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Agilent G4900DA
Système de scanner de microréseaux SureScan
Logiciel du scanner de microréseau Scan Control 9.1
Manuel de l'utilisateur
Utilisation à des fins de recherche uniquement. Ne pas utiliser à des fins de diagnostic.
Révision B0, septembre2019

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Sommaire des Matières pour Agilent G4900DA

  • Page 1 Agilent G4900DA Système de scanner de microréseaux SureScan Logiciel du scanner de microréseau Scan Control 9.1 Manuel de l’utilisateur Utilisation à des fins de recherche uniquement. Ne pas utiliser à des fins de diagnostic. Révision B0, septembre2019...

  • Page 2: Avertissements

    à un usage avoir un risque d'endommagement de particulier. Agilent ne saurait en aucun cas être l'appareil ou de perte de données Numéro de référence du manuel tenue pour responsable des erreurs ou des importantes.
  • Page 3 Ce guide d’utilisation contient des instructions de mise en route, d’utilisation, de dépannage et de maintenance du Système de scanner de microréseaux SureScan. Le système SureScan se compose du scanner de microréseaux SureScan Agilent, d’un ordinateur et des programmes de contrôle et d’analyse.

  • Page 4: Table Des Matières

    Contenu Contenu Introduction Un puissant outil d’analyse de microréseau Description du système Caractéristiques matérielles et logicielles 10 Nomenclature des pièces 10 Configuration système requise 11 Description matérielle du Scanner 11 Préparation du site 12 Consignes de sécurité 12 Principes de Fonctionnement Positionnement de la lame 14 Excitation du laser 14 Numérisation 14...
  • Page 5 Application d’une sélection à plusieurs lames 30 Ajouter une lame à la file d’attente de numérisation 30 Ajouter toutes les lames à la file d’attente 30 Déplacer une lame dans la file d’attente 31 Supprimer une lame de la file d’attente de numérisation 31 Supprimer toutes les lames de la file d’attente de numérisation 31 Ouvrir la porte du scanner 31 Fermer la porte du scanner...
  • Page 6 Volet Settings 72 Onglets du journal 73 Références de la boîte de dialogue du programme Scan Control Agilent Installation Qualification Tool 74 Boîte de dialogue Export Scan Protocol 75 Boîte de dialogue Export Scan Region 76 Boîte de dialogue Input Barcode 76 Boîte de dialogue Scan Protocol Editor 77...
  • Page 7 Boîte de dialogue Self Test 83 Boîte de dialogue Settings – General Settings 84 Boîte de dialogue Settings – Design To Protocol Mapping 85 À propos de l’ajout de lames Exécution de l’outil Feature Extraction sur des images numérisées Spécifications du Scanner SureScan Spécifications des lames Dimensions de numérisation 91 Spécifications du verre 91...

  • Page 8: Introduction

    Système de scanner de microréseaux SureScan Manuel de l’utilisateur Introduction Un puissant outil d’analyse de microréseau Description du système Principes de Fonctionnement Programmes installés sur l’ordinateur Ce chapitre fournit une introduction générale au Système de scanner de microréseaux SureScan.

  • Page 9: Un Puissant Outil D'analyse De Microréseau

    Un puissant outil d’analyse de microréseau Le scanner SureScan fait partie de la solution système SureScan d’Agilent Technologies. Le scanner SureScan de fluorescence induite par laser perfectionné est conçu pour lire des microréseaux imprimés sur des lames standard de 1 pouce  3.

  • Page 10: Description Du Système

    à partir de protocoles d’application enregistrés ou les configurer manuellement dans le tableau des emplacements. Nomenclature des pièces Le G4900DA système de scanner de microréseaux SureScan comprend les composants suivants : • G2600D Scanner SureScan avec panier intégral de 24 lames • 24 porte-lames •...

  • Page 11: Configuration Système Requise

    Configuration système requise Le Système de scanner de microréseaux SureScan est livré avec un ordinateur dont les caractéristiques correspondent au minimum à la configuration suivante. Agilent Technologies prend uniquement en charge l’ordinateur fourni avec le système. Logiciel • Système d’exploitation Windows 7 64 bits Professionnel ou Windows 10 64 bits Pro Matériel...

  • Page 12: Préparation Du Site

    Assurez-vous que l’environnement respecte les « Spécifications du Scanner SureScan » page 89 du Chapitre 6. Si vous avez des questions, contactez votre centre de vente et de support Agilent local ou rendez-vous sur www.agilent.com. Consignes de sécurité Le scanner SureScan est conçu pour la sécurité et la facilité d’utilisation. Assurez-vous de bien comprendre et respecter tous les avertissements et mises en garde avant d’utiliser le scanner SureScan.
  • Page 13 Le scanner SureScan est sensible aux conditions d’humidité de condensation.Suivez les ATTENTION précautions indiquées dans la documentation du produit. Voir « Conseils pour éviter les problèmes » page 51 du Chapitre 5 et les spécifications d’humidité relative à la page 89 du Chapitre 6.

