 Validité des test runs de diagnostic 11.1.1 Test run de diagnostic valide Un test run de diagnostic est valide si les conditions de contrôle suivantes sont satisfaites : Tableau 7: Conditions de contrôle pour un test run valide Canal de détection... -
Page 25: Analyse Qualitative
FlexStar Norovirus Type & Rotavirus RT-PCR Detection Mix 1.5 ® 11.2.1 Analyse qualitative Tableau 8: Interprétation des résultats Canal de détection ROX™ FAM™ Interprétation des résultats JOE™ (noro- (noro- (rota- (IC) virus GI) virus GII) virus) ARN spécifique aux norovirus GI et +/-* norovirus GII détecté. -
Page 26: Évaluation De La Performance
Norovirus Type & Rotavirus RT-PCR Detection Mix 1.5 ® 12. Évaluation de la performance Les performances du FlexStar Norovirus Type & Rotavirus RT-PCR Detection ® Mix 1.5 ont été évaluées à l’aide de matériel viral de norovirus GI, norovirus GII et rotavirus disponible dans le commerce. - Page 27 N [total] N [positif] [copies/ml] 1,00E+05 3,16E+04 1,00E+04 3,16E+03 1,00E+03 3,16E+02 1,00E+02 3,16E+01 1,00E+01 La LoD du FlexStar Norovirus Type & Rotavirus RT-PCR Detection Mix 1.5 ® pour la détection du norovirus GI dans une suspension de selles artificielles est 5 939 copies/ml (intervalle de confiance à 95 % : 3 673-12 942 copies/ml).
- Page 28 3,16E+03 1,00E+03 3,16E+02 1,00E+02 3,16E+01 1,00E+01 * Un échantillon n’a pas été traité. La LoD du FlexStar Norovirus Type & Rotavirus RT-PCR Detection Mix 1.5 ® pour la détection du norovirus GII dans une suspension de selles artificielles est 5 228 copies/ml (intervalle de confiance à 95 % : 2 790-13 337 copies/ml).
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Page 29: Spécificité Analytique
(amorces et sondes). Les oligonucléotides ont été vérifiés par analyse comparative de séquences par rapport à des séquences librement accessibles au public pour s’assurer que tous les génotypes de norovirus et rotavirus pertinents seraient détectés. Pour la vérification de la spécificité analytique du FlexStar Norovirus Type & ® Rotavirus RT-PCR Detection Mix 1.5, les expériences suivantes ont été réalisées (voir les chapitres 12.1.2.1 Échantillons négatifs à 12.1.2.3 Réactivité croisée). -
Page 30: Échantillons Négatifs
® 12.1.2.1 Échantillons négatifs 32 échantillons de selles négatifs aux norovirus GI, norovirus GII et rotavirus provenant de donneurs individuels ont été testés avec le FlexStar Norovirus ® Type & Rotavirus RT-PCR Detection Mix 1.5. Tous les échantillons (32 sur 32) ont été testés négatifs pour l’ARN spécifique aux norovirus GI, norovirus GII et... -
Page 31: Réactivité Croisée
La présence d’inhibiteurs de PCR peut donner des résultats faussement négatifs ou non valides. 12.1.2.3 Réactivité croisée La spécificité analytique du FlexStar Norovirus Type & Rotavirus RT-PCR ® Detection Mix 1.5 en ce qui concerne la réactivité croisée avec des pathogènes autres que les norovirus GI, norovirus GII et rotavirus a été évaluée en testant :... -
Page 32: Précision
Vibrio cholerae • Escherichia coli entérohémorragiques (EHEC) En outre, le norovirus GI, le norovirus GII et le rotavirus ont été testés. Le FlexStar ® Norovirus Type & Rotavirus RT-PCR Detection Mix 1.5 n’a pas généré de signaux faussement positifs que ce soit dans le canal de détection spécifique au norovirus GI (Cy5) lors des tests du norovirus GII et du rotavirus, dans le canal de détection spécifique au norovirus GII (ROX™) lors des tests du norovirus GI et du rotavirus... - Page 33 • 1 échantillon de suspension de selles artificielles négatif aux norovirus GI, norovirus GII et rotavirus Chaque élément de l’ensemble a été testé sur 6 répliques par run. 5 runs ont été effectués sur 5 jours utilisant des combinaisons de : • 3 lots de FlexStar Norovirus Type & Rotavirus RT-PCR Detection Mix 1.5 ® • 3 lots de FlexStar (RT-)PCR Amplification Mix 1.5 ®...
- Page 34 FlexStar Norovirus Type & Rotavirus RT-PCR Detection Mix 1.5 ® Tableau 12: Données de précision (% du CV sur la base des valeurs C ) pour les échantillons de suspension de selles artificielles fortement positifs au norovirus GI Échantillon fortement positif au norovirus GI (% du CV sur la base des valeurs C Variabilité intra-run 0,26-0,78 Variabilité inter-lot 0,97 Variabilité totale 0,81 Tous les échantillons testés à...
