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D Analyse et purification d'oligonucléotides
Annexe D
Analyse et purification d'oligonucléotides
À propos de ce chapitre
Ce chapitre décrit les méthodes utilisées pour l'analyse et la purification d'oligonucléotides.
Analyse d'échange d'ions
L'échange d'ions permet d'analyser à la fois les oligonucléotides phosphodiester et
phosphorothioate. Cette technique est très efficace pour détecter des séquences ayant
échoué aussi limitées que des nucléosides uniques et des dinucléotides. L'élution du
nucléoside unique est généralement représentée par le premier pic du chromatogramme
(à côté du pic de flux) qui est habituellement très petit. Des pics supérieurs à 5 % indiquent
des problèmes au cours du premier cycle de synthèse. Les problèmes courants sont
l'absence de purge et de lavage de la colonne, ou la présence de réactifs humides.
Conditions d'analyse
recommandées
Colonne
Température de
la colonne
Volume d'injec-
tion
Débit
Éluant A
Éluant B
Gradient
192
Oligonucléotides phospho-
rodiester
NucleoPac PA 100 4 x 250 mm, DIONEX, réf. 43010
+ 50 °C
2 µl
1,0 ml/min
10 mM de Tris, 10 mM de
NaClO
4
10 mM de Tris, 300 mM de
NaClO
4
1 à 55 % en 30 min
Oligonucléotides phosphoro-
thioate
1 mM d'EDTA, 25 mM de TRIS, de
l'acétonitrile à 10 %, pH 8,0
1 mM d'EDTA, 25 mM de TRIS, de
l'acétonitrile à 10 %, 3 M de NH
pH 8,0
1 à 70 % B en 40 minutes
ÄKTA oligopilot plus Mode d'emploi 28959748 AE
Cl,
4
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