  • Page 14: Principes De Fonctionnement

    Principes de Fonctionnement Cette section décrit les fonctionnalités d’utilisation du scanner SureScan. Positionnement de la lame Le scanner SureScan peut accueillir jusqu’à 24 lames de 1 pouce  3 dans un panier fixe. Pendant la numérisation, les lames sont séquentiellement placées en position de numérisation, numérisées, puis replacées dans le panier.

  • Page 15: Programmes Installés Sur L'ordinateur

    Feature Extraction pour examiner les images et définir les options d’extraction des fonctionnalités. Programme Agilent Installation Qualification Tool - vérifie que le programme Scan Control a été correctement installé et n’a pas été corrompu après l’installation. Génère un rapport de qualification d’installation (IQR) pour vos archives.

  • Page 16: Mise En Route

    Système de scanner de microréseaux SureScan Manuel de l’utilisateur Mise en route Fonctionnement du scanner Étape 1. Allumez le scanner SureScan et démarrez le programme Scan Control Étape 2. Insérer des lames dans les porte-lames Étape 3. Chargez les porte-lames dans le panier Étape 4.

  • Page 17: Fonctionnement Du Scanner

    Lorsque le scanner est prêt (environ deux minutes), le voyant d’état s’éteint. 2 Allumez le poste de travail et attendez qu’il démarre. 3 Double-cliquez sur l’icône Agilent Microarray Scan Control pour lancer le programme Scan Control. Cliquez sur Start > All Programs > Agilent > Agilent Microarray Scan Control.
  • Page 18 « Références de la fenêtre du programme Scan Control » page 66. Figure 5 Fenêtre du programme Agilent Microarray Scan Control - prêt à l’ajout de lames L’état du scanner est indiqué dans le coin inférieur droit de la fenêtre Scan Control, dans la barre d’état.

  • Page 19: Étape 2. Insérer Des Lames Dans Les Porte-Lames

    Vous ne pouvez pas lancer la numérisation tant que les lasers ne sont pas REMARQUE préchauffés, qu’au moins une lame est dans la file d’attente et que l’état du scanner est Ready. Étape 2. Insérer des lames dans les porte-lames Les empreintes digitales provoquent des erreurs dans la détection de la REMARQUE fluorescence.
  • Page 20 Figure 10. Les lames tierces n’en possèdent habituellement qu’un. Pour les lames Agilent et les lames tierces, placez le côté actif des microréseaux de la lame face au couvercle du porte-lame. Si la surface active d’une lame se trouve sur la face opposée à celle du code-barres, le scanner ne peut pas lire le code-barres.

  • Page 21: Étape 3. Chargez Les Porte-Lames Dans Le Panier

    Exemple de lame à double code-barres CÔTÉ 1 Surface de verre inactive Surface Surface CÔTÉ 2 active du active du microréseau microréseau Figure 10 Orientation de la lame Étape 3. Chargez les porte-lames dans le panier Lorsque les lames sont correctement insérées dans les porte-lames, vous pouvez les charger dans le panier.
  • Page 22 1 Dans la fenêtre du programme Scan Control, cliquez sur Open Door pour ouvrir la porte du scanner. Pour ouvrir correctement la porte du scanner, utilisez le bouton Open Door du ATTENTION programme Scan Control. N’essayez pas d’ouvrir la porte manuellement. 2 Prenez le porte-lames par le support.

  • Page 23: Étape 4. Définir Ou Modifier Les Paramètres De Numérisation Du Protocole

    • Le dossier de sortie par défaut est sélectionné. • Pour les lames dont le protocole de numérisation est associé à leur design, le protocole de numérisation est affecté dans le tableau des emplacements, et l’état de l’emplacement indique Ready for queue. Pour les lames n’ayant aucun protocole de numérisation associé...

  • Page 24: Étape 6. Numériser Vos Lames

    2 Retirez les porte-lames du panier. 3 Retirez les lames des porte-lames, comme suit : a Tenez le porte-lames sur les côtés avec le logo Agilent dirigé vers le haut. b Poussez doucement et tirez sur la languette du couvercle en plastique transparent pour l’ouvrir.