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Page 35: Taux Global De Défaillance
1,48 Variabilité totale 2,10 12.1.4 Taux global de défaillance La fiabilité du FlexStar Norovirus Type & Rotavirus RT-PCR Detection Mix 1.5 ® a été évaluée en testant 33 échantillons de selles humaines négatifs au norovirus GI et norovirus GII et 32 échantillons négatifs au rotavirus provenant de donneurs individuels et enrichis en norovirus GI, norovirus GII et rotavirus à... -
Page 36: Performances Cliniques
STARMag 96 X 4 (Seegene) et le NIMBUS (Seegene). Le FlexStar Norovirus Type & Rotavirus RT-PCR Detection Mix 1.5 a été utilisé ® en combinaison avec le FlexStar (RT-)PCR Amplification Mix 1.5, le kit AltoStar ® ® Purification Kit 1.5 et l’AltoStar Internal Control 1.5 (contrôle interne) sur... - Page 37 FlexStar Norovirus Type & Rotavirus RT-PCR Detection Mix 1.5 ® La sensibilité et la spécificité du diagnostic obtenues à l’aide du FlexStar ® Norovirus Type & Rotavirus RT-PCR Detection Mix 1.5 par rapport au test Allplex™ GI-Virus Assay (Seegene) pour le norovirus GI et le norovirus GII étaient de 100 % (intervalle de confiance : 90,26 % à 100 % et 93,62 % à 100 %, respectivement).
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Page 38: Élimination
14. Contrôle qualité Conformément au système de gestion de la qualité d’altona Diagnostics GmbH certifié EN ISO 13485, chaque lot du FlexStar Norovirus Type & Rotavirus ® RT-PCR Detection Mix 1.5 est testé sur la base de spécifications prédéterminées... -
Page 39: Assistance Technique
: +49-(0)40-5480676-0 REMARQUE Tout incident grave survenu en rapport avec ce produit doit être signalé à altona Diagnostics et aux autorités compétentes de votre pays. 16. Bibliographie Chhabra P, de Graaf M, Parra GI, Chan MC, Green K, Martella V, Wang Q, White PA, Katayama K, Vennema H, Koopmans MPG, Vinjé J. Updated classification of norovirus genogroups and genotypes. Journal of General Virology. Octobre 2019 ; volume 100(10):1393–1406. doi: 10.1099/jgv.0.001318. PMID : 31483239. -
Page 40: Marques De Commerce Et Clauses De Non-Responsabilité
FlexStar Norovirus Type & Rotavirus RT-PCR Detection Mix 1.5 ® 17. Marques de commerce et clauses de non-responsabilité AltoStar , FlexStar (altona Diagnostics) ; QuantStudio™ (Applied Biosystems) ; ® ® CFX96™ (Bio-Rad) ; JOE™ (Life Technologies) ; Rotor-Gene (QIAGEN) ; Allplex™ ® (Seegene) ; FAM™, ROX™ (Thermo Fisher Scientific). Les noms déposés, marques de commerce, etc. utilisés dans ce document, même s’ils ne sont pas expressément désignés comme tels, ne doivent pas être considérés comme non protégés juridiquement. -
Page 41: Explication Des Symboles
FlexStar Norovirus Type & Rotavirus RT-PCR Detection Mix 1.5 ® 18. Explication des symboles Symbol Explication Dispositif médical de diagnostic in vitro Numéro d’article pour le commerce international Code du lot Contenu Couleur du capuchon Numéro de catalogue Numéro Composant Consultez le mode d’emploi... - Page 42 FlexStar Norovirus Type & Rotavirus RT-PCR Detection Mix 1.5 ® Symbol Explication Version Remarque Contient du matériel biologique d’origine animale...
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Page 43: Historique De Révision
FlexStar Norovirus Type & Rotavirus RT-PCR Detection Mix 1.5 ® 19. Historique de révision Tableau 18: Historique de révision Date de Identifiant publication Modifications [mois/année] MAN-FS0071540- 05/2022 Première publication FR-S01... - Page 44 FlexStar Norovirus Type & Rotavirus RT-PCR Detection Mix 1.5 ® page laissée vierge intentionnellement...
- Page 45 FlexStar Norovirus Type & Rotavirus RT-PCR Detection Mix 1.5 ® page laissée vierge intentionnellement...
- Page 46 FlexStar Norovirus Type & Rotavirus RT-PCR Detection Mix 1.5 ® page laissée vierge intentionnellement...
- Page 48 Diagnostics GmbH Mörkenstr. 12 22767 Hamburg, Germany phone +49 40 548 0676 0 +49 40 548 0676 10 e-mail info@altona - diagnostics.com www.altona - diagnostics.com...