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Si l'utilisation d'enzyme n'est pas possible, les procédures suivantes peuvent être
essayées : congélation de l'échantillon à -70ºC pendant la nuit, puis décongélation dans
un mélange eau glace immédiatement avant la sonication.
Chaque fois que cela est possible, les tissus doivent être coupés en tout petits morceaux
pour permettre leur mouvement dans le liquide. Les tissus résistants comme la peau et les
muscles doivent d'abord être liquéfiés dans un mixer ou un équivalent pendant environ
10 secondes, et transvasés dans un petit récipient pendant le traitement ultrasonique. La
congélation suivie d'une réduction en poudre peut également être tilisée se cette
procédure ne perturbe pas l'expérience. Si des particules subcellulaires inactes sont
désirées, la commande d'amplitude doit être réglée assez bas et le temps de traitement
augumenté.
Insérer la sonde suffisamment profondément en-dessous de la surface de l'échantillon
pour éviter la formation d'aérosol ou de mousse. La mousse diminue considérablement la
cavitation et peut entraîner une dénaturation des protéines. Un traitement à une puissance
plus faible sans mousse est beaucoup plus efficace qu'un traitement à une puissance plus
élevée avec sans mousse. La diminution de la puissance, láugmentation de la température
du liquide empêchent généralement l'apparition d'aérosol et de mousse. Ne pas utiliser
d'agent anti-moussant ou de surfactant.
Des radicaux libres se forment pendant la cavitation. Si on laisse ces radicaux libres
s'accumuler, ceux-ci peuvent affecter de façon importante l'intégrité biologique de
l'échantillion en réagissant avec les protéines, les polysaccharides ou les acides
nucléiques. La formation de radicaux libres au cours de traitements de courte durée n'est
normalement pas considérée comme un probléme. Pour des traitements prolongés, il peut
être bénéfique d'ajouter des fixateurs de radicaux libres comme le N
0, la cystéine, la
2
glutathione réduite, le dithiothréitol ou d'autres composés SH. La saturation de
l'echantillon par une atomsphere protectrice d'helium ou d'hydrogéne gazeux, ou l'ajout
d'un petit bout de glace carbonique dans l'échantillon diminue souvent la formation de
radicaux libres.
La plus grande concentration d'énergie étant à proximité immediate de la sonde, il est
impératif de garder l'échantillion aussi prés que possible de la pointe. Les liquides sont
facilement traités car les cellules libres circulent sans cesse sous la sonde. Les matériaux
solides, cependant, ont tendance à être repoussés par les ultrasons, et doivent être traités
dans des récipients suffisamment larges pour contenir la sonde, mais également
suffisamment petits pour restreindre le mouvement de l'échantillon. Pour les petits
échantillons, nous conseillons d'utiliser des tubes à essai de forme conique. Bien que les
tubes plastiques fonctionnent bien, les tubes en verre et en acier inoxydable sont un peu
plus efficaces que ceux en plastique car ils n'absorbent pas les vibrations.
Le contact de la sonde avec le récipient diminue la puissance délivrée, et entraîne la
migration de toutes petites particules de verre dans le liquide. Même si ces particules de
verre n'affectent pas la composition chimique de l'échantillon, elles formeront une fine
couche grise lors de la centrifugation. Si la sonde doit entrer en contact avec un
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