  • Page 25: À Propos Des Protocoles De Numérisation

    AgilentHD_miRNA Microréseaux miRNA haute densité Agilent AgilentG3_miRNA Microréseaux G3 miRNA Agilent Pour les lames Agilent, vous sélectionnez le protocole prédéfini qui s’applique à votre type de microréseau Agilent. Pour les lames non Agilent, il est nécessaire de modifier les paramètres de numérisation individuels.

  • Page 26: Mode Déconnecté

    Mode déconnecté Si aucun appareil n’est disponible, le programme Scan Control s’exécute en « mode déconnecté ». Dans ce mode, vous pouvez créer, importer et exporter des protocoles et des régions de numérisation. Vous pouvez également ouvrir des fichiers journaux, afficher les dernières erreurs, définir les paramètres généraux, et associer des protocoles de numérisation à...

  • Page 27: Mise Hors Tension Du Scanner Surescan

    Mise hors tension du scanner SureScan 1 Dans la fenêtre du programme Scan Control, assurez-vous que le scanner SureScan n’est pas en cours de numérisation, d’éjection, ou de chargement d’une lame. 2 Cliquez sur Open Door pour ouvrir la porte du scanner. 3 Retirez les supports de lames du panier du scanner.

  • Page 28: Utilisation Du Programme Scan Control

    Système de scanner de microréseaux SureScan Manuel de l’utilisateur Utilisation du programme Scan Control Utilisation du tableau des emplacements Modifier l’identifiant d’une lame Définition ou modification du protocole de numérisation Modifier le dossier de sortie d’une numérisation Application d’une sélection à plusieurs lames Ajouter une lame à...

  • Page 29: Utilisation Du Tableau Des Emplacements

    Utilisation du tableau des emplacements Le tableau des emplacements affiche le panier et son contenu. Lorsque vous chargez des lames dans le panier puis fermez la porte, le logiciel Scan Control lit le code-barres de chaque lame et l’affiche sous forme d’identifiant de lame dans le tableau des emplacements. Les chiffres à gauche du tableau correspondent aux emplacements dans le panier du scanner.

  • Page 30: Modifier Le Dossier De Sortie D'une Numérisation

    Modifier le dossier de sortie d’une numérisation Le dossier de sortie stocke les fichiers d’images numérisées. Par défaut, le dossier de sortie est D:\ScanData. 1 Dans le tableau des emplacements, cliquez sur la cellule Output Folder d’une lame. 2 Cliquez sur l’icône pour parcourir les dossiers. La boîte de dialogue Browse For Folder s’ouvre.

  • Page 31: Déplacer Une Lame Dans La File D'attente

    2 Cliquez sur Yes. Toutes les lames du tableau des emplacements qui affichent l’état Ready for queue sont ajoutées à la file d’attente, dans l’ordre où elles apparaissent dans le tableau. Déplacer une lame dans la file d’attente 1 Dans le tableau des emplacements, cliquez sur la cellule State de la lame à déplacer. 2 Cliquez de nouveau pour afficher les options de la lame.

  • Page 32: Fermer La Porte Du Scanner

    Fermer la porte du scanner • Dans la fenêtre principale du programme Scan Control, cliquez sur Close Door. Vous devez fermer la porte avant de lancer une numérisation. Une fois la REMARQUE numérisation lancée, vous pouvez ouvrir la porte et ajouter ou supprimer des lames. Vous devez utiliser le programme Scan Control pour fermer la porte du scanner.

  • Page 33: Modification Des Paramètres De Numérisation Des Lames

    Modification des paramètres de numérisation des lames Lorsque vous sélectionnez une lame dans le tableau des emplacements de la fenêtre principale de Scan Control, les paramètres de numérisation de cette lame apparaissent dans le volet Settings sur la partie droite de la fenêtre. Voir «...

  • Page 34: Ajouter Une Description À La Lame

    4 Une fois les paramètres modifiés, ajoutez les lames à la file d’attente. Voir « Ajouter une lame à la file d’attente de numérisation » page 30 ou « Ajouter toutes les lames à la file d’attente » page 30. Ajouter une description à...

  • Page 35: Utilisation Des Outils Scan Control

    Système de scanner de microréseaux SureScan Manuel de l’utilisateur Utilisation des outils Scan Control Création et modification de protocoles de numérisation Créer et modifier des régions de numérisation Ajouter un code-barres Activation manuelle des lasers Outils de dépannage Définir des paramètres par défaut du scanner Association de protocoles de numérisation à...

  • Page 36: Création Et Modification De Protocoles De Numérisation

    Création et modification de protocoles de numérisation Le programme Scan Control est livré avec un ensemble de protocoles de numérisation par défaut conçus pour fonctionner avec les principaux designs de lames des microréseaux Agilent. Voir « À propos des protocoles de numérisation »...

  • Page 37: Exporter Un Protocole De Numérisation

    Exporter un protocole de numérisation Vous pouvez exporter un ou plusieurs protocoles de numérisation vers un fichier sur votre disque dur, sous forme d’une sauvegarde, ou les importer sur un autre Système de scanner de microréseaux SureScan. 1 Cliquez sur Tools > Scan Protocol Editor. La boîte de dialogue Scan Protocol Editor apparaît.

  • Page 38: Supprimer Un Protocole De Numérisation

    Supprimer un protocole de numérisation Vous ne pouvez supprimer aucun des protocoles de numérisation par défaut ni REMARQUE tout autre protocole de numérisation actuellement associé à une lame dans le tableau des emplacements. 1 Cliquez sur Tools > Scan Protocol Editor. La boîte de dialogue Scan Protocol Editor apparaît.

  • Page 39: Créer Et Modifier Des Régions De Numérisation

    Vous ne pouvez modifier que les régions de numérisation personnalisées. Il est impossible de modifier ou de supprimer les régions fournies par Agilent. Lors de la création et de l’utilisation de régions de numérisation, vérifiez que la région se trouve au moins à...

  • Page 40: Exporter Une Région De Numérisation

    3 Modifiez les dimensions de la région, si nécessaire. Pour plus d’informations sur les paramètres disponibles, référez-vous à la section « Boîte de dialogue Scan Region Editor » page 82. 4 Cliquez sur Save pour enregistrer les modifications apportées à la région de numérisation sélectionnée.

  • Page 41: Supprimer Une Région De Numérisation

    Supprimer une région de numérisation Vous ne pouvez supprimer aucune des régions de numérisation par défaut ni REMARQUE toute autre région de numérisation actuellement utilisée dans un protocole de numérisation. 1 Cliquez sur Tools > Scan Region Editor. La boîte de dialogue Scan Region Editor apparaît. 2 Dans la liste des régions de numérisation, sélectionnez une région de numérisation à...

  • Page 42: Ajouter Un Code-Barres

    Ajouter un code-barres Les codes-barres servent à identifier les lames à microréseaux, à la fois physiquement et au sein du programme Scan Control. Par ailleurs, le code-barres est enregistré dans les métadonnées de l’image TIFF et apparaît dans les rapports Feature Extraction. Par défaut, le scanner lit le code-barres d’une lame et l’affiche sous forme REMARQUE d’identifiant de lame dans le tableau des emplacements du programme Scan...

  • Page 43: Activation Manuelle Des Lasers

    Activation manuelle des lasers Les lasers sont automatiquement activés lorsque vous démarrez le programme Scan Control ou lorsque vous ajoutez des lames à la file d’attente. Ils se désactivent automatiquement en fonction des paramètres Laser Saver Delay. Voir « Définir un délai d’économie du laser » page 46.

  • Page 44: Outils De Dépannage

    Afficher les fichiers journaux 1 Dans la barre de menu du programme Scan Control, cliquez sur Tools > Log Files. Le dossier C:\ProgramData\Agilent\MicroArrayScanner\ Logs affiche une liste des fichiers journaux : ScanLog.csv – contient des informations relatives à l’activité de numérisation SysLog-<datestamp>-<timestamp>.csv –...

  • Page 45: Exécuter Un Autotest

    Self Test est activée lorsque le scanner affiche l’état Ready et que la porte est fermée. L’autotest ne s’applique pas à l’intégralité des sous-systèmes ou spécifications. Pour effectuer un test complet, contactez le service Agilent pour demander une maintenance préventive et une vérification du scanner.

  • Page 46: Définir Des Paramètres Par Défaut Du Scanner

    Définir des paramètres par défaut du scanner Définir un dossier des données de numérisation Cet emplacement représente le dossier de sortie par défaut où sont stockés les fichiers d’images générés par le scanner. Ce fichier s’affiche par défaut comme le dossier de sortie dans le tableau des emplacements.

  • Page 47: Définir L'emplacement Du Programme Feature Extraction

    La boîte de dialogue Settings apparaît. 2 Cliquez sur Browse et sélectionnez le dossier d’installation du programme Feature Extraction, choisissez FENoWindows.exe, puis cliquez sur OK. Le chemin par défaut est C:\Program Files (x86)\Agilent\MicroArray\FeatureExtraction\ FeNoWindows.exe. 3 Cliquez sur Save. Exécuter le programme Feature Extraction après la numérisation Vous pouvez choisir d’exécuter automatiquement le programme Feature Extraction à...

  • Page 48: Association De Protocoles De Numérisation À Des Designs

    3 Sous Design ID, entrez le numéro d’identification du design que vous souhaitez attribuer au protocole de numérisation. La valeur Design ID est déterminée par un code-barres de lame Agilent. Tous les codes-barres commencent par la valeur 25. Les cinq chiffres suivants représentent l’identifiant du design. Par exemple, l’identifiant du design du code-barres 251727810298 est 17278.

  • Page 49: Maintenance Et Dépannage Du Système

    Système de scanner de microréseaux SureScan Manuel de l’utilisateur Maintenance et dépannage du système Maintenance de votre système Maintenance logicielle planifiée Maintenance programmée du matériel Conseils pour éviter les problèmes Dépannage du système Support technique Foire aux questions (FAQ) Dépannage matériel Dépannage logiciel Messages d’erreur System Mise à...

  • Page 50: Maintenance De Votre Système

    Utilisez des soins et un entretien appropriés pour assurer le fonctionnement optimal de votre Système de scanner de microréseaux SureScan. En cas de doute sur l’utilisation ou la maintenance du système, contactez votre centre de vente et de support Agilent local pour obtenir une réponse à vos questions.

  • Page 51: Conseils Pour Éviter Les Problèmes

    • Évitez de déplacer le scanner. Tout déplacement du scanner SureScan risque de nuire à ses performances. Contactez le représentant local du service clientèle Agilent pour bénéficier d’une aide lors du déplacement du scanner SureScan. • Placez le scanner SureScan sur une table ou un établi solide.

  • Page 52: Dépannage Du Système

    Support technique Un support technique est disponible pour le Système de scanner de microréseaux SureScan. Lisez le reste de ce chapitre avant d’appeler votre centre de vente et de support Agilent local. Utilisez le Web pour contacter le support technique Le menu Aide du programme Scan Control fournit un lien vers le support technique Agilent pour le scanner.

  • Page 53: Informations Sur Le Scanner

    Je veux déplacer le scanner Le déplacement du scanner peut nuire à ses performances. Contactez votre SureScan. représentant local du service clientèle Agilent pour bénéficier d’une aide lors du déplacement du scanner et assurer son bon fonctionnement par la suite. Est-il possible d’enregistrer les Agilent recommande d’enregistrer les fichiers de données directement sur le disque...

  • Page 54: Dépannage Matériel

    Le scanner SureScan possède deux fusibles pour l’alimentation, situés à l’arrière du scanner SureScan. Les fusibles de l’alimentation sont montés immédiatement au-dessus de la prise d’alimentation. Vous pouvez commander des fusibles directement auprès d’Agilent Technologies. Manuel de l’utilisateur du système SureScan...

  • Page 55: Dépannage Logiciel

    Dépannage logiciel Si vous rencontrez une panne informatique ou souhaitez recharger l’image de disque dur fournie par Agilent avec l’ordinateur, Agilent fournit un CD de restauration vous permettant de recharger l’image de disque dur. Manuel de l’utilisateur du système SureScan...

  • Page 56: Emplacements Des Fichiers

    • Consigne un message d’erreur dans le journal d’état • Efface le dossier par défaut contenant les données numérisées défini à l’aide du menu Tools > Settings • Définit le dossier de sortie dans le tableau des emplacements sur C:\ProgramData\Agilent\ MicroArrayScanner\Temp Messages d’erreur System Cette section explique comment résoudre les messages d’erreur et utiliser les journaux d’erreurs...
  • Page 57 Le tableau suivant présente quelques-uns des messages d’erreur qui apparaissent dans les boîtes de dialogue, avec leur description et les actions suggérées. Si un problème persiste malgré l’exécution de l’action suggérée, contactez le support technique Agilent. Tableau 3 Messages d’erreur des boîtes de dialogue Message d’erreur...
  • Page 58 Scan Control. Erreur de mise à jour du La mise à jour du microprogramme de l’instrument a échoué. microprogramme : {*} Contactez le support technique Agilent. * Détail ajouté lors de la génération du message Manuel de l’utilisateur du système SureScan...
  • Page 59 Erreur lors de l’activité EjectSlide. Plusieurs causes possibles. Essayez de redémarrer le scanner et le programme Scan Control. Si le problème persiste, contactez le support technique Agilent. Erreur lors de l’activité InitLoader Plusieurs causes possibles. Essayez de redémarrer le scanner et le programme Scan Control.
  • Page 60 Erreur d’étalonnage PMT Indique une erreur d’étalonnage PMT. Si le problème persiste, contactez le service Agilent. La puissance du laser rouge n’est pas La puissance du laser a été diminuée. Une compensation a été appliquée au TIFF de paramétrée sur la valeur étalonnée...
  • Page 61 Mettez le scanner SureScan hors tension, puis de nouveau sous tension. c Lancez à nouveau Scan Control. 4 Si vous ne parvenez toujours pas à résoudre le problème, contactez le représentant local du service clientèle Agilent. Manuel de l’utilisateur du système SureScan...

  • Page 62: Utilisation De L'écran De Diagnostic

    Vous voyez l’écran de diagnostic et un commutateur à 4 positions. Utilisez le commutateur de l’écran de diagnostic uniquement lorsque le support REMARQUE technique Agilent vous le demande. Encoches Commutateur à 4 positions Capot supérieur Écran de diagnostic...

  • Page 63: Mise À Jour Du Microprogramme Du Scanner Et Du Programme Scan Control

    Mise à jour du microprogramme du scanner et du programme Scan Control Agilent Technologies publie régulièrement des mises à jour logicielles. Des mises à jour du microprogramme sont incluses (si nécessaire) avec la mise à jour du programme Scan Control.

  • Page 64: Vérifier L'installation Du Logiciel

    (IQT). Utilisez ce programme après avoir mis à jour votre logiciel pour vérifier que la mise à jour a été correctement installée. 1 Cliquez sur Start > All Programs > Agilent Technologies > Installation Qualification Tool. Figure 16 Boîte de dialogue Agilent Installation Qualification Tool 2 Cochez la case située à...

  • Page 65: Référence

    Système de scanner de microréseaux SureScan Manuel de l’utilisateur Référence Références de la fenêtre du programme Scan Control Références de la boîte de dialogue du programme Scan Control À propos de l’ajout de lames Exécution de l’outil Feature Extraction sur des images numérisées Spécifications du Scanner SureScan Spécifications des lames Informations sur la réglementation...

  • Page 66: Références De La Fenêtre Du Programme Scan Control

    Traitement d’image Barre d’état état Figure 17 Fenêtre principale de Microarray Scan Control Agilent La fenêtre Microarray Scan Control apparaît lorsque vous lancez le programme Microarray Scan Control. Elle présente les fonctions suivantes : Tableau 5 Fonctions de la fenêtre Scan Control...

  • Page 67: Menu Tools

    Tableau 5 Fonctions de la fenêtre Scan Control Fonction Description Volet Settings Afficher les paramètres de la lame sélectionnée. Pour les lames qui ne figurent pas dans la file d’attente, vous pouvez modifier leurs paramètres à cet endroit. Témoins d’état des Indique l’état de l’emplacement.

  • Page 68: Menu Help

    Users Guide* Ouvre ce guide dans Adobe Reader. Scanner Home Page Affiche dans votre navigateur Internet le site Web d’Agilent Technologies présentant le Système de scanner de microréseaux SureScan. Online support Ouvre la page Web du support technique Agilent Technologies dans laquelle vous trouverez des informations de support pour votre scanner.

  • Page 69: Tableau Des Emplacements

    Tableau des emplacements Figure 20 Tableau des emplacements du programme Scan Control Le tableau des emplacements est une représentation virtuelle du contenu du panier de votre scanner. Il sert à configurer, démarrer/arrêter et surveiller la progression des numérisations. Témoin d’état Les chiffres affichés à...
  • Page 70 Tableau 8 États et témoins des emplacements (continued) Témoin d’état des État Signification emplacements Bleu fixe In queue x La lame est dans la file d’attente de numérisation, à la position x, où x indique l’ordre dans lequel les lames sont numérisées. Vert clignotant Scanning (x%) La lame est en cours de numérisation, où...

  • Page 71: Boutons De Fonction

    Le bouton de navigation permet de sélectionner un dossier de stockage des données de chaque numérisation. Agilent recommande d’enregistrer les données dans le dossier local d’un disque dur secondaire. Il est également possible de sélectionner un dossier réseau. En cas de problème d’accès au réseau pendant la numérisation, les données seront enregistrées dans un dossier local temporaire...

  • Page 72: Volet Settings

    Volet Settings Figure 21 Scan Control – volet Settings Le volet Settings vous permet de modifier les paramètres individuels d’une lame sélectionnée. Pour pouvoir modifier ses paramètres, la lame ne doit pas figurer dans la file d’attente de numérisation. Pour plus d’informations sur les paramètres disponibles dans ce tableau, référez-vous à...

  • Page 73: Onglets Du Journal

    Onglets du journal Les documents logiciels et l’état de numérisation sont consignés dans des fichiers journaux enregistrés dans le dossier C:\ProgramData\Agilent\MicroArrayScanner\Logs. Ces journaux sont également affichés dans les onglets du journal en bas de la fenêtre du programme Scan Control.

  • Page 74: Références De La Boîte De Dialogue Du Programme Scan Control

    Fonction : Vérifie que le programme Scan Control a été correctement installé et génère un rapport de qualification d’installation. Lancement : Dans le menu Démarrer de Windows, cliquez sur All Programs > Agilent Technologies > Installation Qualification Tool. Show OK files Lorsque cette option est sélectionnée, le rapport de qualification inclut une liste de tous les...

  • Page 75: Boîte De Dialogue Export Scan Protocol

    Boîte de dialogue Export Scan Protocol Figure 25 Boîte de dialogue Export Scan Protocol Fonction : Vous permet de sélectionner les protocoles de numérisation disponibles pour l’exportation. Lancement : Dans la boîte de dialogue Scan Protocol Editor, cliquez sur Export. Export Lorsqu’un ou plusieurs protocoles de numérisation sont sélectionnés, cette commande ouvre la boîte de dialogue Save As dans laquelle vous sélectionnez un emplacement et un nom de fichier...

  • Page 76: Boîte De Dialogue Export Scan Region

    Boîte de dialogue Export Scan Region Figure 26 Boîte de dialogue Export Scan Region Fonction : Affiche les régions de numérisation disponibles pour l’exportation. Lancement : Dans la boîte de dialogue Scan Regions Editor, cliquez sur Export. Export Lorsqu’une ou plusieurs régions de numérisation sont sélectionnées, cette commande ouvre la boîte de dialogue Save As dans laquelle vous sélectionnez un emplacement et un nom de fichier pour le fichier des régions de numérisation exportées.

  • Page 77: Boîte De Dialogue Scan Protocol Editor

    Protocol Editor. Scan Protocol Affiche la liste des protocoles de numérisation disponibles. Les paramètres du protocole de numérisation sélectionné apparaissent dans la boîte de dialogue Scan Protocol Editor. General Agilent Protocole fourni par Agilent. Defined Manuel de l’utilisateur du système SureScan...

  • Page 78: Scan Settings

    également la durée de numérisation, ainsi que l’espace de stockage nécessaire. Agilent fournit une région de numérisation adaptée à toutes les lames haute densité et G3 Agilent, ainsi qu’une région permettant de numériser entièrement des lames de 25,4 x 76,2 mm (1 " x 3 ") sans codes-barres.
  • Page 79 Le niveau de sortie par défaut (100 %) règle le gain sur le niveau défini en usine ; c’est le paramètre Green PMT recommandé pour les microréseaux Agilent. Il est possible de baisser indépendamment le Sensitivity (%) réglage de chaque voie de couleur jusqu’à 1 %.

  • Page 80: Paramètres Des Désignations De Fichiers

    Paramètres d’image Transform Certains programmes d’analyse nécessitent des données d’images monochromes, tournées à 90 Image degrés. Si vous sélectionnez l’option Split/Rotate, l’image est transformée comme indiqué à la Figure Figure 29 Image with Flip/Rotate option set Split Si vous sélectionnez Yes, le fichier couleur est divisé en deux fichiers monochromes. Si le nom automatiquement attribué...
  • Page 81 Pour les numérisations XDR, le logiciel ajoute un segment (_H ou _L) destiné à différencier l’image XDR avec haut niveau de sensibilité (_H) et l’image XDR avec bas niveau de sensibilité (_L) : Field1_Field2_Field3_ScanNumber_H.tif Field1_Field2_Field3_ScanNumber_L.tif Le logiciel Scan Control attribue automatiquement le numéro de numérisation. Pour ce faire, il compare le nom de fichier de la nouvelle numérisation aux noms des fichiers du dossier de données sélectionné.

  • Page 82: Boîte De Dialogue Scan Region Editor

    Fonction : Vous permet d’ajuster ou de définir la région de la lame qui est numérisée. Lancement : Dans la barre de menu du programme Scan Control, cliquez sur Tools > Scan Region Editor. General Agilent Protocole fourni par Agilent. Defined Locked Lorsqu’il est verrouillé, un protocole ne peut pas être modifié. Scan TopLeft X Position du coin supérieur gauche, selon l’axe X.

  • Page 83: Boîte De Dialogue Self Test

    Cette zone en lecture seule affiche la région de numérisation par défaut du paquet de puces sélectionné. Il existe deux types de packages de puces : Full Agilent, pour les lames Agilent et pour les lames avec des étiquettes de codes-barres, et Full Standard, pour les lames sans étiquette de code-barres.

  • Page 84: Boîte De Dialogue Settings - General Settings

    Start/Stop Démarre ou arrête l’autotest. Show Last Si plusieurs autotests ont été exécutés sans fermer cette boîte de dialogue, cette commande Results affiche les résultats dans votre navigateur Internet. Close Ferme la boîte de dialogue Self Test et réinitialise le scanner. Boîte de dialogue Settings –...

  • Page 85: Boîte De Dialogue Settings - Design To Protocol Mapping

    Design To Protocol Mapping. Design ID Pour les lames à microréseaux Agilent, vous pouvez déterminer la valeur de Design ID à partir du code-barres. Tous les codes-barres commencent par la valeur 25 ; les cinq chiffres suivants représentent l’identifiant du design.
  • Page 86 Scan Protocol Protocole de numérisation associé à l’identifiant du design. Ce protocole de numérisation est automatiquement attribué dans le tableau des emplacements chaque fois que le scanner identifie une lame avec l’identifiant du design associé. Description Zone dans laquelle vous pouvez saisir des informations sur le protocole de numérisation associé. Manuel de l’utilisateur du système SureScan...

  • Page 87: À Propos De L'ajout De Lames

    À propos de l’ajout de lames Vous pouvez ajouter des lames au scanner SureScan même lorsqu’il est en cours de numérisation. Utilisez les directives suivantes lors de l’ajout de lames au scanner. • Vous pouvez ajouter des lames (dans les porte-lames) au panier même si la numérisation est en cours.

  • Page 88: Exécution De L'outil Feature Extraction Sur Des Images Numérisées

    Pour plus d’informations sur l’utilisation du programme Feature Extraction, consultez la documentation fournie avec le programme. • Pour extraire les motifs des images à l’aide du programme Agilent CytoGenomics, choisissez comme dossier de sortie le dossier de traitement automatique des images TIFF configuré à...

  • Page 89: Spécifications Du Scanner Surescan

    Spécifications du Scanner SureScan Les spécifications de fonctionnement du scanner SureScan sont les suivantes : Dimensions Hauteur : 42 cm (16,5 in) approximatives Largeur : 43 cm (17 in) Profondeur : 67 cm (26 in) Poids 56,8 kg (125 lbs) Alimentation 100 à...
  • Page 90 Durée de Tableau 13 Durée de numérisation, en modes simple et double passage, pour une région numérisation de numérisation haute définition Agilent de 61 x 21,6 mm Resolution Durée de numérisation (min.) Un seul passage, 2 microns Un seul passage, 3 microns...

  • Page 91: Spécifications Des Lames

    Le G4900DA scanner lit les codes-barres placés sur la face active de la lame. Pour des raisons de compatibilité avec les scanners G2565AA, les microréseaux Agilent portent toujours des codes-barres sur leurs deux faces. L’étiquette « Agilent » permet de repérer la face active ; la valeur numérique indique la face inactive.
  • Page 92 Région de numérisation nominale >4 mm Figure 36 Emplacement de l’étiquette du code-barres sur une lame autre qu’Agilent • L’étiquette de code-barres doit faire environ 6 mm de large ; la largeur recommandée est définie pour une région de numérisation de 61 mm. Il est possible d’utiliser des étiquettes de code-barres plus longues ou plus larges ;...
  • Page 93 • Agilent accepte les formats de code-barres suivants : • Code 128 : les code-barres tiers à 12 chiffres ne doivent pas commencer par 2 • CODABAR : 8 chiffres maximum ; épaisseur de ligne minimale = 6 mils •...

  • Page 94: Informations Sur La Réglementation

    Ce produit est conçu dans une optique de recyclage à la fin de sa vie utile. Veuillez le mettre au rebut conformément à la réglementation locale. Pour en savoir plus sur le recyclage et la mise au rebut, contactez Agilent Technologies. Interférences électromagnétiques Ce scanner est réservé...
  • Page 95 CAN/CSA-. C22.2 Conditions de sécurité des appareils électriques de mesure, de contrôle No. 61010-1 - 04 et de laboratoire, Partie 1 : Exigences générales UL Std No. 61010-1 Conditions de sécurité des appareils électriques de mesure, de contrôle (2nd Edition) et de laboratoire : Partie 1 : Exigences générales IEC 61010-1:2001 Conditions de sécurité...
  • Page 96 (y compris le stockage et la récupération électroniques ou la traduction dans une langue étrangère) sans l’accord préalable et le consentement écrit de Agilent Technologies, Inc., conformément aux lois américaines et internationales sur le droit d’auteur.

Table des Matières